转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 106 / 134 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005776 Chr01 NC_080387.1:73874710-73874724promoter 内 540-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 73849965-73871263(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGTCATCC
SmilChr05G000523 Chr05 NC_080391.1:4018796-4018810promoter 内 54-68 bp - 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 4012772-4014863(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGAAGCCGACATGT
SmilChr04G000886 Chr04 NC_080390.1:11334960-11334974promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11334975-11335953(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTAGTCGGCAGGGT
SmilChr02G000002 Chr02 NC_080388.1:21230-21244promoter 内 3934-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 18658-21177(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGAAGTCGGCAATAT
SmilChr03G002616 Chr03 NC_080389.1:41567433-41567447promoter 内 3902-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41563902-41567348(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TATCTGCCGACTTCT
SmilChr08G002865 Chr08 NC_080394.1:28484519-28484533promoter 内 3880-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28484640-28497044(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGCAAACCGACATCA
SmilChr03G003402 Chr03 NC_080389.1:52388539-52388553promoter 内 3845-3859 bp - 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52388695-52390012(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGAGTCGGCAGGGT
SmilChr02G002430 Chr02 NC_080388.1:42314892-42314906promoter 内 3748-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42315145-42315468(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGTGTCGGCCAGAT
SmilChr01G004884 Chr01 NC_080387.1:66909517-66909531promoter 内 3682-3696 bp + 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 66909836-66914661(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATCGCCGACAGAT
SmilChr06G001097 Chr06 NC_080392.1:10976778-10976792promoter 内 3498-3512 bp + 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10977281-10980415(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAACCGCCGACAAAT
SmilChr04G001512 Chr04 NC_080390.1:24934518-24934532promoter 内 3486-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24932235-24934017(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGTCGTTC
SmilChr03G002436 Chr03 NC_080389.1:38686410-38686424promoter 内 3472-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38684669-38685895(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAAGTGCCGACCTCG
SmilChr01G003630 Chr01 NC_080387.1:54833032-54833046promoter 内 3429-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 54833604-54836047(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGAGGCCGACAGCA
SmilChr08G002189 Chr08 NC_080394.1:19772197-19772211promoter 内 3402-3416 bp + 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 19768857-19771612(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCTCTTA
SmilChr01G003648 Chr01 NC_080387.1:54954195-54954209promoter 内 3401-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 54954795-54957194(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGAGGCCGACAGCA
SmilChr03G003915 Chr03 NC_080389.1:58247425-58247439promoter 内 3380-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58248046-58251686(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGGCGCCGACAATT
SmilChr03G000286 Chr03 NC_080389.1:3259469-3259483promoter 内 3379-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3256730-3258861(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAACCGCCGACAAAT
SmilChr02G002599 Chr02 NC_080388.1:45131191-45131205promoter 内 3377-3391 bp - 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45122975-45130581(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAACCGCCGACAAAT
SmilChr01G003423 Chr01 NC_080387.1:52884936-52884950promoter 内 3331-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52885606-52887889(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAACCGCCGACAAAT
SmilChr01G003492 Chr01 NC_080387.1:53492092-53492106promoter 内 3323-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53492770-53495252(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAACCGCCGACAAAT
SmilChr05G002127 Chr05 NC_080391.1:22366164-22366178promoter 内 3273-3287 bp + 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 22364438-22365450(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCGTCGGCAGGAG
SmilChr03G002160 Chr03 NC_080389.1:33634049-33634063promoter 内 3228-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33633218-33633290(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTCGTCGGCAACTC
SmilChr01G004103 Chr01 NC_080387.1:59506492-59506506promoter 内 3198-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59503982-59505703(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTTGCCGACTTAA
SmilChr07G004396 Chr07 NC_080393.1:56587272-56587286promoter 内 3193-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56588080-56590805(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACAAGTCGGCAATCG
SmilChr08G003192 Chr08 NC_080394.1:32723426-32723440promoter 内 3150-3164 bp + 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32724277-32726711(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAACCGCCGACAAAT
