转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 109 / 135 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001008 Chr03 NC_080389.1:11405271-11405285promoter 内 1657-1671 bp + 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11407615-11408534(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr03G001007 Chr03 NC_080389.1:11395076-11395090promoter 内 1656-1670 bp + 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11397421-11398340(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr01G006014 Chr01 NC_080387.1:75728815-75728829promoter 内 1654-1668 bp - 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75731162-75732955(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAATCA
SmilChr01G005643 Chr01 NC_080387.1:72856972-72856986promoter 内 1653-1667 bp + 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72852191-72854638(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAGGGGT
SmilChr02G001676 Chr02 NC_080388.1:31000272-31000286promoter 内 1608-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31002665-31011168(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGTGCCTTATCTGC
SmilChr01G003686 Chr01 NC_080387.1:55242453-55242467promoter 内 1556-1570 bp - 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55238048-55240022(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCACCTTATCATG
SmilChr03G002837 Chr03 NC_080389.1:44909864-44909878promoter 内 1494-1508 bp + 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44912371-44919831(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCCCCCTTATCTCC
SmilChr01G001461 Chr01 NC_080387.1:28385140-28385154promoter 内 1431-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28387710-28392665(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAGTGTGG
SmilChr01G005568 Chr01 NC_080387.1:72470908-72470922promoter 内 1343-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72465758-72468264(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTCCCTTATCCAG
SmilChr02G003979 Chr02 NC_080388.1:62052826-62052840promoter 内 1310-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62055517-62057055(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAGCCCTTATCTAT
SmilChr01G000437 Chr01 NC_080387.1:8766563-8766577promoter 内 1246-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8755227-8763822(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATAATACT
SmilChr01G002926 Chr01 NC_080387.1:48028254-48028268promoter 内 1200-1214 bp - 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48031055-48031829(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGGGGTG
SmilChr02G002040 Chr02 NC_080388.1:36714163-36714177promoter 内 1130-1144 bp - 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 36717034-36718891(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGTTTGTC
SmilChr02G002847 Chr02 NC_080388.1:48641132-48641146promoter 内 1113-1127 bp - 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48637027-48638258(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGTTCCCTATCCTC
SmilChr02G002839 Chr02 NC_080388.1:48511236-48511250promoter 内 1105-1119 bp + 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48514132-48515581(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGAGCTTATCCTT
SmilChr02G002352 Chr02 NC_080388.1:41314615-41314629promoter 内 959-973 bp + 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41309914-41311587(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGACCAA
SmilChr01G003896 Chr01 NC_080387.1:57241755-57241769promoter 内 928-942 bp - 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57244828-57245883(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGCTGAAA
SmilChr01G002409 Chr01 NC_080387.1:41458832-41458846promoter 内 724-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41462109-41463061(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGGGGTG
SmilChr02G002862 Chr02 NC_080388.1:48798680-48798694promoter 内 724-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48793922-48795417(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTTGTTATCCTT
SmilChr01G002923 Chr01 NC_080387.1:48018703-48018717promoter 内 622-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48005444-48015338(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr01G003551 Chr01 NC_080387.1:54140679-54140693promoter 内 571-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54144109-54163838(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCCACTTTATCCTC
SmilChr02G000073 Chr02 NC_080388.1:917056-917070promoter 内 448-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 920609-921277(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGCTGAAA
SmilChr01G005645 Chr01 NC_080387.1:72856972-72856986promoter 内 431-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72860542-72865349(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCCCTCTTATCCTT
SmilChr02G000786 Chr02 NC_080388.1:12921905-12921919promoter 内 391-405 bp + 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12913989-12918309(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGCAAAT
SmilChr02G004415 Chr02 NC_080388.1:66491621-66491635promoter 内 375-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 66495247-66496458(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCTTGTTATCCTT
SmilChr02G001088 Chr02 NC_080388.1:19590014-19590028promoter 内 258-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19582600-19586285(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGGAGGTT
SmilChr01G003011 Chr01 NC_080387.1:49140392-49140406promoter 内 216-230 bp - 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49144177-49145236(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGTTTGTC
SmilChr03G002622 Chr03 NC_080389.1:41605448-41605462promoter 内 123-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41609326-41610194(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCAACTTTATCCTT
SmilChr02G003995 Chr02 NC_080388.1:62289990-62290004promoter 内 78-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62281521-62286081(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAGCGTTTGG
SmilChr02G001479 Chr02 NC_080388.1:27667102-27667116promoter 内 76-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27659998-27663191(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGCTAATT
SmilChr03G002761 Chr03 NC_080389.1:43907973-43907987promoter 内 64-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43902231-43904050(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAACATTAAC
SmilChr02G005108 Chr02 NC_080388.1:72596629-72596643promoter 内 2322-2336 bp + 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 4 72591050-72594964(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGGGTTG
SmilChr01G000676 Chr01 NC_080387.1:14955841-14955855promoter 内 1474-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 4 14952555-14953328(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTCGCCTTATCCCG
SmilChr01G002486 Chr01 NC_080387.1:42582814-42582828promoter 内 2024-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 42576465-42580851(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGTATGA
SmilChr02G000614 Chr02 NC_080388.1:8951657-8951671promoter 内 457-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 8955201-8959169(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGCCCCTTATCCCT
SmilChr03G000044 Chr03 NC_080389.1:491662-491676promoter 内 3905-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 487964-491580(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATATGAGC
SmilChr02G005082 Chr02 NC_080388.1:72455453-72455467promoter 内 3856-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 72451388-72455322(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAATTTTATCCTC
SmilChr03G002080 Chr03 NC_080389.1:31930360-31930374promoter 内 3701-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 31928439-31930074(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGGAGGTC
SmilChr01G001906 Chr01 NC_080387.1:34150733-34150747promoter 内 3630-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 34149806-34150376(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGGCCTGA
SmilChr02G002905 Chr02 NC_080388.1:49357735-49357749promoter 内 3465-3479 bp + 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 49358271-49373202(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCGCCCTTATCCCA
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SmilChr02G001886 Chr02 NC_080388.1:34172940-34172954promoter 内 1875-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 34175066-34177047(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACGACCTC
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SmilChr01G002525 Chr01 NC_080387.1:43221983-43221997promoter 内 1153-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 43224831-43231129(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATAATA
SmilChr01G002901 Chr01 NC_080387.1:47700049-47700063promoter 内 992-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 47696201-47697054(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCATACA
SmilChr01G001907 Chr01 NC_080387.1:34150733-34150747promoter 内 792-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 34153942-34154646(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAGGCCTTATCCGA
SmilChr01G000675 Chr01 NC_080387.1:14955841-14955855promoter 内 632-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 14951533-14952486(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTCGCCTTATCCCG