靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021489-RA_Salv |
SmilChr05G000830 |
NAC | XP_057764550.1 |
MP00058 |
TACGTAAC |
9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 9 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G002396 |
Chr01 | NC_080387.1:41280921-41280928promoter 内 3574-3581 bp |
- | 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 41279579-41280501(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr03G002267 |
Chr03 | NC_080389.1:35800522-35800529promoter 内 3567-3574 bp |
- | 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 35800956-35804016(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr07G004678 |
Chr07 | NC_080393.1:59741178-59741185promoter 内 3567-3574 bp |
+ | 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 59739853-59740751(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr04G003009 |
Chr04 | NC_080390.1:46460060-46460067promoter 内 3566-3573 bp |
- | 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 46460495-46463913(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr04G000145 |
Chr04 | NC_080390.1:1271784-1271791promoter 内 3565-3572 bp |
- | 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 1260934-1271355(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr07G001070 |
Chr07 | NC_080393.1:7871727-7871734promoter 内 3563-3570 bp |
+ | 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 7872165-7873950(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr02G001368 |
Chr02 | NC_080388.1:25795214-25795221promoter 内 3561-3568 bp |
- | 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25795654-25798730(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr02G002810 |
Chr02 | NC_080388.1:48148328-48148335promoter 内 3560-3567 bp |
- | 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48148769-48150806(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr03G002054 |
Chr03 | NC_080389.1:31143642-31143649promoter 内 3556-3563 bp |
- | 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 31144087-31147089(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr03G002156 |
Chr03 | NC_080389.1:33548714-33548721promoter 内 3554-3561 bp |
- | 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 33549161-33552044(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr05G002987 |
Chr05 | NC_080391.1:36492387-36492394promoter 内 3554-3561 bp |
- | 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 36492834-36495982(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr04G003396 |
Chr04 | NC_080390.1:50500548-50500555promoter 内 3553-3560 bp |
- | 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 50500996-50502099(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr07G002659 |
Chr07 | NC_080393.1:25793193-25793200promoter 内 3553-3560 bp |
+ | 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25781401-25792752(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr02G001611 |
Chr02 | NC_080388.1:29979807-29979814promoter 内 3549-3556 bp |
- | 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 29980259-29983080(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr06G002207 |
Chr06 | NC_080392.1:30659063-30659070promoter 内 3546-3553 bp |
+ | 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 30657473-30658615(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr05G003597 |
Chr05 | NC_080391.1:48069498-48069505promoter 内 3545-3552 bp |
- | 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48069954-48070106(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr05G003514 |
Chr05 | NC_080391.1:46962184-46962191promoter 内 3543-3550 bp |
+ | 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 46958956-46961733(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr05G003302 |
Chr05 | NC_080391.1:43244269-43244276promoter 内 3538-3545 bp |
+ | 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 43240501-43243813(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr03G001371 |
Chr03 | NC_080389.1:16108279-16108286promoter 内 3537-3544 bp |
+ | 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 16096314-16107822(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr07G001394 |
Chr07 | NC_080393.1:10819419-10819426promoter 内 3537-3544 bp |
+ | 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 10815265-10818962(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr01G001044 |
Chr01 | NC_080387.1:21687403-21687410promoter 内 3536-3543 bp |
- | 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 21684371-21686945(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr05G002986 |
Chr05 | NC_080391.1:36481481-36481488promoter 内 3531-3538 bp |
- | 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 36481951-36485073(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr01G000527 |
Chr01 | NC_080387.1:10748462-10748469promoter 内 3530-3537 bp |
+ | 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 10744899-10747998(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr03G001918 |
Chr03 | NC_080389.1:26878808-26878815promoter 内 3528-3535 bp |
+ | 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 26875219-26878342(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr04G001522 |
Chr04 | NC_080390.1:25135104-25135111promoter 内 3527-3534 bp |
+ | 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25133386-25134637(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr01G002610 |
Chr01 | NC_080387.1:44332871-44332878promoter 内 3525-3532 bp |
+ | 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 44330640-44332402(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr02G000578 |
Chr02 | NC_080388.1:8321174-8321181promoter 内 3522-3529 bp |
+ | 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 8318475-8320702(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr06G002123 |
Chr06 | NC_080392.1:28505477-28505484promoter 内 3518-3525 bp |
- | 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 28505960-28508724(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr07G004470 |
Chr07 | NC_080393.1:57263959-57263966promoter 内 3517-3524 bp |
- | 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 57262644-57263482(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr07G004606 |
Chr07 | NC_080393.1:58853869-58853876promoter 内 3515-3522 bp |
+ | 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 58854355-58857864(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr02G000447 |
Chr02 | NC_080388.1:5854187-5854194promoter 内 3513-3520 bp |
+ | 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 5850595-5853706(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr02G000449 |
Chr02 | NC_080388.1:5873616-5873623promoter 内 3513-3520 bp |
+ | 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 5869129-5873135(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr07G001192 |
Chr07 | NC_080393.1:9054559-9054566promoter 内 3512-3519 bp |
- | 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 9055048-9071046(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
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Chr06 | NC_080392.1:34541090-34541097promoter 内 3510-3517 bp |
+ | 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34537493-34540606(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr01G003363 |
Chr01 | NC_080387.1:52378258-52378265promoter 内 3508-3515 bp |
+ | 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 52376428-52377772(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr06G002767 |
Chr06 | NC_080392.1:40274920-40274927promoter 内 3507-3514 bp |
- | 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40275414-40277411(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
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Chr03 | NC_080389.1:4906192-4906199promoter 内 3501-3508 bp |
- | 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 4902541-4905699(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
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Chr06 | NC_080392.1:12011037-12011044promoter 内 3500-3507 bp |
+ | 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 12008548-12010543(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
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SmilChr03G001712 |
Chr03 | NC_080389.1:22903976-22903983promoter 内 3498-3505 bp |
- | 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 22904479-22920232(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr03G003180 |
Chr03 | NC_080389.1:49257976-49257983promoter 内 3497-3504 bp |
- | 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 49256691-49257479(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
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+ | 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 74729962-74733133(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
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Chr02 | NC_080388.1:59447148-59447155promoter 内 3493-3500 bp |
- | 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 59447656-59449556(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
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SmilChr04G001029 |
Chr04 | NC_080390.1:14546956-14546963promoter 内 3491-3498 bp |
+ | 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 14543706-14546453(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
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- | 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 14718064-14734539(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
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+ | 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 29728501-29731563(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
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- | 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34445728-34448713(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr07G001790 |
Chr07 | NC_080393.1:15243024-15243031promoter 内 3487-3494 bp |
+ | 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 15236520-15242517(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
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+ | 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 45302269-45303976(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
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Chr03 | NC_080389.1:60139051-60139058promoter 内 3484-3491 bp |
+ | 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 60132350-60138541(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
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- | 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 39897749-39898556(+) |
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MP00058 |
GTTACGTG |