转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 93 / 129 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000506 Chr02 NC_080388.1:6968104-6968111promoter 内 2541-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 6958277-6966651(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G003861 Chr02 NC_080388.1:60530102-60530109promoter 内 2539-2546 bp + 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 60531564-60532579(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G005439 Chr02 NC_080388.1:74784709-74784716promoter 内 2537-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 74786173-74789076(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G004301 Chr01 NC_080387.1:61185335-61185342promoter 内 2536-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 61186800-61187971(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G004302 Chr01 NC_080387.1:61195076-61195083promoter 内 2536-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 61196541-61197712(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G006123 Chr01 NC_080387.1:76747948-76747955promoter 内 2530-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 76749419-76753174(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005901 Chr01 NC_080387.1:74906971-74906978promoter 内 2529-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 74908443-74909244(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G004525 Chr01 NC_080387.1:63450433-63450440promoter 内 2524-2531 bp - 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 63446682-63448963(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G004196 Chr02 NC_080388.1:64303847-64303854promoter 内 2517-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 64301581-64302370(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G002891 Chr01 NC_080387.1:47601097-47601104promoter 内 2516-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47591308-47599619(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G000649 Chr01 NC_080387.1:14485596-14485603promoter 内 2515-2522 bp - 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 14481123-14484117(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005547 Chr01 NC_080387.1:72268781-72268788promoter 内 2515-2522 bp - 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 72270267-72274502(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G003764 Chr01 NC_080387.1:56025935-56025942promoter 内 2511-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 56027425-56028951(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G002745 Chr02 NC_080388.1:47436012-47436019promoter 内 2511-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47433057-47434529(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G000760 Chr02 NC_080388.1:12403446-12403453promoter 内 2503-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12400829-12401955(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G004668 Chr01 NC_080387.1:64793205-64793212promoter 内 2501-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 64789175-64791712(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G000762 Chr02 NC_080388.1:12416945-12416952promoter 内 2500-2507 bp + 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12414325-12415451(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G000466 Chr01 NC_080387.1:9571070-9571077promoter 内 2495-2502 bp - 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 9566464-9569571(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G004327 Chr01 NC_080387.1:61416878-61416885promoter 内 2493-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 61418386-61421464(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G003464 Chr02 NC_080388.1:55930898-55930905promoter 内 2493-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55932406-55936660(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G006193 Chr01 NC_080387.1:77544262-77544269promoter 内 2491-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 77540519-77542759(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G005219 Chr02 NC_080388.1:73400641-73400648promoter 内 2491-2498 bp + 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73402151-73407155(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000443 Chr02 NC_080388.1:5769934-5769941promoter 内 2486-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 5766958-5768426(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G004903 Chr01 NC_080387.1:67095923-67095930promoter 内 2483-2490 bp - 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 67092391-67094412(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G004921 Chr02 NC_080388.1:71237811-71237818promoter 内 2483-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71239329-71241467(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000257 Chr02 NC_080388.1:3294350-3294357promoter 内 2477-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 3295874-3297706(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005958 Chr01 NC_080387.1:75293798-75293805promoter 内 2472-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75291259-75292276(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G002659 Chr02 NC_080388.1:46021613-46021620promoter 内 2470-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 46018745-46020089(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G002358 Chr01 NC_080387.1:40755658-40755665promoter 内 2466-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 40757193-40758131(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G004741 Chr02 NC_080388.1:69627912-69627919promoter 内 2462-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 69629451-69631396(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G000966 Chr02 NC_080388.1:16878550-16878557promoter 内 2457-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16876393-16877013(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G005427 Chr02 NC_080388.1:74722635-74722642promoter 内 2457-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 74724179-74724652(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G005281 Chr02 NC_080388.1:73858442-73858449promoter 内 2456-2463 bp - 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73855582-73856904(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005106 Chr01 NC_080387.1:68851307-68851314promoter 内 2451-2458 bp - 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68852857-68853840(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G002508 Chr01 NC_080387.1:42969308-42969315promoter 内 2448-2455 bp - 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42964801-42967762(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000338 Chr02 NC_080388.1:4337215-4337222promoter 内 2444-2451 bp + 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4338772-4339104(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
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