SmilChr02G004945 Chr02 NC_080388.1:71409099-71409113promoter 内 3111-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71402917-71408223(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTATGTCGGCTCACC
SmilChr07G002577 Chr07 NC_080393.1:24642064-24642078promoter 内 3050-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24637693-24641127(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGATGGGGA
SmilChr08G000124 Chr08 NC_080394.1:778344-778358promoter 内 3046-3060 bp - 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 779299-781278(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGCTGTCGGCGGCAC
SmilChr04G004180 Chr04 NC_080390.1:56386035-56386049promoter 内 3024-3038 bp - 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56383202-56385072(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAAATGCCGACATTC
SmilChr05G002964 Chr05 NC_080391.1:35902252-35902266promoter 内 3010-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35903243-35904051(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGCGTCGGCAGACG
SmilChr04G001855 Chr04 NC_080390.1:30189027-30189041promoter 内 2923-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 30186711-30187963(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACAAGTCGGCAATCG
SmilChr07G004335 Chr07 NC_080393.1:55909852-55909866promoter 内 2911-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55910942-55915599(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGACGCCGACAAGT
SmilChr08G003659 Chr08 NC_080394.1:40331980-40331994promoter 内 2850-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40333131-40334264(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGCGTCGGCAGACG
SmilChr03G003355 Chr03 NC_080389.1:51865617-51865631promoter 内 2838-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 51866780-51873414(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCCCACC
SmilChr01G000664 Chr01 NC_080387.1:14778652-14778666promoter 内 2793-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 14779860-14782457(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTCGTCGACATCG
SmilChr06G002346 Chr06 NC_080392.1:34151740-34151754promoter 内 2715-2729 bp + 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 34146560-34150468(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGAGTCGGCAGTAG
SmilChr01G003750 Chr01 NC_080387.1:55873272-55873286promoter 内 2701-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55874572-55875555(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGCGTCGGCAGTCG
SmilChr05G004366 Chr05 NC_080391.1:57198309-57198323promoter 内 2655-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57199655-57202054(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTGTCGGCGCAAA
SmilChr03G000006 Chr03 NC_080389.1:88894-88908promoter 内 2635-2649 bp + 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 85191-87542(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCTAAGT
SmilChr07G000600 Chr07 NC_080393.1:4104138-4104152promoter 内 2627-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4098028-4102778(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTCAGCCGACAACT
SmilChr07G000893 Chr07 NC_080393.1:6417668-6417682promoter 内 2626-2640 bp + 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6419043-6423948(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCTCGCCGACAGTG
SmilChr07G003842 Chr07 NC_080393.1:47619457-47619471promoter 内 2496-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47617115-47617966(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GATTAACCGACATAA
SmilChr05G001455 Chr05 NC_080391.1:13286112-13286126promoter 内 2494-2508 bp - 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 13287619-13292532(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGAAGTCGGCAAACA
SmilChr01G001721 Chr01 NC_080387.1:31683695-31683709promoter 内 2433-2447 bp + 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 31685263-31686471(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTGGACCGACATTC
SmilChr03G001999 Chr03 NC_080389.1:29715425-29715439promoter 内 2399-2413 bp - 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 29717027-29718523(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGAAGTCGGCATCGC
SmilChr05G000096 Chr05 NC_080391.1:572905-572919promoter 内 2350-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 574556-575784(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGTGTCGGCCTTGG
SmilChr03G003354 Chr03 NC_080389.1:51865617-51865631promoter 内 2331-2345 bp - 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 51862361-51863961(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTGGGCCGACACCT
SmilChr02G003251 Chr02 NC_080388.1:53810794-53810808promoter 内 2315-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53804462-53809122(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGCGTCGGCAACTT
SmilChr04G001737 Chr04 NC_080390.1:28600908-28600922promoter 内 2268-2282 bp - 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28593473-28599189(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGGTGCCGACAAGT
SmilChr03G003782 Chr03 NC_080389.1:56943308-56943322promoter 内 2243-2257 bp - 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56938455-56941564(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGATGCCGACAATG