转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 84 / 135 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003602 Chr01 NC_080387.1:54567710-54567724promoter 内 31-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 8 54571680-54573014(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATTATTATCCTA
SmilChr03G002578 Chr03 NC_080389.1:40996069-40996083promoter 内 2163-2177 bp - 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 7 40997907-40999995(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATAATAAT
SmilChr01G003953 Chr01 NC_080387.1:57914249-57914263promoter 内 889-903 bp + 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 57917361-57918624(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTATCTCTTATCCAC
SmilChr02G002397 Chr02 NC_080388.1:41864067-41864081promoter 内 3506-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 41864562-41864632(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCGTCCTTATCAAT
SmilChr01G004759 Chr01 NC_080387.1:65789700-65789714promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 65785348-65788941(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACTTCATTATCCTA
SmilChr01G004760 Chr01 NC_080387.1:65789700-65789714promoter 内 3002-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 65790699-65793386(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGAAGTT
SmilChr03G000369 Chr03 NC_080389.1:4122923-4122937promoter 内 2577-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 4120538-4121513(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCGATTGTTATCCTT
SmilChr03G001346 Chr03 NC_080389.1:15712781-15712795promoter 内 2395-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 15709870-15711189(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAGATAAGGACGGA
SmilChr01G003643 Chr01 NC_080387.1:54921665-54921679promoter 内 2236-2250 bp - 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 54923430-54924421(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGAAATG
SmilChr01G000606 Chr01 NC_080387.1:13443224-13443238promoter 内 2176-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 13445049-13452321(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGAAGAA
SmilChr01G003376 Chr01 NC_080387.1:52453424-52453438promoter 内 1628-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 52450397-52451065(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATGAGGTTAAA
SmilChr01G005361 Chr01 NC_080387.1:70844863-70844877promoter 内 1443-1457 bp - 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 70840324-70842319(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTACACATTATCCTA
SmilChr02G003100 Chr02 NC_080388.1:51922256-51922270promoter 内 1308-1322 bp + 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 51924949-51926836(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTCGTCTTATCCAA
SmilChr03G000551 Chr03 NC_080389.1:5966073-5966087promoter 内 1276-1290 bp - 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 5968798-5987336(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGTGCGT
SmilChr03G000266 Chr03 NC_080389.1:3082273-3082287promoter 内 1172-1186 bp + 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 3077461-3079458(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGAAACT
SmilChr01G006042 Chr01 NC_080387.1:75948175-75948189promoter 内 1134-1148 bp + 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 75951042-75951501(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACAAACTTATCCTT
SmilChr02G000492 Chr02 NC_080388.1:6744114-6744128promoter 内 805-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 6740582-6740932(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGAGTCTG
SmilChr01G003644 Chr01 NC_080387.1:54921665-54921679promoter 内 545-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 54925121-54932996(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGAAATG
SmilChr01G001128 Chr01 NC_080387.1:22891369-22891383promoter 内 504-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 22887781-22887886(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGGCGTGG
SmilChr02G000491 Chr02 NC_080388.1:6744114-6744128promoter 内 391-405 bp + 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 6738437-6740518(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGAGTCTG
SmilChr01G000585 Chr01 NC_080387.1:12632178-12632192promoter 内 221-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 12625330-12628412(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTCATTATCCTT
SmilChr03G001748 Chr03 NC_080389.1:23726436-23726450promoter 内 215-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 23719198-23722664(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTCATTATCCTT
SmilChr01G000242 Chr01 NC_080387.1:4509079-4509093promoter 内 177-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 4501786-4505269(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTCATTATCCTT
SmilChr01G004761 Chr01 NC_080387.1:65789700-65789714promoter 内 128-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 65793573-65796299(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGAAGTT
SmilChr02G000641 Chr02 NC_080388.1:9699447-9699461promoter 内 56-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 9703392-9706749(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTCATTATCCTT
SmilChr03G002372 Chr03 NC_080389.1:37355308-37355322promoter 内 45-59 bp - 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 37349728-37351366(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTCACCTTATCAGC
SmilChr03G001692 Chr03 NC_080389.1:22436799-22436813promoter 内 3961-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22432963-22436773(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAGATAAGGATAAC
SmilChr01G004018 Chr01 NC_080387.1:58570327-58570341promoter 内 3777-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58570551-58571947(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGTATTC
SmilChr02G004655 Chr02 NC_080388.1:68969589-68969603promoter 内 3775-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68969815-68971557(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGAGAAA
SmilChr01G004731 Chr01 NC_080387.1:65492267-65492281promoter 内 3522-3536 bp + 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 65492746-65494127(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGACCCTTATCTTA
SmilChr02G005034 Chr02 NC_080388.1:72056876-72056890promoter 内 3429-3443 bp - 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72057448-72058671(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGTCATG
SmilChr02G001002 Chr02 NC_080388.1:17653172-17653186promoter 内 3353-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17648870-17652538(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCATTCCTTATCTCT
SmilChr03G002538 Chr03 NC_080389.1:40532779-40532793promoter 内 3325-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40533455-40533874(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGATAAGGAAGTT
SmilChr03G002947 Chr03 NC_080389.1:46203703-46203717promoter 内 3295-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46204409-46206841(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGAAGTT
SmilChr02G001544 Chr02 NC_080388.1:28694644-28694658promoter 内 3238-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28690398-28693895(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGAGAATG
SmilChr01G001336 Chr01 NC_080387.1:26541043-26541057promoter 内 3163-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26541881-26545457(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCACGCCTTATCCGT
SmilChr01G005083 Chr01 NC_080387.1:68708774-68708788promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68709707-68710950(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATACATTATCCTT
SmilChr01G000518 Chr01 NC_080387.1:10620836-10620850promoter 内 3020-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10621817-10621901(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTCCCCTTATCTTC
SmilChr02G000657 Chr02 NC_080388.1:9984999-9985013promoter 内 2832-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9981181-9983844(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTCCTCTTATCCTT
SmilChr02G000872 Chr02 NC_080388.1:15016194-15016208promoter 内 2764-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15011322-15014971(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGACTTG
SmilChr01G001883 Chr01 NC_080387.1:33866368-33866382promoter 内 2641-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33867728-33868929(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAAGCCTTATCTTT
SmilChr02G002120 Chr02 NC_080388.1:37962148-37962162promoter 内 2591-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37958598-37960752(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATAAGGAACTG
SmilChr02G003440 Chr02 NC_080388.1:55679793-55679807promoter 内 2587-2601 bp - 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55674626-55678393(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACAATATTATCCTT
SmilChr02G005461 Chr02 NC_080388.1:74916123-74916137promoter 内 2538-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 74917586-74920857(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGAAAGG
SmilChr01G003626 Chr01 NC_080387.1:54805219-54805233promoter 内 2534-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54806686-54807969(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGAAATG
SmilChr01G002166 Chr01 NC_080387.1:37728694-37728708promoter 内 2524-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37730171-37731070(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGAATGT
SmilChr03G000278 Chr03 NC_080389.1:3164537-3164551promoter 内 2481-2495 bp + 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3160443-3163031(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGAAACT
SmilChr03G001972 Chr03 NC_080389.1:28414416-28414430promoter 内 2462-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28415955-28416551(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATTGGA
SmilChr01G005016 Chr01 NC_080387.1:68167677-68167691promoter 内 2438-2452 bp + 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68161119-68166128(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCGGATAAGGTATTT
SmilChr02G004048 Chr02 NC_080388.1:62816256-62816270promoter 内 2358-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62812569-62814627(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGAAGGGA