转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 99 / 143 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004099 Chr01 NC_080387.1:59451974-59451993promoter 内 1853-1872 bp + 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 59454122-59456655(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACTTTTTTGTCTTTATACA
SmilChr08G003169 Chr08 NC_080394.1:32367023-32367042promoter 内 1824-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32369200-32371777(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAATTCACGACAAAAATTAT
SmilChr02G002870 Chr02 NC_080388.1:48891402-48891421promoter 内 1821-1840 bp - 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48887838-48889241(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCGTGTTTTGTCGTTATTAT
SmilChr02G001669 Chr02 NC_080388.1:30956384-30956403promoter 内 1806-1825 bp + 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30949147-30954208(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GACTACAAGACAAAATCAAT
SmilChr08G001061 Chr08 NC_080394.1:8192360-8192379promoter 内 1799-1818 bp - 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 8194562-8196395(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGATAATGACAAAAAGTGT
SmilChr02G001076 Chr02 NC_080388.1:19252369-19252388promoter 内 1788-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19254582-19260044(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAAAAATGACAAAAAAATT
SmilChr08G003086 Chr08 NC_080394.1:31091433-31091452promoter 内 1787-1806 bp + 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 31088197-31089238(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAAAGACGACAAAGGGGTA
SmilChr05G002446 Chr05 NC_080391.1:26945560-26945579promoter 内 1776-1795 bp + 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26947785-26950342(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGTAGATTTGTCGTGTTGGG
SmilChr01G002983 Chr01 NC_080387.1:48758090-48758109promoter 内 1753-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48760338-48763144(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCATTTTTGTCATTTTTGT
SmilChr01G000196 Chr01 NC_080387.1:3379858-3379877promoter 内 1734-1753 bp - 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3382125-3383060(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAAATGCCAAAAAAAAA
SmilChr08G002198 Chr08 NC_080394.1:19914099-19914118promoter 内 1725-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19909508-19911842(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAATAAGGACAAAATAGGC
SmilChr04G003732 Chr04 NC_080390.1:53632481-53632500promoter 内 1719-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 53627892-53630218(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAAAAATGACAAAAAAATT
SmilChr01G002340 Chr01 NC_080387.1:40568359-40568378promoter 内 1689-1708 bp - 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40570671-40573529(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAATAATGACAAAAAAAAT
SmilChr08G001715 Chr08 NC_080394.1:14377733-14377752promoter 内 1649-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14380085-14383713(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCTTTTAAAA
SmilChr05G003228 Chr05 NC_080391.1:41428778-41428797promoter 内 1628-1647 bp + 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41424893-41426424(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCGAAGCAGACAAAACAGAG
SmilChr02G001877 Chr02 NC_080388.1:34077697-34077716promoter 内 1605-1624 bp + 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34080093-34082629(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGAGTTTTGTCATGTTCCT
SmilChr06G000321 Chr06 NC_080392.1:2342819-2342838promoter 内 1596-1615 bp + 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2345224-2348210(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCGGGAACTA
SmilChr02G003081 Chr02 NC_080388.1:51736223-51736242promoter 内 1595-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51733764-51733836(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAACTACAAAAAAAAC
SmilChr02G001452 Chr02 NC_080388.1:27187059-27187078promoter 内 1579-1598 bp + 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27189481-27190619(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATGCTTTTTGTCTTTTGGTA
SmilChr02G004325 Chr02 NC_080388.1:65547359-65547378promoter 内 1577-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 65542733-65544954(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAGTCCATG
SmilChr06G002722 Chr06 NC_080392.1:39328037-39328056promoter 内 1564-1583 bp - 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39330474-39332010(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACAAAGAAGACAAAATTTAA
SmilChr08G002730 Chr08 NC_080394.1:26938740-26938759promoter 内 1564-1583 bp - 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26935693-26936322(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATGCTTTTGTCTTGTTTTA
SmilChr01G001491 Chr01 NC_080387.1:28718596-28718615promoter 内 1558-1577 bp + 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 28721039-28721521(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTTTTTTTGTCCTCTTAAT
SmilChr01G001557 Chr01 NC_080387.1:29590751-29590770promoter 内 1558-1577 bp + 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29593194-29595995(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTATTTTTGTCATTATTTT
SmilChr01G003744 Chr01 NC_080387.1:55769098-55769117promoter 内 1537-1556 bp + 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55759079-55766653(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTCTAAAAGACAAAAGTAGA
SmilChr07G000279 Chr07 NC_080393.1:1816515-1816534promoter 内 1511-1530 bp - 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1806831-1814044(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCACCTTTTGTCTTTTTAAG
SmilChr03G004265 Chr03 NC_080389.1:61131610-61131629promoter 内 1493-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 61134118-61138266(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGTAAAAAACAAAAAAGAA
SmilChr04G002687 Chr04 NC_080390.1:42302092-42302111promoter 内 1491-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42298733-42299601(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAAAAATGACAAAAAAATT
SmilChr07G003640 Chr07 NC_080393.1:43105677-43105696promoter 内 1476-1495 bp - 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 43108202-43110213(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGATGCCGACAAACTCAAA
SmilChr02G001164 Chr02 NC_080388.1:21231200-21231219promoter 内 1469-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21227040-21228687(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTATTTTGTCATGTACTT
SmilChr01G004843 Chr01 NC_080387.1:66572965-66572984promoter 内 1465-1484 bp - 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 66562443-66570448(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCTATTTTTGTTTTCTTCTT
SmilChr08G004634 Chr08 NC_080394.1:55844671-55844690promoter 内 1442-1461 bp + 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55847230-55848237(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTTTAGTTTGTCGTTTTAGT
SmilChr03G002423 Chr03 NC_080389.1:38479301-38479320promoter 内 1437-1456 bp + 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38481865-38483587(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCCGGTTTTGTCTTTTTTAT
SmilChr01G001623 Chr01 NC_080387.1:30311454-30311473promoter 内 1429-1448 bp - 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30314026-30315456(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCAGAAACGACAAAGAACAA
SmilChr08G002672 Chr08 NC_080394.1:26228347-26228366promoter 内 1418-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26221368-26225783(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGTAAACGACACAATATTT
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SmilChr08G000525 Chr08 NC_080394.1:3828585-3828604promoter 内 972-991 bp - 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3823260-3825575(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGATTTTTTGTCTCTTTTCT