转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 9 / 121 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003713 Chr03 NC_080389.1:56074728-56074742promoter 内 3099-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 56072904-56073840(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTCAGATCTGGG
SmilChr01G000474 Chr01 NC_080387.1:9656416-9656430promoter 内 2706-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 9657711-9659062(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGATTCC
SmilChr01G000473 Chr01 NC_080387.1:9656416-9656430promoter 内 2213-2227 bp - 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 9650730-9654642(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAATCAGATCTGCG
SmilChr02G001009 Chr02 NC_080388.1:17845499-17845513promoter 内 1194-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 17841831-17842706(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTCAGATCTGGG
SmilChr05G001089 Chr05 NC_080391.1:9080806-9080820promoter 内 1121-1135 bp + 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 9083686-9086490(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAAGCAGATCTGGG
SmilChr04G003217 Chr04 NC_080390.1:49004773-49004787promoter 内 657-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 48993368-49001443(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGGACTT
SmilChr01G003606 Chr01 NC_080387.1:54596992-54597006promoter 内 62-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 54590250-54593067(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTGTA
SmilChr03G000572 Chr03 NC_080389.1:6232721-6232735promoter 内 3286-3300 bp + 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 6229919-6232020(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGATTCC
SmilChr05G001165 Chr05 NC_080391.1:9788966-9788980promoter 内 3215-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 9774259-9788194(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGAATC
SmilChr02G001689 Chr02 NC_080388.1:31138859-31138873promoter 内 3142-3156 bp - 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 31133228-31138014(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTCCGGATCTGAA
SmilChr04G001451 Chr04 NC_080390.1:23851863-23851877promoter 内 2656-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 23853208-23854730(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGATTCC
SmilChr04G002520 Chr04 NC_080390.1:40234144-40234158promoter 内 2492-2506 bp + 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 40231648-40232649(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGATTCC
SmilChr03G000035 Chr03 NC_080389.1:440675-440689promoter 内 2271-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 438117-438959(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGATTCC
SmilChr03G003729 Chr03 NC_080389.1:56325157-56325171promoter 内 1899-1913 bp + 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 56327259-56331090(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTCCGGATCTGAA
SmilChr03G001760 Chr03 NC_080389.1:24004957-24004971promoter 内 1879-1893 bp + 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 24001867-24002849(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGATTCC
SmilChr04G002413 Chr04 NC_080390.1:38747810-38747824promoter 内 1313-1327 bp + 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 38750498-38751793(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAGTTGGATCTGAG
SmilChr01G003975 Chr01 NC_080387.1:58185664-58185678promoter 内 2717-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 58181847-58184394(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCTAGATCTAAA
SmilChr04G003186 Chr04 NC_080390.1:48557974-48557988promoter 内 3760-3774 bp - 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 48556848-48557747(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACCAGATCTGGA
SmilChr03G001051 Chr03 NC_080389.1:12235512-12235526promoter 内 2388-2402 bp + 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 12233248-12233913(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATACCC
SmilChr03G002870 Chr03 NC_080389.1:45341346-45341360promoter 内 2307-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 45337934-45339666(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGTCCAGATCTGGG
SmilChr03G000179 Chr03 NC_080389.1:1923281-1923295promoter 内 3842-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 1923440-2552598(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTATAGATCTGAG
SmilChr01G003011 Chr01 NC_080387.1:49144007-49144021promoter 内 3831-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 49144177-49145236(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACCAGATCTGGA
SmilChr03G002209 Chr03 NC_080389.1:34816392-34816406promoter 内 3079-3093 bp + 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 34813516-34815484(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCATCA
SmilChr03G004682 Chr03 NC_080389.1:64237867-64237881promoter 内 3037-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 64238831-64239774(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCCAGATCTGGT
SmilChr03G004681 Chr03 NC_080389.1:64237867-64237881promoter 内 2909-2923 bp + 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 64234590-64236789(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGGAATT
SmilChr03G000428 Chr03 NC_080389.1:4665512-4665526promoter 内 2827-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 4657135-4664352(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTATAGATCTGAG
SmilChr01G003575 Chr01 NC_080387.1:54329440-54329454promoter 内 2347-2361 bp + 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 54324326-54327800(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGTGCC
SmilChr02G001316 Chr02 NC_080388.1:24475693-24475707promoter 内 2271-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 24470867-24473977(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAATTC
SmilChr01G003010 Chr01 NC_080387.1:49136094-49136108promoter 内 1833-1847 bp + 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 49138262-49139979(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACCAGATCTGGA
SmilChr01G002041 Chr01 NC_080387.1:36088541-36088555promoter 内 1562-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 36082558-36086116(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATGCAGATCTGAG
SmilChr03G000202 Chr03 NC_080389.1:2299995-2300009promoter 内 1363-1377 bp + 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 2296226-2297371(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATACCC
SmilChr03G001125 Chr03 NC_080389.1:12949876-12949890promoter 内 1326-1340 bp - 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 12952551-12958573(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGGAATT
SmilChr04G003185 Chr04 NC_080390.1:48557974-48557988promoter 内 994-1008 bp - 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 48551473-48554981(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACCAGATCTGGA
SmilChr03G000204 Chr03 NC_080389.1:2299995-2300009promoter 内 750-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 2303246-2315523(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTATAGATCTGAG
SmilChr04G001091 Chr04 NC_080390.1:15614806-15614820promoter 内 64-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 15618743-15622884(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCGATCC
SmilChr02G002888 Chr02 NC_080388.1:49176487-49176501promoter 内 3510-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 49173724-49176010(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAATTT
SmilChr04G000647 Chr04 NC_080390.1:7306572-7306586promoter 内 3347-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 7300096-7305932(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGGACTG
SmilChr02G003706 Chr02 NC_080388.1:58598288-58598302promoter 内 2994-3008 bp - 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 58596819-58597295(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTGGC
SmilChr02G001317 Chr02 NC_080388.1:24485079-24485093promoter 内 2107-2121 bp + 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 24482259-24483199(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAATTC
SmilChr02G003707 Chr02 NC_080388.1:58598288-58598302promoter 内 2071-2085 bp - 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 58600218-58608107(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTAGATTT
SmilChr02G001964 Chr02 NC_080388.1:35451370-35451384promoter 内 1677-1691 bp + 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 35453694-35454591(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATGCGGATCTGAA
SmilChr01G000758 Chr01 NC_080387.1:16646067-16646081promoter 内 568-582 bp - 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 16649500-16652729(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATATTC
SmilChr04G001944 Chr04 NC_080390.1:31539578-31539592promoter 内 215-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 31543364-31544498(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACCGGATCTGAA
SmilChr02G000785 Chr02 NC_080388.1:12903614-12903628promoter 内 2544-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 4 12901317-12902171(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAAACTC
SmilChr05G000775 Chr05 NC_080391.1:6034284-6034298promoter 内 3849-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 6034436-6038754(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGATCT
SmilChr03G001349 Chr03 NC_080389.1:15730974-15730988promoter 内 3717-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 15731258-15734814(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTCCAGATCTGGA
SmilChr02G002432 Chr02 NC_080388.1:42334005-42334019promoter 内 2982-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 42335024-42336319(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGATTT
SmilChr01G003628 Chr01 NC_080387.1:54822616-54822630promoter 内 1957-1971 bp + 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 54817452-54820586(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGAATGT
SmilChr01G003645 Chr01 NC_080387.1:54940142-54940156promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 54934911-54937957(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGAATGT
SmilChr01G005231 Chr01 NC_080387.1:69898820-69898834promoter 内 1228-1242 bp - 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 69901593-69901665(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGGATCC