转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 107 / 131 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004684 Chr02 NC_080388.1:69150629-69150638promoter 内 3109-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69146806-69149746(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr01G001080 Chr01 NC_080387.1:22233186-22233195promoter 内 3066-3075 bp + 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22234121-22234822(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr01G001203 Chr01 NC_080387.1:24253692-24253701promoter 内 3025-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24250444-24252725(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G004417 Chr01 NC_080387.1:62311577-62311586promoter 内 3009-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 62306415-62310594(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G001855 Chr02 NC_080388.1:33767099-33767108promoter 内 2996-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33765968-33766103(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G002995 Chr01 NC_080387.1:48908315-48908324promoter 内 2953-2962 bp - 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48904622-48907276(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G000086 Chr02 NC_080388.1:1131596-1131605promoter 内 2897-2906 bp + 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1128275-1130501(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G000798 Chr01 NC_080387.1:17240824-17240833promoter 内 2874-2883 bp - 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17237048-17239706(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G002852 Chr02 NC_080388.1:48685872-48685881promoter 内 2841-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48687032-48691166(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AAGTGTCGGC
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37865603-37865612promoter 内 2775-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37862410-37864386(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr01G000599 Chr01 NC_080387.1:13043947-13043956promoter 内 2713-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13045235-13048296(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G002585 Chr02 NC_080388.1:44955638-44955647promoter 内 2602-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44954177-44954248(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G002404 Chr02 NC_080388.1:41960767-41960776promoter 内 2601-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41955374-41959376(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G002632 Chr02 NC_080388.1:45698870-45698879promoter 内 2590-2599 bp + 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45697397-45697468(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G001371 Chr02 NC_080388.1:25962601-25962610promoter 内 2579-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25960568-25961188(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G005190 Chr01 NC_080387.1:69628936-69628945promoter 内 2553-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69598680-69627497(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G004648 Chr02 NC_080388.1:68910245-68910254promoter 内 2524-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68911722-68913135(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr01G001079 Chr01 NC_080387.1:22233186-22233195promoter 内 2344-2353 bp + 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22226648-22231538(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G005771 Chr01 NC_080387.1:73793953-73793962promoter 内 2324-2333 bp + 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 73789264-73792285(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr03G000844 Chr03 NC_080389.1:9634312-9634321promoter 内 2298-2307 bp + 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9631854-9632618(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G005933 Chr01 NC_080387.1:75093600-75093609promoter 内 2270-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75095331-75098085(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G005478 Chr01 NC_080387.1:71765394-71765403promoter 内 2249-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71767146-71770548(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G003097 Chr02 NC_080388.1:51843506-51843515promoter 内 2197-2206 bp - 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 51832350-51841711(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G004685 Chr02 NC_080388.1:69150629-69150638promoter 内 2181-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69152449-69154089(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G000926 Chr02 NC_080388.1:16101470-16101479promoter 内 2175-2184 bp + 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16103296-16108705(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G005574 Chr02 NC_080388.1:75612624-75612633promoter 内 2174-2183 bp + 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75608762-75610806(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G003173 Chr01 NC_080387.1:50539337-50539346promoter 内 2163-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50541175-50542457(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr03G000551 Chr03 NC_080389.1:5966949-5966958promoter 内 2152-2161 bp + 1840 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5968798-5987336(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G005422 Chr02 NC_080388.1:74685138-74685147promoter 内 2151-2160 bp - 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 74681555-74683297(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr03G000801 Chr03 NC_080389.1:9178013-9178022promoter 内 2149-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9176064-9176170(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G003673 Chr02 NC_080388.1:58107055-58107064promoter 内 2082-2091 bp + 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58104390-58105145(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G004346 Chr02 NC_080388.1:65735949-65735958promoter 内 2075-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 65737875-65740476(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G002263 Chr01 NC_080387.1:39433130-39433139promoter 内 2073-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 39435058-39436642(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G004371 Chr02 NC_080388.1:66045593-66045602promoter 内 2062-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66042505-66043663(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G004368 Chr02 NC_080388.1:65978766-65978775promoter 内 2053-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 65974899-65976827(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr01G002150 Chr01 NC_080387.1:37489113-37489122promoter 内 2040-2049 bp + 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37491074-37491916(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr01G000875 Chr01 NC_080387.1:18623195-18623204promoter 内 1957-1966 bp + 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 18625239-18626543(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G002290 Chr02 NC_080388.1:40429273-40429282promoter 内 1951-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 40431323-40434945(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AAGTGTCGGC
SmilChr01G004605 Chr01 NC_080387.1:64037918-64037927promoter 内 1937-1946 bp - 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64032425-64035863(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr02G003289 Chr02 NC_080388.1:54169220-54169229promoter 内 1916-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54165330-54167144(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G001081 Chr01 NC_080387.1:22233186-22233195promoter 内 1909-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22235278-22236773(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA
SmilChr01G004419 Chr01 NC_080387.1:62311577-62311586promoter 内 1906-1915 bp - 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 62313672-62316505(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G002870 Chr02 NC_080388.1:48891407-48891416promoter 内 1826-1835 bp + 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48887838-48889241(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G002962 Chr01 NC_080387.1:48521797-48521806promoter 内 1821-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48514321-48519626(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr01G001930 Chr01 NC_080387.1:34474606-34474615promoter 内 1818-1827 bp - 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34471363-34472432(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACTT
SmilChr01G004533 Chr01 NC_080387.1:63502388-63502397promoter 内 1782-1791 bp + 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 63495354-63500178(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G003990 Chr02 NC_080388.1:62195635-62195644promoter 内 1741-1750 bp + 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 62191665-62193384(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G000043 Chr02 NC_080388.1:559044-559053promoter 内 1711-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 555896-556763(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr02G001370 Chr02 NC_080388.1:25962601-25962610promoter 内 1652-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25956308-25960261(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTT
SmilChr03G000395 Chr03 NC_080389.1:4322106-4322115promoter 内 1651-1660 bp - 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4316937-4319765(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAA