转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 101 / 161 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000303 Chr07 NC_080393.1:1992269-1992283promoter 内 1421-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1994849-1998318(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATCATGCCGACGCTG
SmilChr01G001584 Chr01 NC_080387.1:29861947-29861961promoter 内 1417-1431 bp + 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29864531-29866855(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCCGTCGGCAATTT
SmilChr07G003337 Chr07 NC_080393.1:35758033-35758047promoter 内 1406-1420 bp + 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 35753898-35755452(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACTGAGCCGACACAT
SmilChr05G002596 Chr05 NC_080391.1:29185085-29185099promoter 内 1356-1370 bp + 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29181060-29182454(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGATGCCGACATCA
SmilChr03G002608 Chr03 NC_080389.1:41482898-41482912promoter 内 1346-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41485553-41488274(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGGGGCCGACACCA
SmilChr06G000311 Chr06 NC_080392.1:2236522-2236536promoter 内 1239-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2239284-2243370(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATGTGCCGACAATC
SmilChr07G004499 Chr07 NC_080393.1:57665981-57665995promoter 内 1215-1229 bp + 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57662137-57663209(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGGTGCCGACGAAA
SmilChr03G003714 Chr03 NC_080389.1:56086738-56086752promoter 内 1121-1135 bp - 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56083801-56083872(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCGTCGGCACCAC
SmilChr03G000380 Chr03 NC_080389.1:4252783-4252797promoter 内 1092-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4255692-4259229(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCGTCGGCACCAC
SmilChr03G000869 Chr03 NC_080389.1:9875664-9875678promoter 内 1081-1095 bp + 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9870410-9872758(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTCAACCGACAAAG
SmilChr01G002048 Chr01 NC_080387.1:36295542-36295556promoter 内 1043-1057 bp + 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 36289954-36292598(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AACTAGCCGACACAA
SmilChr05G002650 Chr05 NC_080391.1:29986408-29986422promoter 内 963-977 bp - 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29980698-29983384(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATGTCGGCAATTA
SmilChr02G000571 Chr02 NC_080388.1:8065480-8065494promoter 内 807-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8068674-8071081(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCGTCGGCACCAC
SmilChr08G003369 Chr08 NC_080394.1:35308838-35308852promoter 内 763-777 bp - 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 35304985-35305614(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCGTCGGCACCAC
SmilChr01G003276 Chr01 NC_080387.1:51469969-51469983promoter 内 741-755 bp + 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 51463545-51466723(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGGTGCCGACGAAA
SmilChr02G001795 Chr02 NC_080388.1:32718719-32718733promoter 内 728-742 bp - 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 32721992-32722846(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGGGGCCGACACCA
SmilChr03G000117 Chr03 NC_080389.1:1292982-1292996promoter 内 712-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1288471-1289707(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGTTGAAG
SmilChr04G000689 Chr04 NC_080390.1:8027442-8027456promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8022926-8024107(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGTTGAAG
SmilChr02G003622 Chr02 NC_080388.1:57532352-57532366promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57528041-57528978(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTGTCGGTGTCGA
SmilChr02G005286 Chr02 NC_080388.1:73883625-73883639promoter 内 575-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 73887051-73890068(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TACACGCCGACAAGA
SmilChr01G002492 Chr01 NC_080387.1:42660130-42660144promoter 内 560-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 42663571-42665645(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCGTCGGCACCAC
SmilChr05G001795 Chr05 NC_080391.1:17693719-17693733promoter 内 554-568 bp - 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 17697166-17700138(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGCGGCCGACATTT
SmilChr07G000301 Chr07 NC_080393.1:1984668-1984682promoter 内 520-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1979802-1981201(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGCGTCGGCATGAT
SmilChr01G004527 Chr01 NC_080387.1:63460791-63460805promoter 内 426-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 63464366-63467673(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGAAGCCGACAGCC
SmilChr08G004011 Chr08 NC_080394.1:48490509-48490523promoter 内 391-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48494119-48500210(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTGGGCCGACACCG
SmilChr07G003590 Chr07 NC_080393.1:41924969-41924983promoter 内 373-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41918258-41921355(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGGTGCCGACGAAA
SmilChr07G002906 Chr07 NC_080393.1:29469394-29469408promoter 内 350-364 bp - 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29473045-29475715(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCAAGGCCGACAATA
SmilChr03G002209 Chr03 NC_080389.1:34819143-34819157promoter 内 328-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 34813516-34815484(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGGTGCCGACGGCC
SmilChr02G004442 Chr02 NC_080388.1:66783705-66783719promoter 内 324-338 bp + 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 66787382-66787453(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGCCCCGT
SmilChr03G003311 Chr03 NC_080389.1:51363092-51363106promoter 内 259-273 bp - 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 51358897-51359364(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGTGACTC
SmilChr02G004443 Chr02 NC_080388.1:66783705-66783719promoter 内 184-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 66787522-66787594(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGCCCCGT
SmilChr03G004383 Chr03 NC_080389.1:62039857-62039871promoter 内 184-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 62043674-62046173(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GACCCACCGACAAAC
SmilChr02G000261 Chr02 NC_080388.1:3362190-3362204promoter 内 134-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3366057-3369031(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAACTGCCGACGGCC
SmilChr06G000309 Chr06 NC_080392.1:2236522-2236536promoter 内 113-127 bp - 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2229740-2232648(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTGTCGGCACATC
SmilChr07G002112 Chr07 NC_080393.1:19234613-19234627promoter 内 27-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 19238587-19244873(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GACCGGCCGACAGGG
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SmilChr01G000960 Chr01 NC_080387.1:20315954-20315968promoter 内 3708-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 20316247-20317386(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAATGTCGGCCCCGC
SmilChr06G000086 Chr06 NC_080392.1:625170-625184promoter 内 3244-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 623048-624427(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGTAACTT
SmilChr04G000405 Chr04 NC_080390.1:4239135-4239149promoter 内 2989-3003 bp - 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 4235599-4238137(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGTGTCGGCGCTCC
SmilChr01G001454 Chr01 NC_080387.1:28217046-28217060promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 28212973-28216042(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACCGAGCCGACACAT
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SmilChr06G002579 Chr06 NC_080392.1:37029050-37029064promoter 内 2796-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 37022191-37027859(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTATGCCGACGTGT
SmilChr02G003677 Chr02 NC_080388.1:58144128-58144142promoter 内 2754-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 58142824-58142895(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGATTACCGACAAAA
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SmilChr03G004736 Chr03 NC_080389.1:64494820-64494834promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 64490771-64494819(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGACGGCGA
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SmilChr05G002563 Chr05 NC_080391.1:28796650-28796664promoter 内 3774-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28796877-28798817(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAACTACCGACAAAC