转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 103 / 149 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000543 Chr02 NC_080388.1:7496632-7496640promoter 内 3593-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7493156-7496232(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr03G002519 Chr03 NC_080389.1:40152540-40152548promoter 内 3589-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 40137796-40152136(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr02G000184 Chr02 NC_080388.1:2325363-2325371promoter 内 3567-3575 bp - 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 2325797-2336714(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr02G005339 Chr02 NC_080388.1:74239918-74239926promoter 内 3548-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 74240371-74242892(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr02G003264 Chr02 NC_080388.1:53922914-53922922promoter 内 3519-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 53920424-53922440(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr02G002377 Chr02 NC_080388.1:41660400-41660408promoter 内 3504-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 41660897-41662976(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr02G003998 Chr02 NC_080388.1:62309963-62309971promoter 内 3484-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 62303822-62309454(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr01G002337 Chr01 NC_080387.1:40553045-40553053promoter 内 3470-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 40547927-40552522(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr01G003599 Chr01 NC_080387.1:54550615-54550623promoter 内 3450-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 54551166-54552791(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr02G004521 Chr02 NC_080388.1:67737004-67737012promoter 内 3388-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 67734728-67736399(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr01G005841 Chr01 NC_080387.1:74408621-74408629promoter 内 3368-3376 bp - 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 74406422-74407996(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr03G003297 Chr03 NC_080389.1:51095791-51095799promoter 内 3358-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 51096434-51098033(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr03G000718 Chr03 NC_080389.1:7974339-7974347promoter 内 3348-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7974992-7975785(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr04G002464 Chr04 NC_080390.1:39472923-39472931promoter 内 3341-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 39473583-39481003(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr04G000965 Chr04 NC_080390.1:12892039-12892047promoter 内 3339-3347 bp + 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 12890777-12891385(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr04G001955 Chr04 NC_080390.1:31739026-31739034promoter 内 3332-3340 bp - 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 31739695-31744575(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr01G003112 Chr01 NC_080387.1:49926116-49926124promoter 内 3319-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 49926798-49930025(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr01G004465 Chr01 NC_080387.1:62751047-62751055promoter 内 3319-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 62745873-62750373(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr04G001018 Chr04 NC_080390.1:14190024-14190032promoter 内 3306-3314 bp + 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 14190719-14191526(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr01G005417 Chr01 NC_080387.1:71381753-71381761promoter 内 3254-3262 bp - 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 71382500-71388769(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr03G003793 Chr03 NC_080389.1:57029321-57029329promoter 内 3242-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 57030080-57031847(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr01G004145 Chr01 NC_080387.1:59964983-59964991promoter 内 3217-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 59965767-59967079(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr01G003847 Chr01 NC_080387.1:56776714-56776722promoter 内 3216-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56777499-56780088(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr02G005330 Chr02 NC_080388.1:74143322-74143330promoter 内 3158-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 74144165-74150955(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr01G003208 Chr01 NC_080387.1:50861478-50861486promoter 内 3116-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 50862363-50862856(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr03G001425 Chr03 NC_080389.1:16900495-16900503promoter 内 3063-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 16898811-16899565(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr04G001596 Chr04 NC_080390.1:26584565-26584573promoter 内 2979-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 26585587-26587743(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGA
SmilChr03G002660 Chr03 NC_080389.1:42263488-42263496promoter 内 2971-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 42264518-42265742(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr01G000490 Chr01 NC_080387.1:9962999-9963007promoter 内 2962-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9959422-9961968(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr03G001655 Chr03 NC_080389.1:21509230-21509238promoter 内 2945-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 21505653-21508182(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr04G002379 Chr04 NC_080390.1:38321201-38321209promoter 内 2934-2942 bp - 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 38322268-38330598(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr03G001908 Chr03 NC_080389.1:26700632-26700640promoter 内 2926-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 26701707-26704144(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr03G002443 Chr03 NC_080389.1:38827819-38827827promoter 内 2926-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 38828894-38831374(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr04G000703 Chr04 NC_080390.1:8177393-8177401promoter 内 2926-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 8178468-8181148(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr04G001590 Chr04 NC_080390.1:26480186-26480194promoter 内 2913-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 26481274-26482134(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
SmilChr01G000680 Chr01 NC_080387.1:15023089-15023097promoter 内 2906-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 15016159-15022002(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAT
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