转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 96 / 135 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005097 Chr01 NC_080387.1:68798453-68798467promoter 内 2182-2196 bp - 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68800272-68802269(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGATAAGGAATTT
SmilChr03G002862 Chr03 NC_080389.1:45237542-45237556promoter 内 2173-2187 bp + 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45233810-45235728(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGTATGAG
SmilChr03G001575 Chr03 NC_080389.1:19892574-19892588promoter 内 2170-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19889017-19890757(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr02G000837 Chr02 NC_080388.1:14193474-14193488promoter 内 2142-2156 bp + 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14195333-14198013(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G001748 Chr01 NC_080387.1:32219541-32219555promoter 内 2141-2155 bp + 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32221401-32235748(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTCCTTATCAGA
SmilChr03G001934 Chr03 NC_080389.1:27354268-27354282promoter 内 2109-2123 bp + 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27351809-27352390(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr03G001890 Chr03 NC_080389.1:26389459-26389473promoter 内 2042-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 26385874-26387514(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G001729 Chr03 NC_080389.1:23244395-23244409promoter 内 2026-2040 bp + 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 23241387-23242434(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr03G002441 Chr03 NC_080389.1:38753967-38753981promoter 内 2010-2024 bp - 1977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 38755958-38757062(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGCTACTC
SmilChr01G000896 Chr01 NC_080387.1:19005263-19005277promoter 内 2000-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19007264-19008454(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr02G003395 Chr02 NC_080388.1:55074043-55074057promoter 内 1975-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55063768-55072031(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAGATAAGGGAGAT
SmilChr03G001712 Chr03 NC_080389.1:22902435-22902449promoter 内 1957-1971 bp - 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22904479-22920232(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000269 Chr01 NC_080387.1:5207163-5207177promoter 内 1916-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5209248-5209817(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41175794-41175808promoter 内 1901-1915 bp + 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41170890-41173708(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGTTTGAA
SmilChr03G001205 Chr03 NC_080389.1:13883503-13883517promoter 内 1829-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13885675-13888972(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr03G001369 Chr03 NC_080389.1:16037560-16037574promoter 内 1784-1798 bp - 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16039777-16039882(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACAAACAA
SmilChr02G002836 Chr02 NC_080388.1:48505949-48505963promoter 内 1783-1797 bp - 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48502269-48503745(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAACTCCTTATCAAT
SmilChr01G001717 Chr01 NC_080387.1:31643702-31643716promoter 内 1758-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 31645945-31656111(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACTATGTTATCCTT
SmilChr03G002121 Chr03 NC_080389.1:32963813-32963827promoter 内 1756-1770 bp - 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32966058-32966610(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr02G000912 Chr02 NC_080388.1:15780656-15780670promoter 内 1684-1698 bp + 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 15778015-15778353(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr03G001027 Chr03 NC_080389.1:12005660-12005674promoter 内 1681-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12002290-12003354(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCGTGCTTATCCAA
SmilChr03G001618 Chr03 NC_080389.1:20624307-20624321promoter 内 1616-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 20619149-20621936(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G002916 Chr01 NC_080387.1:47878431-47878445promoter 内 1592-1606 bp - 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47880840-47883424(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGGAAGAA
SmilChr03G001411 Chr03 NC_080389.1:16773229-16773243promoter 内 1497-1511 bp - 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16775733-16779393(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000376 Chr01 NC_080387.1:7764757-7764771promoter 内 1468-1482 bp + 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7760085-7762238(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr02G001661 Chr02 NC_080388.1:30833893-30833907promoter 内 1413-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30836481-30838937(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G001770 Chr03 NC_080389.1:24169525-24169539promoter 内 1406-1420 bp + 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24172120-24172928(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGTTTGTTATCCTC
SmilChr01G000223 Chr01 NC_080387.1:3958447-3958461promoter 内 1294-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3953812-3955754(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G000081 Chr03 NC_080389.1:969095-969109promoter 内 1246-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 965337-966354(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCTTGCT
SmilChr03G002035 Chr03 NC_080389.1:30710429-30710443promoter 内 1143-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30713287-30715139(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCGTCCTTATCTTG
SmilChr02G000930 Chr02 NC_080388.1:16202176-16202190promoter 内 1130-1144 bp + 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16205047-16214520(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G001749 Chr01 NC_080387.1:32219541-32219555promoter 内 1129-1143 bp + 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32222413-32224941(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTCCTTATCAGA
SmilChr02G000967 Chr02 NC_080388.1:16891524-16891538promoter 内 1108-1122 bp + 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16885478-16888645(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCGGATAAGAATATC
SmilChr03G002116 Chr03 NC_080389.1:32913060-32913074promoter 内 1095-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32915966-32916445(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000187 Chr01 NC_080387.1:3188260-3188274promoter 内 1049-1063 bp - 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3183053-3185322(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G001944 Chr01 NC_080387.1:34632108-34632122promoter 内 1028-1042 bp + 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34622560-34629149(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGCTGACT
SmilChr01G001097 Chr01 NC_080387.1:22467683-22467697promoter 内 994-1008 bp + 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22464592-22464690(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGCTACTC
SmilChr01G000322 Chr01 NC_080387.1:6321879-6321893promoter 内 988-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6324892-6328186(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGCGAGG
SmilChr01G000258 Chr01 NC_080387.1:4962180-4962194promoter 内 975-989 bp - 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4955894-4959168(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGTTTGTTATCCTC
SmilChr01G001099 Chr01 NC_080387.1:22499779-22499793promoter 内 946-960 bp + 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22496616-22496738(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGCTACTC
SmilChr01G001397 Chr01 NC_080387.1:27462926-27462940promoter 内 889-903 bp - 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27466038-27466984(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr03G002168 Chr03 NC_080389.1:33726513-33726527promoter 内 886-900 bp + 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33722564-33723412(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000624 Chr01 NC_080387.1:13980769-13980783promoter 内 869-883 bp - 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13983901-13987114(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr02G005216 Chr02 NC_080388.1:73352505-73352519promoter 内 821-835 bp - 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 73355685-73358919(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATAAGGAGTAA
SmilChr02G003035 Chr02 NC_080388.1:51054251-51054265promoter 内 811-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 51057441-51058186(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGACAGCTTATCCGC
SmilChr01G000303 Chr01 NC_080387.1:5938359-5938373promoter 内 768-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5941592-5945008(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G001125 Chr01 NC_080387.1:22853069-22853083promoter 内 757-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22856313-22858491(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr03G001713 Chr03 NC_080389.1:22902435-22902449promoter 内 753-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22905683-22908207(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr02G001834 Chr02 NC_080388.1:33416994-33417008promoter 内 750-764 bp - 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33408305-33413757(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr02G002648 Chr02 NC_080388.1:45875738-45875752promoter 内 724-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45871242-45872475(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCCACCTTATCTAG