转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 101 / 137 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001788 Chr07 NC_080393.1:15213987-15214001promoter 内 77-91 bp + 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 15217911-15223105(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGTCCT
SmilChr08G000803 Chr08 NC_080394.1:5887456-5887470promoter 内 68-82 bp + 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5891389-5894783(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAAAAAT
SmilChr02G001921 Chr02 NC_080388.1:34611131-34611145promoter 内 39-53 bp - 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 34615093-34616120(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGTTCCACGTGGCG
SmilChr03G003656 Chr03 NC_080389.1:55405690-55405704promoter 内 38-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55398768-55401741(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGTCAAGA
SmilChr07G001088 Chr07 NC_080393.1:8000877-8000891promoter 内 3892-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 7985576-8000782(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCGCAA
SmilChr01G003667 Chr01 NC_080387.1:55094625-55094639promoter 内 3385-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 55090903-55094023(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGTTCTGACGTGTAA
SmilChr06G001878 Chr06 NC_080392.1:22368944-22368958promoter 内 2649-2663 bp + 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 22370296-22374015(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGAACCGG
SmilChr06G000491 Chr06 NC_080392.1:4018632-4018646promoter 内 2527-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 4020106-4022047(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTACGGT
SmilChr02G000049 Chr02 NC_080388.1:651225-651239promoter 内 1462-1476 bp + 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 653764-653844(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCGTCG
SmilChr02G000174 Chr02 NC_080388.1:2217377-2217391promoter 内 1461-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 2214771-2214851(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCGTCG
SmilChr02G004077 Chr02 NC_080388.1:63058250-63058264promoter 内 1068-1082 bp + 2919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 63061183-63063735(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCAGAGAA
SmilChr02G004076 Chr02 NC_080388.1:63058214-63058228promoter 内 820-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 63053717-63055047(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCTCTGACGTGGAG
SmilChr01G001777 Chr01 NC_080387.1:32663787-32663801promoter 内 3974-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32663814-32665195(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATCCCGACGTGGAG
SmilChr01G001402 Chr01 NC_080387.1:27590998-27591012promoter 内 3963-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 27589426-27590974(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCGGAGGC
SmilChr06G003235 Chr06 NC_080392.1:45060271-45060285promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45060323-45072588(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGCGACT
SmilChr08G002200 Chr08 NC_080394.1:19938008-19938022promoter 内 3930-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 19937048-19937951(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGACACGTCATCTTA
SmilChr07G001501 Chr07 NC_080393.1:11977623-11977637promoter 内 3915-3929 bp - 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11977709-11985359(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAACTCGACGTGGCA
SmilChr04G000249 Chr04 NC_080390.1:2265554-2265568promoter 内 3870-3884 bp + 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2242715-2265437(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCATCCGACGTGGAC
SmilChr07G000079 Chr07 NC_080393.1:379786-379800promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 375452-379651(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAAAAGACGTGGCA
SmilChr07G000845 Chr07 NC_080393.1:6018785-6018799promoter 内 3842-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6018944-6025920(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CACCACGTCACCACC
SmilChr07G003102 Chr07 NC_080393.1:32860194-32860208promoter 内 3650-3664 bp + 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32860545-32860940(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCCCACGTCACCCAC
SmilChr01G001791 Chr01 NC_080387.1:32770811-32770825promoter 内 3637-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32771175-32776784(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTACACGTCATCAAA
SmilChr04G004175 Chr04 NC_080390.1:56363155-56363169promoter 内 3607-3621 bp + 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56360741-56362775(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTGGAAGACGTGGCT
SmilChr07G002705 Chr07 NC_080393.1:26416276-26416290promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26416756-26418358(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCCCACGTCAGCACT
SmilChr06G000490 Chr06 NC_080392.1:4016612-4016626promoter 内 3380-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4017233-4019027(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTACGGT
SmilChr05G001844 Chr05 NC_080391.1:18483160-18483174promoter 内 3298-3312 bp + 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 18480474-18482471(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTCGACGTGGAC
SmilChr03G003281 Chr03 NC_080389.1:50830073-50830087promoter 内 3205-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50828233-50829291(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCGGGATC
SmilChr06G003150 Chr06 NC_080392.1:44510863-44510877promoter 内 3191-3205 bp - 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44511673-44514678(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTCTGACGTGTAA
SmilChr06G003149 Chr06 NC_080392.1:44510863-44510877promoter 内 2981-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44505574-44509857(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTACACGTCAGAATT
SmilChr01G001994 Chr01 NC_080387.1:35342462-35342476promoter 内 2917-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35339808-35341392(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGAGACACGTGGCA
SmilChr04G000260 Chr04 NC_080390.1:2384665-2384679promoter 内 2859-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2382292-2383537(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTACGACGTGGAA
SmilChr02G004190 Chr02 NC_080388.1:64224910-64224924promoter 内 2858-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64220433-64223781(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGGCTGACGTGGTA
SmilChr02G001157 Chr02 NC_080388.1:21111145-21111159promoter 内 2774-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21112372-21115555(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATAGGG
SmilChr06G003234 Chr06 NC_080392.1:45060271-45060285promoter 内 2658-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45056570-45058942(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGTCGCTACGTGGCA
SmilChr03G002640 Chr03 NC_080389.1:41973258-41973272promoter 内 2649-2663 bp - 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41969327-41971920(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATGTTT
SmilChr03G002892 Chr03 NC_080389.1:45612168-45612182promoter 内 2620-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45607948-45610801(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGACACGTCATCGTA
SmilChr08G000737 Chr08 NC_080394.1:5466286-5466300promoter 内 2613-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5458776-5464912(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTACACGTCATCAAA
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