转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 107 / 134 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001577 Chr06 NC_080392.1:17227384-17227398promoter 内 2168-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 17223440-17225565(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGTTCTCA
SmilChr02G005043 Chr02 NC_080388.1:72152253-72152267promoter 内 2157-2171 bp - 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 72146367-72150423(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTGTGCCGACCTGT
SmilChr03G004578 Chr03 NC_080389.1:63668839-63668853promoter 内 2094-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 63664236-63666946(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAAATACCGACATTG
SmilChr03G000608 Chr03 NC_080389.1:6717876-6717890promoter 内 2066-2080 bp + 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6714808-6715955(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGGGTCGGCAGAAG
SmilChr04G001841 Chr04 NC_080390.1:29943735-29943749promoter 内 2065-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 29945671-29949750(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGAGGCCGACAATG
SmilChr03G004158 Chr03 NC_080389.1:60360545-60360559promoter 内 2058-2072 bp - 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 60362488-60378219(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCTCTTA
SmilChr02G002608 Chr02 NC_080388.1:45241760-45241774promoter 内 2028-2042 bp - 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45237515-45239801(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTCAGCCGACATTT
SmilChr05G001105 Chr05 NC_080391.1:9180347-9180361promoter 内 2000-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9177029-9178360(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGACCGCCGACAGCA
SmilChr08G002727 Chr08 NC_080394.1:26918922-26918936promoter 内 1905-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 26921018-26924307(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTGGTCGGCAACGC
SmilChr02G002130 Chr02 NC_080388.1:38149849-38149863promoter 内 1874-1888 bp + 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38146714-38147736(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCCCATC
SmilChr07G004636 Chr07 NC_080393.1:59221729-59221743promoter 内 1873-1887 bp - 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59210852-59219615(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGATGCCGACAACA
SmilChr03G004431 Chr03 NC_080389.1:62458716-62458730promoter 内 1859-1873 bp - 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 62460858-62462834(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGAAGTCGGCAGTTT
SmilChr04G001843 Chr04 NC_080390.1:29969352-29969366promoter 内 1858-1872 bp + 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 29965336-29967223(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCTGTCGGCGATGG
SmilChr08G001485 Chr08 NC_080394.1:11958329-11958343promoter 内 1632-1646 bp - 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11960698-11963284(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTATGTCGGTTCAAG
SmilChr01G003998 Chr01 NC_080387.1:58385618-58385632promoter 内 1599-1613 bp + 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58380414-58383230(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGTCTCAC
SmilChr01G005000 Chr01 NC_080387.1:68047057-68047071promoter 内 1564-1578 bp + 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 68049494-68051092(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATAACCGACATTA
SmilChr03G000774 Chr03 NC_080389.1:8828066-8828080promoter 内 1548-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8824486-8825627(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGTGTCGGCACACA
SmilChr01G000663 Chr01 NC_080387.1:14778652-14778666promoter 内 1537-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 14773813-14776202(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGACGAAAA
SmilChr04G000869 Chr04 NC_080390.1:11196141-11196155promoter 内 1534-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10980515-11193688(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTTGTCGGCTACAG
SmilChr08G001815 Chr08 NC_080394.1:15297822-15297836promoter 内 1503-1517 bp - 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15300320-15316132(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGTCTCTC
SmilChr05G000090 Chr05 NC_080391.1:504204-504218promoter 内 1372-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 499024-501589(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTGTCGGCGGTTC
SmilChr08G001060 Chr08 NC_080394.1:8167805-8167819promoter 内 1296-1310 bp - 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8170510-8171385(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAAAGTCGGCAATAG
SmilChr08G003660 Chr08 NC_080394.1:40331980-40331994promoter 内 1256-1270 bp - 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40334725-40336118(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGCGTCGGCAGACG
SmilChr02G003249 Chr02 NC_080388.1:53754147-53754161promoter 内 1178-1192 bp - 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53745143-53751338(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGGTGCCGACCTCC
SmilChr06G001108 Chr06 NC_080392.1:11204332-11204346promoter 内 1173-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11194463-11201518(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGTATTGA
SmilChr08G003432 Chr08 NC_080394.1:36591246-36591260promoter 内 1111-1125 bp + 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36594136-36598914(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATAACCGACATTA
SmilChr07G000919 Chr07 NC_080393.1:6558961-6558975promoter 内 1079-1093 bp - 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6561883-6564304(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCGTGGA
SmilChr04G001498 Chr04 NC_080390.1:24523429-24523443promoter 内 1041-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24519500-24520483(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCTGACA
SmilChr02G000901 Chr02 NC_080388.1:15469613-15469627promoter 内 1023-1037 bp + 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15472591-15473370(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCACCATCGACATCG
SmilChr07G004632 Chr07 NC_080393.1:59163599-59163613promoter 内 1016-1030 bp - 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59166584-59174163(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCATCTA
SmilChr05G003334 Chr05 NC_080391.1:43757891-43757905promoter 内 979-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 43760913-43762337(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTCGTCGGCAACTC
SmilChr08G003407 Chr08 NC_080394.1:35995996-35996010promoter 内 973-987 bp - 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35990870-35992982(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTGAACCGACATTG
SmilChr02G002310 Chr02 NC_080388.1:40710136-40710150promoter 内 888-902 bp + 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40713249-40717348(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGCAGCCGACAACA
SmilChr04G000418 Chr04 NC_080390.1:4414664-4414678promoter 内 851-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4417814-4419641(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCATACCGACATTA
SmilChr05G002183 Chr05 NC_080391.1:23317509-23317523promoter 内 782-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 23310963-23314304(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTCGTCGGCAACTC
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SmilChr04G001331 Chr04 NC_080390.1:21506466-21506480promoter 内 751-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 21509716-21510660(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCCTGCCGACGAGC
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SmilChr04G000398 Chr04 NC_080390.1:4120448-4120462promoter 内 618-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4111781-4117079(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTTGCCGACGACG
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