转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 116 / 130 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G003030 Chr06 NC_080392.1:43128094-43128101promoter 内 707-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 43131388-43132938(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr08G002229 Chr08 NC_080394.1:20351042-20351049promoter 内 707-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 20354336-20354813(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G004958 Chr02 NC_080388.1:71515186-71515193promoter 内 706-713 bp + 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 71518481-71522737(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G000913 Chr02 NC_080388.1:15788885-15788892promoter 内 705-712 bp - 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 15792181-15792287(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr06G001627 Chr06 NC_080392.1:18193744-18193751promoter 内 704-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 18197041-18204258(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr06G001870 Chr06 NC_080392.1:22109716-22109723promoter 内 704-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 22113013-22116867(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr08G002726 Chr08 NC_080394.1:26887535-26887542promoter 内 701-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 26890835-26892570(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G003174 Chr07 NC_080393.1:33779825-33779832promoter 内 700-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33783126-33784157(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G000215 Chr08 NC_080394.1:1478000-1478007promoter 内 699-706 bp + 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1471203-1474705(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G002426 Chr01 NC_080387.1:41799593-41799600promoter 内 697-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 41792986-41796296(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G003908 Chr02 NC_080388.1:61142006-61142013promoter 内 697-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 61134789-61138709(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G000669 Chr03 NC_080389.1:7486241-7486248promoter 内 697-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7489545-7492450(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G002074 Chr05 NC_080391.1:21652073-21652080promoter 内 697-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21641784-21648776(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr08G000643 Chr08 NC_080394.1:4793813-4793820promoter 内 697-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4797117-4798494(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G000877 Chr08 NC_080394.1:6488320-6488327promoter 内 697-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6491624-6493406(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G002427 Chr01 NC_080387.1:41809355-41809362promoter 内 696-703 bp + 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 41802750-41806057(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr01G003301 Chr01 NC_080387.1:51699973-51699980promoter 内 696-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 51694329-51696675(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G002429 Chr03 NC_080389.1:38575610-38575617promoter 内 695-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 38578916-38581857(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr04G000686 Chr04 NC_080390.1:8007025-8007032promoter 内 695-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 8010331-8011755(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr06G001969 Chr06 NC_080392.1:24816975-24816982promoter 内 694-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24820282-24824163(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G003808 Chr02 NC_080388.1:59717027-59717034promoter 内 690-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 59712965-59713723(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G001999 Chr03 NC_080389.1:29713716-29713723promoter 内 690-697 bp - 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 29717027-29718523(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr07G004123 Chr07 NC_080393.1:52887077-52887084promoter 内 689-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52890389-52892374(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G005874 Chr01 NC_080387.1:74702434-74702441promoter 内 687-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 74686291-74699127(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G000559 Chr08 NC_080394.1:4069858-4069865promoter 内 687-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4064707-4066551(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr01G005257 Chr01 NC_080387.1:70069851-70069858promoter 内 686-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 70073166-70073965(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr05G002061 Chr05 NC_080391.1:21484331-21484338promoter 内 685-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21475153-21481022(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G002419 Chr01 NC_080387.1:41627016-41627023promoter 内 684-691 bp + 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 41630333-41631071(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G004548 Chr01 NC_080387.1:63611398-63611405promoter 内 683-690 bp - 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63605638-63608087(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G000032 Chr02 NC_080388.1:389915-389922promoter 内 681-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 393235-397954(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G002938 Chr02 NC_080388.1:49893108-49893115promoter 内 679-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49884668-49889793(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G003852 Chr07 NC_080393.1:47766427-47766434promoter 内 679-686 bp + 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47758976-47763112(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr04G004029 Chr04 NC_080390.1:55559635-55559642promoter 内 677-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55553177-55556318(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G002585 Chr02 NC_080388.1:44957566-44957573promoter 内 676-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44954177-44954248(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G002471 Chr03 NC_080389.1:39171741-39171748promoter 内 676-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 39175066-39178152(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr06G001248 Chr06 NC_080392.1:12976635-12976642promoter 内 675-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 12972954-12973316(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
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