转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 108 / 133 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000836 Chr03 NC_080389.1:9575834-9575848promoter 内 1273-1287 bp + 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9578562-9582344(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAAGAAAG
SmilChr01G001277 Chr01 NC_080387.1:25552990-25553004promoter 内 1272-1286 bp + 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 25547347-25550275(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTATCCTTATCTGTG
SmilChr03G000614 Chr03 NC_080389.1:6808650-6808664promoter 内 1245-1259 bp - 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6804871-6805908(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATGATAAGGAGAA
SmilChr02G004083 Chr02 NC_080388.1:63106051-63106065promoter 内 1127-1141 bp - 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63102560-63103191(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGGGATAAGTGAGG
SmilChr02G002278 Chr02 NC_080388.1:40265539-40265553promoter 内 1073-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40268467-40269588(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATAACTTATCCAAG
SmilChr02G005456 Chr02 NC_080388.1:74888980-74888994promoter 内 1066-1080 bp - 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74883626-74886059(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAAATTTA
SmilChr02G005213 Chr02 NC_080388.1:73336446-73336460promoter 内 1020-1034 bp - 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73339427-73341167(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGTGTTATCCAAA
SmilChr01G000885 Chr01 NC_080387.1:18897641-18897655promoter 内 996-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18882476-18894650(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTTCTTATCCCAC
SmilChr03G001505 Chr03 NC_080389.1:18403017-18403031promoter 内 990-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18406028-18407845(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCGCCTTATCCGGC
SmilChr02G001541 Chr02 NC_080388.1:28675646-28675660promoter 内 962-976 bp + 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28672181-28672621(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGTGTTATCCATT
SmilChr01G003139 Chr01 NC_080387.1:50205926-50205940promoter 内 940-954 bp - 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50199028-50202879(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTAGGATAAGTTAAA
SmilChr01G003965 Chr01 NC_080387.1:58092744-58092758promoter 内 919-933 bp - 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 58095826-58097367(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCGTAT
SmilChr02G004009 Chr02 NC_080388.1:62409886-62409900promoter 内 892-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62412995-62417878(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCGGATAAGTTACA
SmilChr02G003310 Chr02 NC_080388.1:54347497-54347511promoter 内 762-776 bp - 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54350736-54351601(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGACTCTTATCCTGG
SmilChr01G003577 Chr01 NC_080387.1:54364728-54364742promoter 内 746-760 bp + 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54360728-54361487(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTTTTATTATCCAAT
SmilChr02G001174 Chr02 NC_080388.1:21546989-21547003promoter 内 692-706 bp + 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21550298-21552936(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAAGTGGAC
SmilChr01G004796 Chr01 NC_080387.1:66191802-66191816promoter 内 620-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 66186585-66188435(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACGACTTTATCCAAT
SmilChr01G001497 Chr01 NC_080387.1:28817723-28817737promoter 内 546-560 bp + 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28821178-28822257(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAGTGATAAGGTATA
SmilChr01G004795 Chr01 NC_080387.1:66177987-66178001promoter 内 524-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 66181464-66183723(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTGCCTTATCTCCC
SmilChr02G000026 Chr02 NC_080388.1:282517-282531promoter 内 517-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 286001-288799(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTGGGATAAGAAAAA
SmilChr01G001170 Chr01 NC_080387.1:23798535-23798549promoter 内 402-416 bp + 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 23750700-23794950(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTAGGTTATCCATA
SmilChr01G000117 Chr01 NC_080387.1:2035742-2035756promoter 内 311-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2031059-2032066(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAATGATCC
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54759234-54759248promoter 内 227-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGACTCTTATCCTTG
SmilChr01G003319 Chr01 NC_080387.1:51913810-51913824promoter 内 179-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51907762-51910002(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGATCTTATCCGAC
SmilChr01G000977 Chr01 NC_080387.1:20667886-20667900promoter 内 172-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20662598-20664071(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTCCCTTATCTCTT
SmilChr01G001243 Chr01 NC_080387.1:24938135-24938149promoter 内 153-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24933517-24934301(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAATGATCC
SmilChr01G001929 Chr01 NC_080387.1:34452013-34452027promoter 内 117-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34455897-34457066(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGCCCTTATCCCTC
SmilChr01G005102 Chr01 NC_080387.1:68816104-68816118promoter 内 3750-3764 bp + 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 68816355-68818798(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCAAGATAAGGAATT
SmilChr03G000899 Chr03 NC_080389.1:10270734-10270748promoter 内 2538-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 10272197-10276604(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGACCTTATCATAA
SmilChr02G000074 Chr02 NC_080388.1:950934-950948promoter 内 1825-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 945915-948772(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGTGGATAATATTAT
SmilChr02G005432 Chr02 NC_080388.1:74746908-74746922promoter 内 3917-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 74742249-74746838(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCATCCTTATCTGAG
SmilChr02G005311 Chr02 NC_080388.1:74004784-74004798promoter 内 3911-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 74004874-74006424(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGATGATAAGGCCAA
SmilChr02G002685 Chr02 NC_080388.1:46492728-46492742promoter 内 3776-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 46492953-46495890(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAATATTATCCACC
SmilChr02G003099 Chr02 NC_080388.1:51888212-51888226promoter 内 2974-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 51889239-51889311(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTCCCTTATCTTAG
SmilChr02G002436 Chr02 NC_080388.1:42479308-42479322promoter 内 2921-2935 bp - 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 42476395-42478242(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGTGGATAATATTAT
SmilChr01G004045 Chr01 NC_080387.1:58876196-58876210promoter 内 2427-2441 bp + 1560 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 58877770-58889743(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAATGATAAGGATCA
SmilChr01G001049 Chr01 NC_080387.1:21825319-21825333promoter 内 2039-2053 bp + 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 21827281-21829393(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAATTTTTA
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73209062-73209076promoter 内 1643-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 73203421-73206718(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATCTCTTATCCCCC
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SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73209062-73209076promoter 内 1201-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 73211862-73215804(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGGGGATAAGAGATG
SmilChr01G003729 Chr01 NC_080387.1:55595474-55595488promoter 内 1170-1184 bp + 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 55598305-55600228(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTGGGATAAGAAAGA
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SmilChr02G001564 Chr02 NC_080388.1:28907386-28907400promoter 内 441-455 bp + 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 28900887-28903840(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAAAATTATCCACT
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SmilChr02G003744 Chr02 NC_080388.1:59093096-59093110promoter 内 3832-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59093265-59098414(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGGGGATAAGCTGAT
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SmilChr01G005773 Chr01 NC_080387.1:73808496-73808510promoter 内 3685-3699 bp - 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 73803823-73808194(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTCGATAAGGTATA