转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 83 / 132 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001025 Chr02 NC_080388.1:18161444-18161454promoter 内 171-181 bp + 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 18157552-18157624(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTGAT
SmilChr02G002759 Chr02 NC_080388.1:47641506-47641516promoter 内 41-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 47631726-47637556(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr02G000589 Chr02 NC_080388.1:8446584-8446594promoter 内 3973-3983 bp + 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8446612-8447289(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr02G004696 Chr02 NC_080388.1:69295317-69295327promoter 内 3923-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 69295395-69295793(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G002763 Chr02 NC_080388.1:47697526-47697536promoter 内 3917-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47693642-47697452(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr02G004991 Chr02 NC_080388.1:71770268-71770278promoter 内 3916-3926 bp - 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71770353-71772475(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACCCCT
SmilChr02G004873 Chr02 NC_080388.1:70815907-70815917promoter 内 3903-3913 bp + 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 70807608-70815819(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr01G004687 Chr01 NC_080387.1:64930742-64930752promoter 内 3877-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64930269-64930628(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr02G000920 Chr02 NC_080388.1:15980588-15980598promoter 内 3849-3859 bp - 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15980740-15986851(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr01G003712 Chr01 NC_080387.1:55467889-55467899promoter 内 3623-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55462679-55467521(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACAATT
SmilChr03G001192 Chr03 NC_080389.1:13725615-13725625promoter 内 3573-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13723941-13725197(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr01G000925 Chr01 NC_080387.1:19606220-19606230promoter 内 3501-3511 bp - 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 19590326-19605730(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G000455 Chr01 NC_080387.1:9256182-9256192promoter 内 3483-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9247288-9255674(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G003711 Chr02 NC_080388.1:58688964-58688974promoter 内 3458-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58689507-58689580(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AATTGTCAACG
SmilChr01G002327 Chr01 NC_080387.1:40415537-40415547promoter 内 3431-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40413969-40414977(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AATTGTCAACG
SmilChr01G001400 Chr01 NC_080387.1:27499825-27499835promoter 内 3407-3417 bp + 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27497994-27499241(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr02G001020 Chr02 NC_080388.1:18004346-18004356promoter 内 3403-3413 bp - 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18002854-18003758(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAACA
SmilChr02G000415 Chr02 NC_080388.1:5296323-5296333promoter 内 3394-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5294334-5295726(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G004770 Chr02 NC_080388.1:69875817-69875827promoter 内 3384-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 69876434-69879104(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr02G000473 Chr02 NC_080388.1:6470423-6470433promoter 内 3314-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6467041-6469746(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr02G004622 Chr02 NC_080388.1:68736700-68736710promoter 内 3292-3302 bp - 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68737409-68737482(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTAAA
SmilChr01G004686 Chr01 NC_080387.1:64930742-64930752promoter 内 3273-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64926181-64930024(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr01G002881 Chr01 NC_080387.1:47435287-47435297promoter 内 3216-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47431042-47434512(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr01G001839 Chr01 NC_080387.1:33322678-33322688promoter 内 3207-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33323472-33324897(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ATCAGTCAACG
SmilChr02G000772 Chr02 NC_080388.1:12680786-12680796promoter 内 3207-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12678524-12680002(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ATCAGTCAACG
SmilChr02G000860 Chr02 NC_080388.1:14777390-14777400promoter 内 3177-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14764178-14776576(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr02G000855 Chr02 NC_080388.1:14570990-14571000promoter 内 3161-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14556984-14570160(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59286825-59286835promoter 内 3111-3121 bp + 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59287715-59289915(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr01G000329 Chr01 NC_080387.1:6723068-6723078promoter 内 3088-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6723981-6724799(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr03G001538 Chr03 NC_080389.1:19288681-19288691promoter 内 3088-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 19286477-19287778(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G000497 Chr02 NC_080388.1:6845595-6845605promoter 内 3048-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6846548-6849545(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr01G000342 Chr01 NC_080387.1:6989201-6989211promoter 内 3026-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6981145-6988236(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTGAT
SmilChr03G001114 Chr03 NC_080389.1:12850468-12850478promoter 内 2989-2999 bp - 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12851480-12855465(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTCA
SmilChr01G001736 Chr01 NC_080387.1:31958120-31958130promoter 内 2965-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31955859-31957094(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ATCAGTCAACG
SmilChr02G005574 Chr02 NC_080388.1:75611898-75611908promoter 内 2899-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75608762-75610806(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAC
SmilChr02G004697 Chr02 NC_080388.1:69295317-69295327promoter 内 2803-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 69296515-69298752(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
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