转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 100 / 164 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004327 Chr07 NC_080393.1:55834145-55834159promoter 内 125-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55827361-55830283(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAAGGTAGGTTAG
SmilChr01G001238 Chr01 NC_080387.1:24788494-24788508promoter 内 52-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24792443-24794315(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACAACTACCAATAT
SmilChr01G005513 Chr01 NC_080387.1:71964368-71964382promoter 内 3176-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 71965193-71969166(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCAAAGA
SmilChr01G003355 Chr01 NC_080387.1:52298107-52298121promoter 内 2269-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 52299839-52302820(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAGGTTAGGTGAG
SmilChr08G000008 Chr08 NC_080394.1:93276-93290promoter 内 1607-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 95670-97456(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAACCTACCAAGTT
SmilChr08G002133 Chr08 NC_080394.1:19227857-19227871promoter 内 1572-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 19230286-19232979(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAATGGTAGGTACA
SmilChr02G004351 Chr02 NC_080388.1:65778747-65778761promoter 内 1241-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 65764145-65776001(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTTGGTAGTTGCA
SmilChr01G005512 Chr01 NC_080387.1:71964368-71964382promoter 内 1182-1196 bp - 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 71959914-71961563(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTTTGGTAGGTTAA
SmilChr01G001727 Chr01 NC_080387.1:31814183-31814197promoter 内 1073-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 31817111-31822515(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTACCTACCATTGA
SmilChr01G001803 Chr01 NC_080387.1:32955675-32955689promoter 内 707-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 32958969-32964067(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTACCTACCATTGA
SmilChr01G003354 Chr01 NC_080387.1:52298107-52298121promoter 内 686-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 52291283-52294806(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACCTTAT
SmilChr01G003579 Chr01 NC_080387.1:54366181-54366195promoter 内 611-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 54369571-54371350(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTAGGCA
SmilChr06G000612 Chr06 NC_080392.1:5285024-5285038promoter 内 3-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 5280207-5281040(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACAAAGTAGGTGGA
SmilChr04G003666 Chr04 NC_080390.1:53103303-53103317promoter 内 3986-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53100117-53103302(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCAAAAA
SmilChr06G000716 Chr06 NC_080392.1:6523435-6523449promoter 内 3961-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6522824-6523409(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCACAC
SmilChr05G002808 Chr05 NC_080391.1:32897885-32897899promoter 内 3947-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32886898-32897845(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTGGTTGGA
SmilChr07G004666 Chr07 NC_080393.1:59575907-59575921promoter 内 3810-3824 bp - 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59576098-59578503(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACTCCAAC
SmilChr02G004001 Chr02 NC_080388.1:62347582-62347596promoter 内 3753-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62347830-62348439(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTACCTACCAAACA
SmilChr05G001881 Chr05 NC_080391.1:19078917-19078931promoter 内 3747-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19079171-19080733(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACCCAAC
SmilChr01G005752 Chr01 NC_080387.1:73596063-73596077promoter 内 3732-3746 bp - 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73593282-73595808(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAAAAGTAGGTGAA
SmilChr02G001905 Chr02 NC_080388.1:34347808-34347822promoter 内 3675-3689 bp - 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34345531-34347496(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAATGGTAGGTACA
SmilChr07G001429 Chr07 NC_080393.1:11106170-11106184promoter 内 3666-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11104518-11105849(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCCAATT
SmilChr04G003082 Chr04 NC_080390.1:47420444-47420458promoter 内 3665-3679 bp - 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47420780-47424560(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTTTAC
SmilChr02G005596 Chr02 NC_080388.1:75706862-75706876promoter 内 3587-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75704910-75706462(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATAGTTAGGTGAA
SmilChr01G004916 Chr01 NC_080387.1:67195517-67195531promoter 内 3586-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67193509-67195116(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAGGAGTAGGTGTG
SmilChr04G001401 Chr04 NC_080390.1:22791234-22791248promoter 内 3531-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 22791704-22792840(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAATGGTAGGTAGC
SmilChr08G002326 Chr08 NC_080394.1:21932581-21932595promoter 内 3490-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21933092-21934625(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTAACTACCAAACA
SmilChr01G004466 Chr01 NC_080387.1:62753888-62753902promoter 内 3450-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62754439-62755737(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCCGGGTAGGTAAG
SmilChr01G004030 Chr01 NC_080387.1:58706845-58706859promoter 内 3435-3449 bp - 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58706212-58706293(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAGTGGTAGGTTTG
SmilChr08G002635 Chr08 NC_080394.1:25780135-25780149promoter 内 3356-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25780780-25782411(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTACCTACCCTCAA
SmilChr07G001852 Chr07 NC_080393.1:16055877-16055891promoter 内 3135-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16049383-16055025(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAACCTACCTCCGA
SmilChr05G000186 Chr05 NC_080391.1:1498637-1498651promoter 内 3056-3070 bp - 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1493467-1497706(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACATTGGTAGGTATA
SmilChr08G002325 Chr08 NC_080394.1:21932581-21932595promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21929435-21931623(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGTTAAG
SmilChr07G004509 Chr07 NC_080393.1:57751457-57751471promoter 内 3002-3016 bp + 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57749489-57750472(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTGTA
SmilChr02G000845 Chr02 NC_080388.1:14346147-14346161promoter 内 2906-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14347242-14350397(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGTTAAG
SmilChr04G000524 Chr04 NC_080390.1:5761189-5761203promoter 内 2781-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5756241-5759983(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAAAAGTAGGTGAA
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