转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 111 / 171 下载 TSV

上一页 111 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002120 Chr08 NC_080394.1:19069884-19069900promoter 内 2996-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19066956-19068895(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAATGACAAAAAT
SmilChr03G001752 Chr03 NC_080389.1:23751122-23751138promoter 内 2979-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 23748316-23750116(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTGTTCTTT
SmilChr01G001230 Chr01 NC_080387.1:24722825-24722841promoter 内 2926-2942 bp - 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24723900-24725622(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATTTTGAA
SmilChr01G002062 Chr01 NC_080387.1:36455696-36455712promoter 内 2906-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 36456791-36460998(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAGAACAGACAAAAAA
SmilChr08G003185 Chr08 NC_080394.1:32567736-32567752promoter 内 2867-2883 bp + 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 32568870-32568941(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAAAAACGACAAGTCA
SmilChr03G002503 Chr03 NC_080389.1:39872447-39872463promoter 内 2829-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39865434-39871291(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTAAAATGACAAAAAA
SmilChr08G004351 Chr08 NC_080394.1:53210216-53210232promoter 内 2743-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53211474-53217254(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAAACAGGACAAAATC
SmilChr04G000045 Chr04 NC_080390.1:422796-422812promoter 内 2731-2747 bp + 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 419699-421542(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCGTTTGTCGTTTGTCG
SmilChr01G000599 Chr01 NC_080387.1:13043942-13043958promoter 内 2708-2724 bp + 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13045235-13048296(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTCAAACGACAAAAGA
SmilChr08G002677 Chr08 NC_080394.1:26294690-26294706promoter 内 2664-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 26291658-26293369(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATTTTGAA
SmilChr08G004017 Chr08 NC_080394.1:48584667-48584683promoter 内 2662-2678 bp + 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 48576747-48583344(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCTTTTGTGG
SmilChr02G000407 Chr02 NC_080388.1:5041705-5041721promoter 内 2644-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5034119-5040364(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTCTGTCGTTTAGGT
SmilChr07G000325 Chr07 NC_080393.1:2198549-2198565promoter 内 2616-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2199934-2201268(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCCTATATTT
SmilChr02G002262 Chr02 NC_080388.1:40077178-40077194promoter 内 2530-2546 bp + 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40078649-40081433(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACGAAAATGACAAAAGG
SmilChr05G000328 Chr05 NC_080391.1:2444323-2444339promoter 内 2528-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2445796-2446990(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTTATTGA
SmilChr01G000018 Chr01 NC_080387.1:374873-374889promoter 内 2520-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 371113-373408(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGTTTTGTCTTCTCTTT
SmilChr04G002101 Chr04 NC_080390.1:33901562-33901578promoter 内 2468-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33895820-33900045(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCTCCTTCTT
SmilChr02G003149 Chr02 NC_080388.1:52520750-52520766promoter 内 2461-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52517472-52519226(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCTGGTTCTT
SmilChr01G004706 Chr01 NC_080387.1:65163139-65163155promoter 内 2398-2414 bp - 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 65164742-65166444(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTCTTGTCGTTTCTTA
SmilChr06G002096 Chr06 NC_080392.1:27888671-27888687promoter 内 2388-2404 bp - 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27890284-27891927(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGTTTTGTCTTCATGGT
SmilChr06G002006 Chr06 NC_080392.1:25750399-25750415promoter 内 2377-2393 bp + 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 25752023-25752652(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAAGAAGCGACAAAATA
SmilChr08G000478 Chr08 NC_080394.1:3421128-3421144promoter 内 2335-2351 bp + 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 3416194-3419478(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATTTTGAA
SmilChr08G000640 Chr08 NC_080394.1:4762072-4762088promoter 内 2310-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4763763-4764695(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTAGT
SmilChr07G003606 Chr07 NC_080393.1:42285529-42285545promoter 内 2306-2322 bp + 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42287224-42295623(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATCAAAGGACAAAAGA
SmilChr01G004612 Chr01 NC_080387.1:64082699-64082715promoter 内 2295-2311 bp + 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 64076344-64081009(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCTTTTAAGC
SmilChr01G002851 Chr01 NC_080387.1:47086880-47086896promoter 内 2292-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 47088589-47089658(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCCTATATTT
SmilChr08G001372 Chr08 NC_080394.1:10944817-10944833promoter 内 2286-2302 bp + 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10946532-10946665(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TACATAATGACAAAACA
SmilChr02G003718 Chr02 NC_080388.1:58801725-58801741promoter 内 2275-2291 bp + 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 58803451-58803524(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGATAAACGACAAATGG
SmilChr01G001693 Chr01 NC_080387.1:31146047-31146063promoter 内 2263-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 31147785-31148333(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACAAAAACGACAAGATC
SmilChr04G000035 Chr04 NC_080390.1:336716-336732promoter 内 2241-2257 bp - 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 332948-334972(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGCTATACGACAAACCT
SmilChr05G003926 Chr05 NC_080391.1:53016452-53016468promoter 内 2209-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53014595-53014676(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GCTTTTGTCTTATTGAT
SmilChr02G004045 Chr02 NC_080388.1:62762003-62762019promoter 内 2186-2202 bp - 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 62756637-62760204(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTAAAATGACAAAAAA
SmilChr08G002679 Chr08 NC_080394.1:26322736-26322752promoter 内 2132-2148 bp - 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 26318252-26320883(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAATGAAGACAAAACC
SmilChr02G005098 Chr02 NC_080388.1:72545686-72545702promoter 内 2047-2063 bp + 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72541437-72543748(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTTATTGA
SmilChr07G000061 Chr07 NC_080393.1:280202-280218promoter 内 1962-1978 bp + 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 276027-278179(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCCTTAATTT
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