转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 112 / 135 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001540 Chr01 NC_080387.1:29421752-29421766promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 29421809-29421880(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAATTATTATCCTT
SmilChr02G001098 Chr02 NC_080388.1:19800595-19800609promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 19800718-19802970(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGCAAGCT
SmilChr02G003089 Chr02 NC_080388.1:51772440-51772454promoter 内 2941-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 51769788-51771394(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGAGTGGT
SmilChr02G005362 Chr02 NC_080388.1:74331813-74331827promoter 内 2736-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 74333078-74341607(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATATTATCCTT
SmilChr02G003090 Chr02 NC_080388.1:51772440-51772454promoter 内 2628-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 51770533-51771081(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGAGTGGT
SmilChr01G001728 Chr01 NC_080387.1:31831688-31831702promoter 内 2454-2468 bp - 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 31833235-31835884(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGGGAGAA
SmilChr01G004566 Chr01 NC_080387.1:63734141-63734155promoter 内 1933-1947 bp + 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 63727451-63732087(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGGTGGA
SmilChr02G005180 Chr02 NC_080388.1:73095426-73095440promoter 内 1302-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 73088503-73092741(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATACAAAG
SmilChr02G003401 Chr02 NC_080388.1:55156616-55156630promoter 内 1077-1091 bp - 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 55147313-55153706(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCATATTATCCTT
SmilChr02G000804 Chr02 NC_080388.1:13420160-13420174promoter 内 3956-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13412868-13420129(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCTCCCTTATCTCA
SmilChr02G004708 Chr02 NC_080388.1:69360692-69360706promoter 内 3953-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 69357387-69360658(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTACCATTATCCTT
SmilChr02G005402 Chr02 NC_080388.1:74572507-74572521promoter 内 3888-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74570398-74572408(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATAATTTC
SmilChr02G005413 Chr02 NC_080388.1:74608699-74608713promoter 内 3888-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74606590-74608600(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATAATTTC
SmilChr02G002875 Chr02 NC_080388.1:48994866-48994880promoter 内 3835-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48995032-48996916(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACGATAAGGTAAAG
SmilChr01G005258 Chr01 NC_080387.1:70075091-70075105promoter 内 3749-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70075343-70078703(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGAGCTTATCCAT
SmilChr01G000029 Chr01 NC_080387.1:544843-544857promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 543996-544570(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCAACTT
SmilChr02G002859 Chr02 NC_080388.1:48777546-48777560promoter 内 3631-3645 bp + 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48772585-48777190(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGTGATAAGGCTTTT
SmilChr03G001111 Chr03 NC_080389.1:12818784-12818798promoter 内 3630-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12809327-12818427(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCACTAA
SmilChr02G004395 Chr02 NC_080388.1:66300912-66300926promoter 内 3574-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66298952-66300499(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGATTTTA
SmilChr01G004412 Chr01 NC_080387.1:62243379-62243393promoter 内 3573-3587 bp + 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62243807-62244992(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGCTCTTATCCTA
SmilChr01G000333 Chr01 NC_080387.1:6779154-6779168promoter 内 3569-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6779586-6783573(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAGAGAG
SmilChr02G000133 Chr02 NC_080388.1:1836657-1836671promoter 内 3499-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1825850-1836169(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATTAGGTTATCCTC
SmilChr02G005394 Chr02 NC_080388.1:74540859-74540873promoter 内 3461-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74538795-74540333(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCCTCCTTATCGTC
SmilChr03G000554 Chr03 NC_080389.1:5997699-5997713promoter 内 3436-3450 bp + 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5998264-6007964(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTAACAATATCCTC
SmilChr02G002083 Chr02 NC_080388.1:37412866-37412880promoter 内 3421-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37404704-37412300(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGTTCCTTATCTCA
SmilChr03G002468 Chr03 NC_080389.1:39156207-39156221promoter 内 3387-3401 bp + 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39156821-39158471(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGCCGTTATCCTC
SmilChr03G002469 Chr03 NC_080389.1:39164191-39164205promoter 内 3386-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39164806-39166432(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGCCGTTATCCTC
SmilChr02G001570 Chr02 NC_080388.1:29122867-29122881promoter 内 3369-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29123499-29124937(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCTACTTTATCCTA
SmilChr02G002570 Chr02 NC_080388.1:44714798-44714812promoter 内 3360-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44715439-44715512(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGATATAG
SmilChr02G003980 Chr02 NC_080388.1:62059373-62059387promoter 内 3289-3303 bp + 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62060085-62064416(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCACTCTTATCCGT
SmilChr01G002660 Chr01 NC_080387.1:44855881-44855895promoter 内 3193-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44846835-44855087(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAATTATTATCCTT
SmilChr01G003339 Chr01 NC_080387.1:52137363-52137377promoter 内 3165-3179 bp - 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52135124-52136541(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGCCGTTATCCTC
SmilChr02G005052 Chr02 NC_080388.1:72230710-72230724promoter 内 3161-3175 bp + 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72231550-72238294(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTTATTATCCTA
SmilChr02G000544 Chr02 NC_080388.1:7499451-7499465promoter 内 3126-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7500326-7500844(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTGATAAGGTGGAT
SmilChr02G004396 Chr02 NC_080388.1:66300912-66300926promoter 内 3106-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66301807-66304825(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAATCATATCCTC
SmilChr02G002933 Chr02 NC_080388.1:49833114-49833128promoter 内 2966-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49827147-49832093(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAATATGTTATCCTT
SmilChr01G002753 Chr01 NC_080387.1:45851233-45851247promoter 内 2874-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45847328-45850120(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGACCCTTATCCCA
SmilChr01G004028 Chr01 NC_080387.1:58697510-58697524promoter 内 2870-2884 bp + 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58698641-58701201(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGAGCTTATCCTT
SmilChr01G005334 Chr01 NC_080387.1:70545210-70545224promoter 内 2866-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70542168-70544089(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAATTTATTATCCTC
SmilChr01G004554 Chr01 NC_080387.1:63642359-63642373promoter 内 2865-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63638057-63641237(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGTGTGA
SmilChr01G002675 Chr01 NC_080387.1:44962656-44962670promoter 内 2805-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44960668-44961474(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACATATTATCCTT
SmilChr01G001144 Chr01 NC_080387.1:23383706-23383720promoter 内 2784-2798 bp + 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23382398-23382503(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCGATAAGGTGTAG
SmilChr02G001076 Chr02 NC_080388.1:19253213-19253227promoter 内 2632-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19254582-19260044(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAGATAAGGCAATT
SmilChr01G005277 Chr01 NC_080387.1:70183980-70183994promoter 内 2609-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70185372-70187985(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGCTCAA
SmilChr01G001023 Chr01 NC_080387.1:21397251-21397265promoter 内 2583-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21391468-21395847(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCATCCCTTATCTTT
SmilChr01G000891 Chr01 NC_080387.1:18954469-18954483promoter 内 2486-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18955984-18963499(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGAACTTATCCAC
SmilChr03G000167 Chr03 NC_080389.1:1827128-1827142promoter 内 2431-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1828698-1834802(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGAAGTA
SmilChr02G000766 Chr02 NC_080388.1:12550462-12550476promoter 内 2397-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12545363-12548872(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACCTGGAT
SmilChr01G003830 Chr01 NC_080387.1:56637340-56637354promoter 内 2360-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56631798-56635713(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCGCCCTTATCTAA
SmilChr01G002975 Chr01 NC_080387.1:48687828-48687842promoter 内 2343-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48689486-48691261(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCATTTA