转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 107 / 144 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002200 Chr02 NC_080388.1:39232806-39232818promoter 内 1387-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 39230132-39230204(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GATGTTGACTTAA
SmilChr02G004499 Chr02 NC_080388.1:67497287-67497299promoter 内 1346-1358 bp - 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 67491753-67494644(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACAAT
SmilChr03G003426 Chr03 NC_080389.1:52598767-52598779promoter 内 1252-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 52601516-52601980(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACAAT
SmilChr04G002576 Chr04 NC_080390.1:41115452-41115464promoter 内 1167-1179 bp - 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 41118286-41164029(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTATTTGACTTTG
SmilChr01G003872 Chr01 NC_080387.1:56966428-56966440promoter 内 1158-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 56969271-56973593(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr02G000623 Chr02 NC_080388.1:9220553-9220565promoter 内 1117-1129 bp - 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 9216415-9217681(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAATAC
SmilChr01G000806 Chr01 NC_080387.1:17437808-17437820promoter 内 950-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 17431542-17434769(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAATAC
SmilChr01G004836 Chr01 NC_080387.1:66486609-66486621promoter 内 909-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 66489701-66500904(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr01G002896 Chr01 NC_080387.1:47662300-47662312promoter 内 777-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 47656766-47659088(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr02G003812 Chr02 NC_080388.1:59747267-59747279promoter 内 726-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 59740148-59744004(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACAAT
SmilChr01G005947 Chr01 NC_080387.1:75197091-75197103promoter 内 661-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 75200431-75203186(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr01G002770 Chr01 NC_080387.1:46148934-46148946promoter 内 606-618 bp - 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 46144436-46145551(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACAAT
SmilChr01G002944 Chr01 NC_080387.1:48224000-48224012promoter 内 605-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 48218939-48220616(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAATAC
SmilChr03G004034 Chr03 NC_080389.1:59330676-59330688promoter 内 584-596 bp + 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 59334093-59343941(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACAAT
SmilChr02G003095 Chr02 NC_080388.1:51823184-51823196promoter 内 481-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 51826704-51829362(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACAAT
SmilChr01G002771 Chr01 NC_080387.1:46149007-46149019promoter 内 391-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 46152617-46155559(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr04G001841 Chr04 NC_080390.1:29942002-29942014promoter 内 332-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 29945671-29949750(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCCGTTGACCGCC
SmilChr02G004671 Chr02 NC_080388.1:69074087-69074099promoter 内 298-310 bp + 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 69065789-69070396(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTATTTGACTTTG
SmilChr03G003518 Chr03 NC_080389.1:53776758-53776770promoter 内 272-284 bp + 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 53769849-53773041(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGATTTGACTTTT
SmilChr03G004517 Chr03 NC_080389.1:63207130-63207142promoter 内 248-260 bp + 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 63210883-63215270(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACAAT
SmilChr01G002008 Chr01 NC_080387.1:35636715-35636727promoter 内 230-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 35628980-35632956(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr01G002011 Chr01 NC_080387.1:35668375-35668387promoter 内 227-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 35660641-35664613(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr02G000622 Chr02 NC_080388.1:9220553-9220565promoter 内 189-201 bp - 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 9212839-9216753(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAATAC
SmilChr03G003720 Chr03 NC_080389.1:56219345-56219357promoter 内 103-115 bp - 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 56212604-56215459(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACAAT
SmilChr03G003070 Chr03 NC_080389.1:47700378-47700390promoter 内 41-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 47695414-47696430(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr03G003356 Chr03 NC_080389.1:51886289-51886301promoter 内 3918-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51886372-51889616(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAGTTGACTACC
SmilChr02G005150 Chr02 NC_080388.1:72881484-72881496promoter 内 3901-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72881584-72885734(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTGTTGACTCCT
SmilChr01G004732 Chr01 NC_080387.1:65510143-65510155promoter 内 3885-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 65506016-65510039(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr02G004440 Chr02 NC_080388.1:66770211-66770223promoter 内 3882-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 66770330-66774028(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr01G001813 Chr01 NC_080387.1:33084047-33084059promoter 内 3862-3874 bp - 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 33084186-33088888(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr01G000312 Chr01 NC_080387.1:6027486-6027498promoter 内 3854-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6026254-6027351(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAATGGC
SmilChr02G000893 Chr02 NC_080388.1:15375091-15375103promoter 内 3839-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15373142-15374941(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTGTTGACTTAA
SmilChr03G002616 Chr03 NC_080389.1:41567504-41567516promoter 内 3833-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 41563902-41567348(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACATC
SmilChr04G002180 Chr04 NC_080390.1:35222657-35222669promoter 内 3787-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35215561-35222455(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACAAT
SmilChr03G002651 Chr03 NC_080389.1:42173825-42173837promoter 内 3758-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42171587-42173594(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGCGGTCAACGAA
SmilChr01G004771 Chr01 NC_080387.1:65888853-65888865promoter 内 3755-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 65882451-65888619(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATAGTTGACTAAT
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