转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 11 / 142 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G003267 Chr06 NC_080392.1:45301898-45301912promoter 内 2526-2540 bp + 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 45297471-45300437(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGTGGTAGGTGGT
SmilChr05G000565 Chr05 NC_080391.1:4253517-4253531promoter 内 2365-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 4250011-4251895(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCCACCACCAA
SmilChr06G002838 Chr06 NC_080392.1:41150252-41150266promoter 内 2326-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 41147600-41148591(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGAGGTAGGTGGC
SmilChr01G000640 Chr01 NC_080387.1:14385951-14385965promoter 内 1980-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 14381604-14383944(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAGTGGTAGGTGGT
SmilChr03G000875 Chr03 NC_080389.1:9937674-9937688promoter 内 1706-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 9939969-9943944(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCCACCACCAA
SmilChr04G001204 Chr04 NC_080390.1:18594737-18594751promoter 内 1620-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 18589429-18592370(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAGGGGTAGGTGGA
SmilChr01G000995 Chr01 NC_080387.1:20993639-20993653promoter 内 1566-1580 bp + 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 20996074-20996887(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCAACCACCAC
SmilChr01G003389 Chr01 NC_080387.1:52585795-52585809promoter 内 1211-1225 bp + 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 52579152-52583019(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTTGGTAGGTGGA
SmilChr08G003522 Chr08 NC_080394.1:37821698-37821712promoter 内 1034-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 37824665-37825477(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGAGGTAGGTGGC
SmilChr06G002439 Chr06 NC_080392.1:35139945-35139959promoter 内 901-915 bp - 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35143045-35143452(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGGTGGT
SmilChr06G003211 Chr06 NC_080392.1:44906630-44906644promoter 内 753-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 44909878-44911331(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGTGGTAGGTGGT
SmilChr06G003220 Chr06 NC_080392.1:44955718-44955732promoter 内 753-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 44958966-44960329(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGTGGTAGGTGGT
SmilChr03G004355 Chr03 NC_080389.1:61769690-61769704promoter 内 725-739 bp - 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 61772966-61776806(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCTTGGTAGGTGGA
SmilChr03G004356 Chr03 NC_080389.1:61769690-61769704promoter 内 694-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 61772997-61773938(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCTTGGTAGGTGGA
SmilChr01G001351 Chr01 NC_080387.1:26785383-26785397promoter 内 494-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 26788890-26794211(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACAACCACCAA
SmilChr04G000772 Chr04 NC_080390.1:9490118-9490132promoter 内 389-403 bp + 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 9485336-9486520(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGGG
SmilChr07G001012 Chr07 NC_080393.1:7355976-7355990promoter 内 329-343 bp + 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 7359648-7361295(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACAACCACCAA
SmilChr05G003794 Chr05 NC_080391.1:51282496-51282510promoter 内 69-83 bp - 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51276374-51278578(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCCACCACCAA
SmilChr03G003148 Chr03 NC_080389.1:48787930-48787944promoter 内 1629-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 48790302-48791111(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGATGGGTAGGTGGG
SmilChr04G002901 Chr04 NC_080390.1:45275834-45275848promoter 内 3917-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 45275918-45278874(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACCT
SmilChr03G003189 Chr03 NC_080389.1:49352729-49352743promoter 内 2221-2235 bp - 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 49354509-49356288(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGCGGTAGGTGGC
SmilChr03G001025 Chr03 NC_080389.1:11913632-11913646promoter 内 2170-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 11910604-11911815(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACCT
SmilChr05G000240 Chr05 NC_080391.1:1838061-1838075promoter 内 3960-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 1838102-1840714(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCACCAT
SmilChr01G006198 Chr01 NC_080387.1:77661658-77661672promoter 内 3655-3669 bp + 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 77662004-77666613(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCAAACA
SmilChr08G002072 Chr08 NC_080394.1:18611314-18611328promoter 内 3347-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 18606855-18610674(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G000814 Chr07 NC_080393.1:5744727-5744741promoter 内 2343-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 5741070-5743083(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCACCGA
SmilChr03G004301 Chr03 NC_080389.1:61394459-61394473promoter 内 1852-1866 bp - 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 61396608-61399321(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTGGTAGTTGGG
SmilChr03G001530 Chr03 NC_080389.1:19114985-19114999promoter 内 1767-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 19111906-19112765(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTACTC
SmilChr03G001531 Chr03 NC_080389.1:19119620-19119634promoter 内 1767-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 19116541-19117400(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTACTC
SmilChr01G001743 Chr01 NC_080387.1:32121379-32121393promoter 内 1239-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 32118551-32118631(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCCCAA
SmilChr06G001121 Chr06 NC_080392.1:11280243-11280257promoter 内 716-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 11274252-11276972(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCCACCACCAT
SmilChr06G001105 Chr06 NC_080392.1:11160203-11160217promoter 内 681-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 11154224-11156897(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCCACCACCAT
SmilChr03G002958 Chr03 NC_080389.1:46350065-46350079promoter 内 3966-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 46350100-46352683(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGGTGGTAGGTGGT
SmilChr04G001147 Chr04 NC_080390.1:16897020-16897034promoter 内 3321-3335 bp + 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 16894816-16896354(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGGTGAA
SmilChr01G004291 Chr01 NC_080387.1:61128349-61128363promoter 内 3287-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 61129063-61132865(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGGA
SmilChr02G001704 Chr02 NC_080388.1:31341995-31342009promoter 内 3037-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 31342959-31346201(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCCCCCA
SmilChr08G002439 Chr08 NC_080394.1:23225275-23225289promoter 内 2967-2981 bp - 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 23221433-23224255(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCCCTC
SmilChr04G004131 Chr04 NC_080390.1:56132690-56132704promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56133747-56135357(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCCCTC
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SmilChr04G000472 Chr04 NC_080390.1:5035360-5035374promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 5030402-5034239(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGGGGTAGGTGGT
SmilChr01G000838 Chr01 NC_080387.1:18113727-18113741promoter 内 2501-2515 bp + 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 18104236-18112241(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGGTGAA
SmilChr08G002533 Chr08 NC_080394.1:24574574-24574588promoter 内 2407-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 24576168-24580834(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCAAACA
SmilChr04G001582 Chr04 NC_080390.1:26303828-26303842promoter 内 2368-2382 bp - 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 26301584-26302209(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCCCAA
SmilChr08G001444 Chr08 NC_080394.1:11599699-11599713promoter 内 2207-2221 bp + 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 11587711-11597919(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGGA
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SmilChr06G003294 Chr06 NC_080392.1:45478152-45478166promoter 内 2024-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 45480129-45487773(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCGCCCC
SmilChr08G002167 Chr08 NC_080394.1:19610580-19610594promoter 内 1813-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 19612768-19616677(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCCCAA
SmilChr08G003379 Chr08 NC_080394.1:35436455-35436469promoter 内 1771-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 35438685-35442221(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGGTGAA