转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 86 / 133 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001155 Chr02 NC_080388.1:21058278-21058292promoter 内 2906-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 21054991-21057197(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATACCTTATCACCA
SmilChr01G006144 Chr01 NC_080387.1:76937903-76937917promoter 内 2809-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 76939095-76941371(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATATGTTATCCAAA
SmilChr01G004897 Chr01 NC_080387.1:67042465-67042479promoter 内 2756-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 67037729-67041234(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATATGTTATCCAAA
SmilChr02G000479 Chr02 NC_080388.1:6584109-6584123promoter 内 2615-2629 bp - 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 6579395-6582737(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAACCTTAA
SmilChr01G002915 Chr01 NC_080387.1:47873819-47873833promoter 内 2463-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 47875357-47883424(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATATGTTATCCAAA
SmilChr01G005680 Chr01 NC_080387.1:73075453-73075467promoter 内 2260-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 73072286-73073726(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCAGGATAAGAAGAG
SmilChr02G002969 Chr02 NC_080388.1:50211814-50211828promoter 内 2193-2207 bp + 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 50208013-50210020(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTACTCTTATCCCTG
SmilChr01G003584 Chr01 NC_080387.1:54414429-54414443promoter 内 2106-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 54416324-54421669(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAACCATTATCCACA
SmilChr01G003420 Chr01 NC_080387.1:52838976-52838990promoter 内 1795-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 52841182-52843398(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATTTGTTATCCAAA
SmilChr01G003607 Chr01 NC_080387.1:54614829-54614843promoter 内 572-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 54610428-54611414(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATATGTTATCCAAA
SmilChr01G004689 Chr01 NC_080387.1:64928718-64928732promoter 内 336-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 64932383-64934344(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAATATCAT
SmilChr03G000800 Chr03 NC_080389.1:9148066-9148080promoter 内 180-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 9151887-9154565(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGGGATAAGGTCCT
SmilChr02G003230 Chr02 NC_080388.1:53575529-53575543promoter 内 3968-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53575562-53577213(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAACACTTA
SmilChr02G000213 Chr02 NC_080388.1:2766776-2766790promoter 内 3958-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2766819-2771340(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAACATATC
SmilChr02G002832 Chr02 NC_080388.1:48466283-48466297promoter 内 3900-3914 bp - 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 48466384-48467903(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAACCTTATCAACC
SmilChr01G005950 Chr01 NC_080387.1:75220938-75220952promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75218721-75220794(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGGAGATAAGGAGAG
SmilChr01G005952 Chr01 NC_080387.1:75227090-75227104promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75224873-75226946(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGGAGATAAGGAGAG
SmilChr01G004927 Chr01 NC_080387.1:67339429-67339443promoter 内 3819-3833 bp + 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 67339611-67342046(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAATGAGAT
SmilChr01G005661 Chr01 NC_080387.1:72947106-72947120promoter 内 3779-3793 bp - 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 72947328-72949283(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATCACTTATCCAAT
SmilChr01G001372 Chr01 NC_080387.1:27057447-27057461promoter 内 3715-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 27057733-27059408(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTCCTTATCATCT
SmilChr01G000029 Chr01 NC_080387.1:544844-544858promoter 内 3713-3727 bp - 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 543996-544570(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAGCAACT
SmilChr02G005485 Chr02 NC_080388.1:75045998-75046012promoter 内 3684-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75044541-75045695(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTTTCATTATCCAGT
SmilChr02G001945 Chr02 NC_080388.1:35073496-35073510promoter 内 3595-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35073902-35076549(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTGGATAAGTGTTA
SmilChr01G005423 Chr01 NC_080387.1:71419109-71419123promoter 内 3314-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71415456-71418436(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCGACCTTATCTCTC
SmilChr01G004501 Chr01 NC_080387.1:63118153-63118167promoter 内 3295-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63118859-63119747(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTTTCCTTATCAAAT
SmilChr01G002068 Chr01 NC_080387.1:36525480-36525494promoter 内 3191-3205 bp - 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36526290-36527839(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCATCCTTATCAAGT
SmilChr02G005151 Chr02 NC_080388.1:72887610-72887624promoter 内 3190-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 72886312-72886813(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGCTCCTTATCTCTT
SmilChr01G002090 Chr01 NC_080387.1:36931860-36931874promoter 内 3165-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36929651-36931038(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCATCCTTATCAAGT
SmilChr01G001017 Chr01 NC_080387.1:21336874-21336888promoter 内 3156-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 21337719-21339873(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAATGAGAT
SmilChr02G003830 Chr02 NC_080388.1:59950893-59950907promoter 内 3155-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 59951739-59952492(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAAGCTGG
SmilChr02G003388 Chr02 NC_080388.1:54982831-54982845promoter 内 3151-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54983681-54986207(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCTTTGTTATCCATT
SmilChr01G001090 Chr01 NC_080387.1:22355140-22355154promoter 内 3138-3152 bp - 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22352657-22354291(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAATGAGAT
SmilChr02G003422 Chr02 NC_080388.1:55433330-55433344promoter 内 3121-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55428480-55432464(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCATACTTATCCCTT
SmilChr02G001364 Chr02 NC_080388.1:25622109-25622123promoter 内 3004-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 25615077-25621126(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGACCTTATCCCTC
SmilChr01G001373 Chr01 NC_080387.1:27057447-27057461promoter 内 2955-2969 bp - 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 27058493-27061257(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTCCTTATCATCT
SmilChr01G003761 Chr01 NC_080387.1:56003421-56003435promoter 内 2917-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56004505-56010545(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAATATAAA
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