转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 112 / 130 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003370 Chr02 NC_080388.1:54823788-54823795promoter 内 883-890 bp - 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54826906-54827685(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G000368 Chr03 NC_080389.1:4112289-4112296promoter 内 882-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4115408-4119854(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G000824 Chr07 NC_080393.1:5812291-5812298promoter 内 882-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5806814-5809179(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr07G001903 Chr07 NC_080393.1:16435373-16435380promoter 内 880-887 bp + 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16438494-16441039(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr08G001550 Chr08 NC_080394.1:12691394-12691401promoter 内 880-887 bp + 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 12694515-12698451(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr05G000111 Chr05 NC_080391.1:729357-729364promoter 内 879-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 732479-733183(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr08G000745 Chr08 NC_080394.1:5511281-5511288promoter 内 879-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5514403-5515899(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G004345 Chr01 NC_080387.1:61606974-61606981promoter 内 870-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 61610105-61613153(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G004633 Chr02 NC_080388.1:68795502-68795509promoter 内 870-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 68798633-68798706(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr04G003427 Chr04 NC_080390.1:50857831-50857838promoter 内 870-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 50860962-50865188(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G002305 Chr07 NC_080393.1:21326115-21326122promoter 内 870-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21329246-21331388(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G002175 Chr03 NC_080389.1:33797732-33797739promoter 内 868-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33788937-33794606(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G002116 Chr03 NC_080389.1:32912832-32912839promoter 内 867-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 32915966-32916445(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr06G000892 Chr06 NC_080392.1:8422234-8422241promoter 内 866-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 8425369-8426079(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G002422 Chr08 NC_080394.1:23005943-23005950promoter 内 866-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 23009078-23016751(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G000578 Chr04 NC_080390.1:6444548-6444555promoter 内 865-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6440067-6441419(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G003588 Chr07 NC_080393.1:41886560-41886567promoter 内 863-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 41889698-41895367(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G004144 Chr03 NC_080389.1:60274364-60274371promoter 内 861-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 60277504-60279535(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr05G000259 Chr05 NC_080391.1:1985093-1985100promoter 内 861-868 bp - 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1988233-1990750(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr04G000024 Chr04 NC_080390.1:260907-260914promoter 内 860-867 bp - 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 264048-264836(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G004690 Chr08 NC_080394.1:56335755-56335762promoter 内 860-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56338896-56339196(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G000694 Chr08 NC_080394.1:5167322-5167329promoter 内 858-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5160734-5164186(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G004534 Chr03 NC_080389.1:63371652-63371659promoter 内 857-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63374796-63378309(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr04G002530 Chr04 NC_080390.1:40363544-40363551promoter 内 857-864 bp - 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 40366688-40368533(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr05G002332 Chr05 NC_080391.1:25180029-25180036promoter 内 857-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 25175640-25176892(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G002250 Chr08 NC_080394.1:20741514-20741521promoter 内 857-864 bp - 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 20737399-20738377(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G001528 Chr01 NC_080387.1:29275249-29275256promoter 内 855-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 29278395-29284771(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G004647 Chr03 NC_080389.1:64026272-64026279promoter 内 855-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 64020398-64023133(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G000735 Chr05 NC_080391.1:5619561-5619568promoter 内 855-862 bp + 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5614984-5616422(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr04G003554 Chr04 NC_080390.1:51930253-51930260promoter 内 854-861 bp - 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 51933400-51936993(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr06G001862 Chr06 NC_080392.1:22053677-22053684promoter 内 854-861 bp - 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 22056824-22059858(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G000127 Chr02 NC_080388.1:1739640-1739647promoter 内 853-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1733520-1736499(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G001432 Chr08 NC_080394.1:11468516-11468523promoter 内 852-859 bp + 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 11463012-11465374(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G000003 Chr03 NC_080389.1:51083-51090promoter 内 849-856 bp + 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 46777-47938(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr04G003433 Chr04 NC_080390.1:50904216-50904223promoter 内 849-856 bp + 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 50897636-50901071(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr05G003898 Chr05 NC_080391.1:52739043-52739050promoter 内 849-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52742195-52747940(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G004216 Chr07 NC_080393.1:54366303-54366310promoter 内 847-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54357098-54363156(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
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