转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 96 / 152 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003297 Chr04 NC_080390.1:49691429-49691447promoter 内 474-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49687169-49687920(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATCTCTAACCACCACTCC
SmilChr01G002188 Chr01 NC_080387.1:38001854-38001872promoter 内 424-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 37997566-37998295(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGATGTGGTTGTGATTA
SmilChr01G000888 Chr01 NC_080387.1:18930146-18930164promoter 内 365-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 18933782-18935224(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGCTCAACCACTCTTGT
SmilChr05G000957 Chr05 NC_080391.1:7720461-7720479promoter 内 352-370 bp - 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7724110-7726892(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr01G002201 Chr01 NC_080387.1:38288235-38288253promoter 内 344-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38291892-38292689(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCTCTCCACCACCTCCTT
SmilChr02G001849 Chr02 NC_080388.1:33706470-33706488promoter 内 213-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33710258-33717314(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCGGTGTGGTTGAAAGGA
SmilChr04G001879 Chr04 NC_080390.1:30702814-30702832promoter 内 146-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30698489-30698977(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCTGCAACCACTACCAA
SmilChr02G004578 Chr02 NC_080388.1:68269695-68269713promoter 内 118-136 bp + 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 68273578-68274918(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTCCAACCACAATTTG
SmilChr01G004502 Chr01 NC_080387.1:63132463-63132481promoter 内 99-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 63125172-63128579(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTACTGTGGTTGGCGCTG
SmilChr03G003127 Chr03 NC_080389.1:48454538-48454556promoter 内 3469-3487 bp - 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 48455070-48457050(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr04G000606 Chr04 NC_080390.1:6862340-6862358promoter 内 1759-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 6853578-6860116(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCGACCAACCACTCCGGC
SmilChr03G000247 Chr03 NC_080389.1:2920426-2920444promoter 内 252-270 bp - 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 2924175-2925187(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGTA
SmilChr05G001797 Chr05 NC_080391.1:17720009-17720027promoter 内 3619-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 17715703-17719645(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr02G000474 Chr02 NC_080388.1:6504977-6504995promoter 内 3405-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 6502083-6504399(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTGAAGTGGTTGTCGAGC
SmilChr01G003101 Chr01 NC_080387.1:49817224-49817242promoter 内 3368-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 49812765-49816609(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr05G001104 Chr05 NC_080391.1:9171543-9171561promoter 内 2997-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 9172547-9175840(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATATGTGGTTGGCAACT
SmilChr03G000246 Chr03 NC_080389.1:2920426-2920444promoter 内 2995-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 2917171-2919438(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACGTCCAACCACACACTC
SmilChr01G001562 Chr01 NC_080387.1:29639613-29639631promoter 内 2417-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 29635032-29638047(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATATAGATGGTTGGAGAGA
SmilChr04G003159 Chr04 NC_080390.1:48220433-48220451promoter 内 2371-2389 bp - 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 48222063-48226654(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGAGTGGTTGAAATTG
SmilChr03G000314 Chr03 NC_080389.1:3580313-3580331promoter 内 2181-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 3575411-3578511(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTACTCAACCACATATTC
SmilChr01G001667 Chr01 NC_080387.1:30768990-30769008promoter 内 1910-1928 bp - 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 30762761-30766917(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGTCACAACCACCGCTAA
SmilChr04G000573 Chr04 NC_080390.1:6406425-6406443promoter 内 1572-1590 bp - 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 6399138-6404014(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTCACAACCACATCTAT
SmilChr02G000899 Chr02 NC_080388.1:15460817-15460835promoter 内 1568-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 15463250-15464429(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGAAGGTGGTTGTTCGTG
SmilChr01G005792 Chr01 NC_080387.1:74014236-74014254promoter 内 1554-1572 bp + 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 74016683-74025384(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTTCAACCACTCATTT
SmilChr01G000204 Chr01 NC_080387.1:3520272-3520290promoter 内 1552-1570 bp + 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 3514613-3517841(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTAAAGTGGTTGATGCGT
SmilChr04G003313 Chr04 NC_080390.1:49859689-49859707promoter 内 1413-1431 bp + 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 49854005-49857119(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr01G002452 Chr01 NC_080387.1:42126280-42126298promoter 内 1163-1181 bp + 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 42122634-42123460(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAAAGGTGGGTGAATTGT
SmilChr05G001452 Chr05 NC_080391.1:13272285-13272303promoter 内 948-966 bp - 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 13264523-13269250(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCCGCCACCACCTCTTC
SmilChr02G003350 Chr02 NC_080388.1:54693942-54693960promoter 内 799-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 54688348-54690758(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTATCCCCACCACCTCTTC
SmilChr04G000574 Chr04 NC_080390.1:6406425-6406443promoter 内 731-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 6409695-6411980(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGATGTGGTTGTGAATT
SmilChr04G000517 Chr04 NC_080390.1:5696242-5696260promoter 内 711-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 5699532-5700239(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr02G000985 Chr02 NC_080388.1:17335944-17335962promoter 内 613-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 17339332-17339801(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGAGTGGTTGAAATTG
SmilChr02G000900 Chr02 NC_080388.1:15460817-15460835promoter 内 374-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 15464444-15466622(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGAAGGTGGTTGTTCGTG
SmilChr04G003763 Chr04 NC_080390.1:53875144-53875162promoter 内 278-296 bp - 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 53878867-53882961(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAATGGTGGTTGTAACCT
SmilChr03G001175 Chr03 NC_080389.1:13510265-13510283promoter 内 257-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 13505637-13506539(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGAGGTGGTGGGGTGAT
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