转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 91 / 134 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002391 Chr07 NC_080393.1:22294703-22294717promoter 内 1838-1852 bp + 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22286901-22292554(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGTGTGTC
SmilChr07G004056 Chr07 NC_080393.1:51862831-51862845promoter 内 1818-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51865014-51866122(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATCAGCCGACAAGG
SmilChr01G002542 Chr01 NC_080387.1:43470287-43470301promoter 内 1714-1728 bp + 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43472574-43473839(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGATGCCGACATTT
SmilChr02G004739 Chr02 NC_080388.1:69590281-69590295promoter 内 1593-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 69592689-69597641(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTGTCGGCGGTTT
SmilChr02G004592 Chr02 NC_080388.1:68435504-68435518promoter 内 1590-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68420941-68433107(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TATTGTCGGCCACCG
SmilChr02G002822 Chr02 NC_080388.1:48334071-48334085promoter 内 1547-1561 bp - 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48336525-48342033(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGTAATTT
SmilChr02G001180 Chr02 NC_080388.1:21675188-21675202promoter 内 1498-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21671662-21672699(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTGTCGGCTACCG
SmilChr06G002794 Chr06 NC_080392.1:40627010-40627024promoter 内 1472-1486 bp - 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40629539-40631772(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGTATTCT
SmilChr08G003903 Chr08 NC_080394.1:46323875-46323889promoter 内 1435-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46320656-46321323(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGACTGCCGACGCCG
SmilChr08G002404 Chr08 NC_080394.1:22829325-22829339promoter 内 1357-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22831969-22836883(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGTCGGTT
SmilChr01G006141 Chr01 NC_080387.1:76918646-76918660promoter 内 1324-1338 bp - 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 76913729-76915983(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGCAGCCGACACCC
SmilChr02G005080 Chr02 NC_080388.1:72427408-72427422promoter 内 1280-1294 bp - 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 72430129-72430892(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGTTACAC
SmilChr08G004536 Chr08 NC_080394.1:54963824-54963838promoter 内 1270-1284 bp + 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54959396-54961107(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGTCGGTT
SmilChr03G002626 Chr03 NC_080389.1:41672481-41672495promoter 内 1268-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41675214-41679124(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTCCGCCGACAATA
SmilChr02G003733 Chr02 NC_080388.1:58971866-58971880promoter 内 1198-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 58964002-58969077(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGTTCCGA
SmilChr07G004055 Chr07 NC_080393.1:51862831-51862845promoter 内 1098-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51857466-51859942(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTGTCGGCTGATG
SmilChr04G001938 Chr04 NC_080390.1:31503189-31503203promoter 内 1018-1032 bp - 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31498037-31500220(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGCGGCCGACACTC
SmilChr03G002477 Chr03 NC_080389.1:39286079-39286093promoter 内 935-949 bp - 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39289145-39290449(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTGTCGGCGGTTC
SmilChr04G001794 Chr04 NC_080390.1:29405948-29405962promoter 内 898-912 bp + 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29400577-29402859(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTAGTCGGCAGCGG
SmilChr01G006131 Chr01 NC_080387.1:76825460-76825474promoter 内 822-836 bp + 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 76828639-76833459(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGCAGCCGACACCC
SmilChr07G001236 Chr07 NC_080393.1:9467112-9467126promoter 内 793-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9459991-9463918(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATTGCCGACAACA
SmilChr04G000937 Chr04 NC_080390.1:12249683-12249697promoter 内 777-791 bp + 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12246367-12246473(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr05G004104 Chr05 NC_080391.1:54906831-54906845promoter 内 758-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54899396-54903602(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATTGCCGACAAAG
SmilChr01G005810 Chr01 NC_080387.1:74127146-74127160promoter 内 754-768 bp + 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 74123288-74123913(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCCGTCGGCAGCGG
SmilChr07G001215 Chr07 NC_080393.1:9293353-9293367promoter 内 749-763 bp - 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9283880-9290115(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGAAGCCGACATCT
SmilChr05G004276 Chr05 NC_080391.1:56555611-56555625promoter 内 738-752 bp + 3249 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56558874-56563270(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGGCCGACATTT
SmilChr07G004643 Chr07 NC_080393.1:59284481-59284495promoter 内 736-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59279017-59281230(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr01G001588 Chr01 NC_080387.1:29906093-29906107promoter 内 672-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29909422-29911316(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTTTAG
SmilChr02G000355 Chr02 NC_080388.1:4588803-4588817promoter 内 666-680 bp + 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4592138-4593203(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGTTGCCGACGAAG
SmilChr02G003143 Chr02 NC_080388.1:52443654-52443668promoter 内 626-640 bp + 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52439416-52440293(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGACGACGC
SmilChr07G002392 Chr07 NC_080393.1:22294703-22294717promoter 内 617-631 bp + 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22298087-22301851(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GACACACCGACATTC
SmilChr07G004103 Chr07 NC_080393.1:52602203-52602217promoter 内 551-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52578023-52598767(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGCAG
SmilChr01G004231 Chr01 NC_080387.1:60681952-60681966promoter 内 484-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60685469-60685575(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr08G003159 Chr08 NC_080394.1:32135435-32135449promoter 内 455-469 bp + 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32138981-32141823(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCTTGCCGACTTGT
SmilChr08G001578 Chr08 NC_080394.1:13005214-13005228promoter 内 448-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12999381-13001675(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGCTAGCCGACATTA
SmilChr02G001971 Chr02 NC_080388.1:35686471-35686485promoter 内 430-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35690042-35690148(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr08G004659 Chr08 NC_080394.1:56076345-56076359promoter 内 430-444 bp + 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56072682-56072788(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr08G001408 Chr08 NC_080394.1:11288386-11288400promoter 内 429-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11284722-11284828(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr05G003304 Chr05 NC_080391.1:43302500-43302514promoter 内 428-442 bp - 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43306073-43306179(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr08G004068 Chr08 NC_080394.1:49324995-49325009promoter 内 428-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49321330-49321436(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr01G000385 Chr01 NC_080387.1:7930331-7930345promoter 内 426-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7933906-7934012(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr01G001284 Chr01 NC_080387.1:25618533-25618547promoter 内 426-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25622108-25622214(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr01G003097 Chr01 NC_080387.1:49791357-49791371promoter 内 426-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49787690-49787796(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr01G005750 Chr01 NC_080387.1:73581362-73581376promoter 内 426-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73577695-73577801(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr02G000118 Chr02 NC_080388.1:1496181-1496195promoter 内 426-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1499756-1499862(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr02G001331 Chr02 NC_080388.1:24776063-24776077promoter 内 426-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24772396-24772502(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr02G003342 Chr02 NC_080388.1:54648331-54648345promoter 内 426-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54644664-54644770(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr02G003826 Chr02 NC_080388.1:59918452-59918466promoter 内 426-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59914785-59914891(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr02G003874 Chr02 NC_080388.1:60789700-60789714promoter 内 426-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60793275-60793381(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC
SmilChr03G001082 Chr03 NC_080389.1:12533454-12533468promoter 内 426-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12537029-12537135(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCACATC