转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 95 / 144 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002055 Chr03 NC_080389.1:31269428-31269440promoter 内 1473-1485 bp + 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 31271956-31272420(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGGAGTCAACCAC
SmilChr03G001524 Chr03 NC_080389.1:18766197-18766209promoter 内 1390-1402 bp + 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 18756055-18763598(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CATGTTGACTTAT
SmilChr02G002200 Chr02 NC_080388.1:39232806-39232818promoter 内 1387-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 39230132-39230204(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GATGTTGACTTAA
SmilChr04G001210 Chr04 NC_080390.1:18740533-18740545promoter 内 1349-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 18743185-18744051(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACTTTGACTTAT
SmilChr03G003846 Chr03 NC_080389.1:57570642-57570654promoter 内 1300-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 57573343-57575305(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAGAGTCAACAAC
SmilChr02G002276 Chr02 NC_080388.1:40212307-40212319promoter 内 1219-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 40215089-40215653(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTGAGTCAACGTA
SmilChr01G005959 Chr01 NC_080387.1:75302860-75302872promoter 内 1218-1230 bp + 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 75305643-75308359(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCAAGTCAAAGAT
SmilChr01G003573 Chr01 NC_080387.1:54299374-54299386promoter 内 884-896 bp - 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 54294405-54296269(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCAAGTCAAAGAT
SmilChr02G000500 Chr02 NC_080388.1:6887083-6887095promoter 内 606-618 bp - 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 6882747-6883700(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTAAGTCAACATC
SmilChr03G001882 Chr03 NC_080389.1:26200785-26200797promoter 内 423-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 26192026-26197219(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTGAGTCAACGTA
SmilChr01G000937 Chr01 NC_080387.1:19849397-19849409promoter 内 327-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 19844941-19845735(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAGGTTGACTCTG
SmilChr02G004873 Chr02 NC_080388.1:70815907-70815919promoter 内 3901-3913 bp + 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 70807608-70815819(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTGTTGACTTCA
SmilChr03G000099 Chr03 NC_080389.1:1101701-1101713promoter 内 3898-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1100440-1101610(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACTTTGACTTAT
SmilChr03G002616 Chr03 NC_080389.1:41567504-41567516promoter 内 3833-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41563902-41567348(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTAAGTCAACATC
SmilChr04G000573 Chr04 NC_080390.1:6404219-6404231promoter 内 3784-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6399138-6404014(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACTTTGACTTAT
SmilChr03G002405 Chr03 NC_080389.1:38164758-38164770promoter 内 3739-3751 bp + 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38165020-38168150(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAACAT
SmilChr01G003779 Chr01 NC_080387.1:56185235-56185247promoter 内 3729-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56182250-56184975(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGAGTTGACTGTA
SmilChr02G004511 Chr02 NC_080388.1:67640120-67640132promoter 内 3699-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 67638530-67639830(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAGTTGACTCTT
SmilChr03G003374 Chr03 NC_080389.1:52099265-52099277promoter 内 3644-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52097480-52098920(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATGTTGACTTAG
SmilChr03G001873 Chr03 NC_080389.1:25976915-25976927promoter 内 3643-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 25977273-25978713(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATGTTGACTTAG
SmilChr02G005089 Chr02 NC_080388.1:72491196-72491208promoter 内 3572-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72485185-72490779(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATAGTTGACTATT
SmilChr01G003934 Chr01 NC_080387.1:57636313-57636325promoter 内 3566-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57631456-57635890(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACTTTGACTTAT
SmilChr04G000216 Chr04 NC_080390.1:1898881-1898893promoter 内 3558-3570 bp - 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1899324-1903515(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTCTTTGACTTAT
SmilChr02G000112 Chr02 NC_080388.1:1427838-1427850promoter 内 3544-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1426595-1427393(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GATGTTGACTTAA
SmilChr01G001791 Chr01 NC_080387.1:32770682-32770694promoter 内 3508-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 32771175-32776784(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CACAGTCAACATT
SmilChr02G005558 Chr02 NC_080388.1:75536814-75536826promoter 内 3498-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75534486-75536323(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAACAT
SmilChr01G002380 Chr01 NC_080387.1:41001932-41001944promoter 内 3474-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41002459-41005081(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAACAT
SmilChr03G001635 Chr03 NC_080389.1:21044294-21044306promoter 内 3402-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 21042730-21043707(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATAGTCAACTAT
SmilChr02G003371 Chr02 NC_080388.1:54838910-54838922promoter 内 3324-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54839587-54841481(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATGTTGACTGTG
SmilChr01G005353 Chr01 NC_080387.1:70765297-70765309promoter 内 3298-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 70763380-70764606(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACTTTTGACTTTC
SmilChr02G005559 Chr02 NC_080388.1:75536814-75536826promoter 内 3245-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75537570-75540144(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATGTTTGACTTTT
SmilChr03G004361 Chr03 NC_080389.1:61843347-61843359promoter 内 3178-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 61844170-61845864(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATCTTTGACTTGC
SmilChr02G002107 Chr02 NC_080388.1:37774090-37774102promoter 内 3144-3156 bp + 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 37774947-37777949(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACAGG
SmilChr01G005511 Chr01 NC_080387.1:71955494-71955506promoter 内 3079-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 71956416-71960046(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCAAGTCAACTCG
SmilChr01G002454 Chr01 NC_080387.1:42143249-42143261promoter 内 3034-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42141328-42142294(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACGTTGACTAAA
SmilChr02G004391 Chr02 NC_080388.1:66256959-66256971promoter 内 2992-3004 bp - 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 66257968-66258586(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAGTTGACTTAG
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