转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 82 / 133 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001638 Chr01 NC_080387.1:30416358-30416372promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30417376-30420460(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAAGTCAT
SmilChr02G000896 Chr02 NC_080388.1:15405776-15405790promoter 内 2972-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15400707-15404761(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAATATTGC
SmilChr01G002037 Chr01 NC_080387.1:36004354-36004368promoter 内 2971-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36005384-36007005(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTTTCTTATCCTTC
SmilChr02G002037 Chr02 NC_080388.1:36664816-36664830promoter 内 2769-2783 bp - 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36666048-36673497(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGATGTTATCCAAA
SmilChr02G003999 Chr02 NC_080388.1:62334901-62334915promoter 内 2701-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62336201-62339144(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAATCATTATCCAGT
SmilChr01G002058 Chr01 NC_080387.1:36400353-36400367promoter 内 2650-2664 bp + 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36401704-36401810(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGGGATAAGTAAGG
SmilChr03G001006 Chr03 NC_080389.1:11389973-11389987promoter 内 2614-2628 bp + 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11391360-11392626(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGTTCAT
SmilChr02G001037 Chr02 NC_080388.1:18467532-18467546promoter 内 2613-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 18466052-18466158(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGGGATAAGTAAGG
SmilChr01G005362 Chr01 NC_080387.1:70862660-70862674promoter 内 2596-2610 bp + 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70858342-70861269(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCAATATTATCCAAT
SmilChr03G000520 Chr03 NC_080389.1:5595256-5595270promoter 内 2589-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5596668-5597834(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGTTCAT
SmilChr02G002025 Chr02 NC_080388.1:36477808-36477822promoter 内 2585-2599 bp + 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36467687-36476406(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGATGTTATCCAAA
SmilChr02G002495 Chr02 NC_080388.1:43388860-43388874promoter 内 2544-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 43390317-43391754(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCACACTTATCCATT
SmilChr03G000543 Chr03 NC_080389.1:5890909-5890923promoter 内 2509-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5892401-5893673(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGTTCAT
SmilChr02G004010 Chr02 NC_080388.1:62421254-62421268promoter 内 2438-2452 bp + 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62422817-62427184(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAAAGATAAGGTGAC
SmilChr03G001001 Chr03 NC_080389.1:11332981-11332995promoter 内 2425-2439 bp + 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11334557-11335675(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGTTCAT
SmilChr01G005343 Chr01 NC_080387.1:70655827-70655841promoter 内 2386-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70643676-70654226(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGGGATAAGCCAAA
SmilChr01G000629 Chr01 NC_080387.1:14054304-14054318promoter 内 2271-2285 bp - 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14056034-14057146(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGCAACTTATCCTAT
SmilChr03G000527 Chr03 NC_080389.1:5642976-5642990promoter 内 2232-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5644745-5645521(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGTTCAT
SmilChr03G000057 Chr03 NC_080389.1:535347-535361promoter 内 2120-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 537228-672388(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCGGCCTTATCTGTT
SmilChr01G005848 Chr01 NC_080387.1:74434459-74434473promoter 内 2113-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 74436347-74437790(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGCAACC
SmilChr03G000056 Chr03 NC_080389.1:535347-535361promoter 内 1996-2010 bp - 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 532326-533356(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACAGATAAGGCCGA
SmilChr02G001940 Chr02 NC_080388.1:34950045-34950059promoter 内 1994-2008 bp + 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34945845-34948052(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCAATATTATCCATT
SmilChr02G004895 Chr02 NC_080388.1:70969407-70969421promoter 内 1916-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70971492-70973380(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGGGATAAGCTCTA
SmilChr02G004225 Chr02 NC_080388.1:64464588-64464602promoter 内 1784-1798 bp + 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64453264-64462385(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGCCCTTATCCAAG
SmilChr02G000496 Chr02 NC_080388.1:6830820-6830834promoter 内 1671-1685 bp - 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6833150-6833923(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCGTCATTATCCATA
SmilChr01G001287 Chr01 NC_080387.1:25652987-25653001promoter 内 1612-1626 bp - 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 25655376-25656574(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGCCCTTATCCTTG
SmilChr02G000672 Chr02 NC_080388.1:10360805-10360819promoter 内 1448-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10363358-10368799(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGCCTTATCCATC
SmilChr02G004229 Chr02 NC_080388.1:64499482-64499496promoter 内 1435-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64491924-64496930(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCAAACTTATCCTTC
SmilChr02G001616 Chr02 NC_080388.1:30103089-30103103promoter 内 1399-1413 bp + 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30099530-30100501(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGTGTTATCCACA
SmilChr03G000771 Chr03 NC_080389.1:8806534-8806548promoter 内 1384-1398 bp - 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8809151-8810054(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGTTCTTATCCAAG
SmilChr01G003832 Chr01 NC_080387.1:56639270-56639284promoter 内 1362-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56641909-56652785(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGGACTTATCCAAA
SmilChr02G002444 Chr02 NC_080388.1:42682692-42682706promoter 内 1299-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 42685394-42686428(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGCCCTTATCCAAG
SmilChr03G000102 Chr03 NC_080389.1:1133846-1133860promoter 内 1269-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1136578-1142278(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATATCCTTATCTCTG
SmilChr01G002181 Chr01 NC_080387.1:37949785-37949799promoter 内 1264-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37944382-37947062(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTTTCTTATCCTTC
SmilChr03G000412 Chr03 NC_080389.1:4448214-4448228promoter 内 1250-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4450965-4453127(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGAGATAAGGATAT
SmilChr03G001410 Chr03 NC_080389.1:16739086-16739100promoter 内 1243-1257 bp - 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16741844-16760432(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATATCCTTATCTCTG
SmilChr02G003849 Chr02 NC_080388.1:60238385-60238399promoter 内 1220-1234 bp - 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60233021-60235618(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGTGGATAAGTATAT
SmilChr01G001730 Chr01 NC_080387.1:31853061-31853075promoter 内 1136-1150 bp + 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31855926-31860250(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGAAGATAAGGAGTT
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SmilChr01G005620 Chr01 NC_080387.1:72687551-72687565promoter 内 1011-1025 bp - 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72690541-72694629(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCTATGTTATCCAAA
SmilChr02G000897 Chr02 NC_080388.1:15405776-15405790promoter 内 873-887 bp - 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15408904-15409815(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCAATATTATCCATT
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SmilChr02G002819 Chr02 NC_080388.1:48285223-48285237promoter 内 539-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48288685-48289447(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGCAGATAAGGTGAA
SmilChr02G003002 Chr02 NC_080388.1:50686244-50686258promoter 内 425-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50681784-50682682(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAATGATCC
SmilChr01G000718 Chr01 NC_080387.1:16072650-16072664promoter 内 340-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16068089-16069003(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTGGGATAAGAATGA