转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 89 / 162 下载 TSV

上一页 89 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G005491 Chr01 NC_080387.1:71837069-71837087promoter 内 834-852 bp + 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71833093-71833920(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAATTGTTTTAAGTCAACG
SmilChr05G001349 Chr05 NC_080391.1:11988703-11988721promoter 内 822-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11980425-11985542(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGTCTTCCTTAGTCAACA
SmilChr06G001506 Chr06 NC_080392.1:16096078-16096096promoter 内 786-804 bp + 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16090638-16092881(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGGGGCGCACTAGTCAACC
SmilChr03G000043 Chr03 NC_080389.1:483585-483603promoter 内 778-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 486808-487809(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGAGATCCACAGTCAACT
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39143125-39143143promoter 内 702-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39136070-39139844(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCACATAGTCAC
SmilChr01G000983 Chr01 NC_080387.1:20838648-20838666promoter 内 694-712 bp - 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20841955-20843842(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGTCTTCCTTAGTCAACA
SmilChr06G000256 Chr06 NC_080392.1:1688015-1688033promoter 内 638-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1691378-1694935(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGTTCGAGCAG
SmilChr06G000258 Chr06 NC_080392.1:1696553-1696571promoter 内 637-655 bp + 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1699917-1704303(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGTTCGAGCAG
SmilChr06G000257 Chr06 NC_080392.1:1692283-1692301promoter 内 636-654 bp + 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1695648-1699202(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGTTCGAGCAG
SmilChr03G000466 Chr03 NC_080389.1:5003512-5003530promoter 内 634-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4977151-5000163(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAGGAAGACAA
SmilChr03G002611 Chr03 NC_080389.1:41526441-41526459promoter 内 615-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41521309-41523073(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTCTTTGGCTTC
SmilChr01G004659 Chr01 NC_080387.1:64682181-64682199promoter 内 572-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64676701-64678770(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACATGCCAAAAGTCAACA
SmilChr08G003347 Chr08 NC_080394.1:34863846-34863864promoter 内 557-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34867290-34868558(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAGGAAGACAA
SmilChr07G003384 Chr07 NC_080393.1:36648869-36648887promoter 内 548-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 36643727-36645434(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGCACCTCACAAGTCAAAG
SmilChr08G003481 Chr08 NC_080394.1:37458018-37458036promoter 内 528-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 37461491-37464911(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTGGAAAAAGAAGTCAACA
SmilChr01G001796 Chr01 NC_080387.1:32821371-32821389promoter 内 525-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32824847-32825280(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTATGCTTTTTT
SmilChr02G001233 Chr02 NC_080388.1:22637442-22637460promoter 内 465-483 bp - 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22633016-22633924(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAGAATCCTGAT
SmilChr04G001452 Chr04 NC_080390.1:23874646-23874664promoter 内 407-425 bp + 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23868397-23871070(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGTCTTCCTTAGTCAACA
SmilChr08G000899 Chr08 NC_080394.1:6665097-6665115promoter 内 363-381 bp + 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6668735-6672694(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAGGAAGACAA
SmilChr01G003129 Chr01 NC_080387.1:50124644-50124662promoter 内 324-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50118234-50120985(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TCTCCAGTAAAAGTCAACA
SmilChr06G002129 Chr06 NC_080392.1:28633364-28633382promoter 内 311-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28629586-28629692(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTTCGGGCGGTGGTCAACG
SmilChr01G001908 Chr01 NC_080387.1:34166843-34166861promoter 内 269-287 bp + 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34170575-34171755(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTTAATTTTCAT
SmilChr06G000847 Chr06 NC_080392.1:8012669-8012687promoter 内 265-283 bp - 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 7995821-8008951(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGGGATTGGTA
SmilChr01G001865 Chr01 NC_080387.1:33593815-33593833promoter 内 247-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33597569-33598788(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTTAATTTTCAT
SmilChr08G000635 Chr08 NC_080394.1:4738215-4738233promoter 内 179-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4742037-4743176(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTTCAAGTTAAAGTCAACT
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32481141-32481159promoter 内 146-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32472307-32477304(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGAAATCCGAAGTCAACC
SmilChr03G004305 Chr03 NC_080389.1:61409318-61409336promoter 内 128-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61405392-61405463(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTCGGTCCAAAGTCAACT
SmilChr01G001105 Chr01 NC_080387.1:22630798-22630816promoter 内 74-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22623892-22626889(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAGGAAGACAA
SmilChr08G002520 Chr08 NC_080394.1:24401130-24401148promoter 内 20-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 24405111-24406115(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTATTCCAGCA
SmilChr05G002899 Chr05 NC_080391.1:34819630-34819648promoter 内 3699-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 34818882-34819346(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CATTCCTCAAAAGTCAACT
SmilChr01G002025 Chr01 NC_080387.1:35803092-35803110promoter 内 3059-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 35798954-35802168(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATGTTAAGAAAAGTCAAAG
SmilChr05G002681 Chr05 NC_080391.1:30293294-30293312promoter 内 2979-2997 bp - 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 30294316-30295011(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGTACAATAAAGTCAAAG
SmilChr01G004945 Chr01 NC_080387.1:67555638-67555656promoter 内 2822-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 67552464-67554477(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTCAAGCACAAGTCAAAG
SmilChr06G001328 Chr06 NC_080392.1:13799669-13799687promoter 内 1810-1828 bp + 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 13793953-13797496(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CACATTCATTAAGTCAACG
SmilChr07G003028 Chr07 NC_080393.1:31327527-31327545promoter 内 795-813 bp + 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 31320330-31324339(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCAGTCAAATAAGTCAACC
SmilChr06G000730 Chr06 NC_080392.1:6709341-6709359promoter 内 3953-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 6709389-6712319(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTGAGATCAGCCA
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SmilChr06G000416 Chr06 NC_080392.1:3454952-3454970promoter 内 3425-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 3446329-3454394(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTGTTCGAAGAGTCAACG
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