转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 1 / 133 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002046 Chr03 NC_080389.1:30976585-30976593promoter 内 2975-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 7 30977611-30980781(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr01G001117 Chr01 NC_080387.1:22807011-22807019promoter 内 3642-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 22804136-22806660(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G002038 Chr01 NC_080387.1:36007127-36007135promoter 内 2876-2884 bp + 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 36008252-36008563(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr04G002107 Chr04 NC_080390.1:34016391-34016399promoter 内 1840-1848 bp - 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 34013504-34014238(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr01G005972 Chr01 NC_080387.1:75401281-75401289promoter 内 1528-1536 bp - 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 75397096-75398816(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr01G002453 Chr01 NC_080387.1:42141766-42141774promoter 内 1296-1304 bp + 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 42133849-42139069(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr04G002320 Chr04 NC_080390.1:37493599-37493607promoter 内 3589-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 37490730-37493195(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr02G004777 Chr02 NC_080388.1:69947333-69947341promoter 内 2449-2457 bp - 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 69943037-69945789(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr02G005434 Chr02 NC_080388.1:74760422-74760430promoter 内 2135-2143 bp - 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 74755413-74758564(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr04G000138 Chr04 NC_080390.1:1187977-1187985promoter 内 1734-1742 bp + 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 1179164-1185718(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr02G001022 Chr02 NC_080388.1:18092641-18092649promoter 内 1530-1538 bp + 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 18087031-18090178(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr02G005233 Chr02 NC_080388.1:73536937-73536945promoter 内 1015-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 73532384-73533959(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr02G004778 Chr02 NC_080388.1:69947333-69947341promoter 内 822-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 69950512-69956552(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G003568 Chr01 NC_080387.1:54249886-54249894promoter 内 539-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 4 54253348-54255051(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G002291 Chr01 NC_080387.1:39751338-39751346promoter 内 3958-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 39751381-39754707(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G003526 Chr01 NC_080387.1:53893151-53893159promoter 内 3830-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 53893322-53895242(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr04G003061 Chr04 NC_080390.1:47181446-47181454promoter 内 3748-3756 bp - 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 47178145-47181201(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr04G001270 Chr04 NC_080390.1:20197937-20197945promoter 内 3625-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 20195045-20197569(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr03G002320 Chr03 NC_080389.1:36557162-36557170promoter 内 2630-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 36553323-36555799(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr02G002548 Chr02 NC_080388.1:44341373-44341381promoter 内 2429-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44337856-44339809(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr03G003623 Chr03 NC_080389.1:54905591-54905599promoter 内 2343-2351 bp - 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 54903235-54903941(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr04G001929 Chr04 NC_080390.1:31397501-31397509promoter 内 2169-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 31393815-31395677(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G002292 Chr01 NC_080387.1:39751338-39751346promoter 内 1855-1863 bp - 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 39753484-39761977(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr03G002566 Chr03 NC_080389.1:40848702-40848710promoter 内 1594-1602 bp - 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 40851109-40856192(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr02G003810 Chr02 NC_080388.1:59730062-59730070promoter 内 1396-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 59726684-59727465(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G002669 Chr01 NC_080387.1:44900970-44900978promoter 内 1206-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44903765-44904292(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr03G003639 Chr03 NC_080389.1:55064380-55064388promoter 内 968-976 bp - 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 55067413-55068168(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr02G001725 Chr02 NC_080388.1:31759471-31759479promoter 内 953-961 bp + 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 31762519-31763588(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr04G002283 Chr04 NC_080390.1:37073111-37073119promoter 内 931-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 37069837-37070049(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr03G000250 Chr03 NC_080389.1:2941160-2941168promoter 内 925-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 2944236-2951268(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr03G002783 Chr03 NC_080389.1:44282274-44282282promoter 内 903-911 bp + 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44275773-44279184(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr03G003625 Chr03 NC_080389.1:54919216-54919224promoter 内 781-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 54922436-54923545(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr03G000452 Chr03 NC_080389.1:4839394-4839402promoter 内 584-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 4831555-4835985(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G001810 Chr01 NC_080387.1:33038375-33038383promoter 内 554-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 33033903-33034936(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr04G000857 Chr04 NC_080390.1:10886636-10886644promoter 内 293-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 10880055-10882936(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr04G000246 Chr04 NC_080390.1:2220821-2220829promoter 内 36-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 2224786-2231203(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr03G004130 Chr03 NC_080389.1:60138701-60138709promoter 内 3833-3841 bp + 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 60132350-60138541(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53247975-53247983promoter 内 3831-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 53248145-53250479(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr04G001281 Chr04 NC_080390.1:20409579-20409587promoter 内 3755-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 20408629-20409341(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr04G002773 Chr04 NC_080390.1:43518612-43518620promoter 内 3575-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 43519038-43526984(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr03G003867 Chr03 NC_080389.1:57771603-57771611promoter 内 3349-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 57772255-57776059(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr02G000185 Chr02 NC_080388.1:2338963-2338971promoter 内 2988-2996 bp + 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 2336804-2337958(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr04G000126 Chr04 NC_080390.1:1072405-1072413promoter 内 2545-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 1067777-1070957(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G000517 Chr01 NC_080387.1:10616218-10616226promoter 内 2525-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 10617694-10624408(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr01G001113 Chr01 NC_080387.1:22743276-22743284promoter 内 2471-2479 bp - 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 22737791-22741754(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr02G003448 Chr02 NC_080388.1:55727146-55727154promoter 内 2315-2323 bp + 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 55722680-55725468(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr01G000930 Chr01 NC_080387.1:19682884-19682892promoter 内 2266-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 19677595-19681157(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr02G003788 Chr02 NC_080388.1:59525165-59525173promoter 内 2134-2142 bp + 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 59527032-59529805(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTGC
SmilChr01G000318 Chr01 NC_080387.1:6170917-6170925promoter 内 1865-1873 bp - 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 6173053-6173990(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG
SmilChr02G003887 Chr02 NC_080388.1:60959257-60959265promoter 内 1798-1806 bp + 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 60953433-60957062(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGG