转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 9 / 149 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002396 Chr01 NC_080387.1:41280921-41280928promoter 内 3574-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 41279579-41280501(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G002267 Chr03 NC_080389.1:35800522-35800529promoter 内 3567-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35800956-35804016(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G004678 Chr07 NC_080393.1:59741178-59741185promoter 内 3567-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59739853-59740751(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G003009 Chr04 NC_080390.1:46460060-46460067promoter 内 3566-3573 bp - 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46460495-46463913(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G000145 Chr04 NC_080390.1:1271784-1271791promoter 内 3565-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1260934-1271355(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G001070 Chr07 NC_080393.1:7871727-7871734promoter 内 3563-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7872165-7873950(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G001368 Chr02 NC_080388.1:25795214-25795221promoter 内 3561-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25795654-25798730(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G002810 Chr02 NC_080388.1:48148328-48148335promoter 内 3560-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48148769-48150806(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G002054 Chr03 NC_080389.1:31143642-31143649promoter 内 3556-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31144087-31147089(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G002156 Chr03 NC_080389.1:33548714-33548721promoter 内 3554-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33549161-33552044(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G002987 Chr05 NC_080391.1:36492387-36492394promoter 内 3554-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 36492834-36495982(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G003396 Chr04 NC_080390.1:50500548-50500555promoter 内 3553-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50500996-50502099(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G002659 Chr07 NC_080393.1:25793193-25793200promoter 内 3553-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25781401-25792752(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G001611 Chr02 NC_080388.1:29979807-29979814promoter 内 3549-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29980259-29983080(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G002207 Chr06 NC_080392.1:30659063-30659070promoter 内 3546-3553 bp + 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 30657473-30658615(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G003597 Chr05 NC_080391.1:48069498-48069505promoter 内 3545-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48069954-48070106(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G003514 Chr05 NC_080391.1:46962184-46962191promoter 内 3543-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46958956-46961733(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G003302 Chr05 NC_080391.1:43244269-43244276promoter 内 3538-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 43240501-43243813(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G001371 Chr03 NC_080389.1:16108279-16108286promoter 内 3537-3544 bp + 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16096314-16107822(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G001394 Chr07 NC_080393.1:10819419-10819426promoter 内 3537-3544 bp + 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 10815265-10818962(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G001044 Chr01 NC_080387.1:21687403-21687410promoter 内 3536-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21684371-21686945(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr05G002986 Chr05 NC_080391.1:36481481-36481488promoter 内 3531-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 36481951-36485073(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G000527 Chr01 NC_080387.1:10748462-10748469promoter 内 3530-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 10744899-10747998(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G001918 Chr03 NC_080389.1:26878808-26878815promoter 内 3528-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26875219-26878342(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G001522 Chr04 NC_080390.1:25135104-25135111promoter 内 3527-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25133386-25134637(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G002610 Chr01 NC_080387.1:44332871-44332878promoter 内 3525-3532 bp + 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 44330640-44332402(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000578 Chr02 NC_080388.1:8321174-8321181promoter 内 3522-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8318475-8320702(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G002123 Chr06 NC_080392.1:28505477-28505484promoter 内 3518-3525 bp - 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28505960-28508724(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G004470 Chr07 NC_080393.1:57263959-57263966promoter 内 3517-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 57262644-57263482(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G004606 Chr07 NC_080393.1:58853869-58853876promoter 内 3515-3522 bp + 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58854355-58857864(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G000447 Chr02 NC_080388.1:5854187-5854194promoter 内 3513-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5850595-5853706(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000449 Chr02 NC_080388.1:5873616-5873623promoter 内 3513-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5869129-5873135(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G001192 Chr07 NC_080393.1:9054559-9054566promoter 内 3512-3519 bp - 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9055048-9071046(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G002370 Chr06 NC_080392.1:34541090-34541097promoter 内 3510-3517 bp + 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34537493-34540606(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G003363 Chr01 NC_080387.1:52378258-52378265promoter 内 3508-3515 bp + 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52376428-52377772(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G002767 Chr06 NC_080392.1:40274920-40274927promoter 内 3507-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40275414-40277411(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G000459 Chr03 NC_080389.1:4906192-4906199promoter 内 3501-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4902541-4905699(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr06G001181 Chr06 NC_080392.1:12011037-12011044promoter 内 3500-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12008548-12010543(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G001712 Chr03 NC_080389.1:22903976-22903983promoter 内 3498-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22904479-22920232(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G003180 Chr03 NC_080389.1:49257976-49257983promoter 内 3497-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49256691-49257479(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G005429 Chr02 NC_080388.1:74733631-74733638promoter 内 3496-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74729962-74733133(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G003777 Chr02 NC_080388.1:59447148-59447155promoter 内 3493-3500 bp - 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59447656-59449556(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G001029 Chr04 NC_080390.1:14546956-14546963promoter 内 3491-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14543706-14546453(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G001036 Chr04 NC_080390.1:14717554-14717561promoter 内 3491-3498 bp - 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14718064-14734539(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G002162 Chr06 NC_080392.1:29732066-29732073promoter 内 3491-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29728501-29731563(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G003270 Chr07 NC_080393.1:34445216-34445223promoter 内 3489-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34445728-34448713(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G001790 Chr07 NC_080393.1:15243024-15243031promoter 内 3487-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15236520-15242517(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G002611 Chr02 NC_080388.1:45304486-45304493promoter 内 3484-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45302269-45303976(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G004130 Chr03 NC_080389.1:60139051-60139058promoter 内 3484-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60132350-60138541(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G003126 Chr05 NC_080391.1:39897230-39897237promoter 内 3482-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 39897749-39898556(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG