转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 116 / 141 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000516 Chr02 NC_080388.1:7122821-7122835promoter 内 3914-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7120527-7122748(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCCACCGCCGCAG
SmilChr06G001966 Chr06 NC_080392.1:24754906-24754920promoter 内 3914-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 24752610-24754833(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCCACCGCCGCAG
SmilChr03G000357 Chr03 NC_080389.1:4011586-4011600promoter 内 3895-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4007968-4011494(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCGCACCGACGGAA
SmilChr03G002799 Chr03 NC_080389.1:44486419-44486433promoter 内 3884-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44482541-44486316(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATTGTCGGTAGTCC
SmilChr04G000679 Chr04 NC_080390.1:7825910-7825924promoter 内 3883-3897 bp - 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7826028-7828699(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGACCGACACTG
SmilChr04G000680 Chr04 NC_080390.1:7847935-7847949promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7848058-7850724(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGACCGACACTG
SmilChr05G004263 Chr05 NC_080391.1:56417983-56417997promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56414854-56417874(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGTGTGTC
SmilChr02G001052 Chr02 NC_080388.1:18774782-18774796promoter 内 3866-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 18772030-18774661(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGACCGACACTG
SmilChr03G000861 Chr03 NC_080389.1:9827293-9827307promoter 内 3836-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9827458-9829853(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCGCACCGACGGAA
SmilChr06G002261 Chr06 NC_080392.1:32070725-32070739promoter 内 3827-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32070899-32073382(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGACCGACACTG
SmilChr06G000701 Chr06 NC_080392.1:6259515-6259529promoter 内 3826-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6259690-6267015(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGAGTCGGTGGGAC
SmilChr02G005340 Chr02 NC_080388.1:74247624-74247638promoter 内 3792-3806 bp + 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 74243664-74247429(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCTACCGACATGA
SmilChr02G000462 Chr02 NC_080388.1:6207585-6207599promoter 内 3787-3801 bp - 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6207799-6210362(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGACCGACACTG
SmilChr02G004636 Chr02 NC_080388.1:68821332-68821346promoter 内 3773-3787 bp - 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 68821560-68828980(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTCACCGACTCTC
SmilChr02G000412 Chr02 NC_080388.1:5242252-5242266promoter 内 3757-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5239474-5242022(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGACCGACACTG
SmilChr04G001184 Chr04 NC_080390.1:17986840-17986854promoter 内 3729-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 17987112-17989627(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGACCGACACTG
SmilChr02G001810 Chr02 NC_080388.1:32921263-32921277promoter 内 3677-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32919823-32920953(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCCACCGCCGCAG
SmilChr05G004384 Chr05 NC_080391.1:57322361-57322375promoter 内 3664-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57322698-57323172(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATAGTCGGTGGAAT
SmilChr03G004102 Chr03 NC_080389.1:59912685-59912699promoter 内 3620-3634 bp + 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 59908999-59912318(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCTCACCGACTTTG
SmilChr03G004108 Chr03 NC_080389.1:59976044-59976058promoter 内 3620-3634 bp + 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 59972358-59975677(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCTCACCGACTTTG
SmilChr07G002268 Chr07 NC_080393.1:20896301-20896315promoter 内 3576-3590 bp - 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 20896726-20898754(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACATGACCGACACTA
SmilChr04G001171 Chr04 NC_080390.1:17534511-17534525promoter 内 3556-3570 bp - 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 17534956-17537932(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGACCGACACTG
SmilChr08G003936 Chr08 NC_080394.1:47047158-47047172promoter 内 3536-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47045165-47046707(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACAACCGACAGCC
SmilChr05G004111 Chr05 NC_080391.1:54958640-54958654promoter 内 3490-3504 bp + 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54956469-54958143(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGTCACCGACTGCG
SmilChr05G004310 Chr05 NC_080391.1:56789398-56789412promoter 内 3472-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56789927-56791321(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGCCGAGA
SmilChr01G002419 Chr01 NC_080387.1:41629760-41629774promoter 内 3428-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41630333-41631071(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATCGTCGGTGCACA
SmilChr02G000477 Chr02 NC_080388.1:6564985-6564999promoter 内 3428-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6563890-6564426(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGTGTCGGTTACCG
SmilChr08G000583 Chr08 NC_080394.1:4273497-4273511promoter 内 3421-3435 bp + 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4274077-4275366(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATTGTCGGTTGCAT
SmilChr02G000795 Chr02 NC_080388.1:13141979-13141993promoter 内 3407-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13140986-13141399(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGTGTCGGTCACTC
SmilChr04G002565 Chr04 NC_080390.1:40973459-40973473promoter 内 3396-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40966533-40972868(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGAGTCGGTGACGA
SmilChr03G001100 Chr03 NC_080389.1:12666914-12666928promoter 内 3386-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 12665480-12666313(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTCCACCGTCGCTC
SmilChr05G002508 Chr05 NC_080391.1:27818238-27818252promoter 内 3353-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27816193-27817604(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCAACCGACAAGT
SmilChr02G002788 Chr02 NC_080388.1:47946887-47946901promoter 内 3331-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47945171-47946231(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGACACCGACATAT
SmilChr05G004309 Chr05 NC_080391.1:56783931-56783945promoter 内 3306-3320 bp + 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56784626-56787751(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGCCGAGA
SmilChr02G001377 Chr02 NC_080388.1:26054015-26054029promoter 内 3304-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26054712-26057441(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGTGTCGGTCACTC
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