转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 117 / 164 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004969 Chr01 NC_080387.1:67794510-67794524promoter 内 3762-3776 bp + 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67793183-67794285(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCTGGCC
SmilChr07G001380 Chr07 NC_080393.1:10720685-10720699promoter 内 3753-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10718930-10720451(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTATGAA
SmilChr06G002723 Chr06 NC_080392.1:39342657-39342671promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39340379-39342379(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTATGGTAGGTAAT
SmilChr08G002599 Chr08 NC_080394.1:25339578-25339592promoter 内 3681-3695 bp - 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25339898-25342787(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTAACTACCAAGCA
SmilChr02G003247 Chr02 NC_080388.1:53738834-53738848promoter 内 3643-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53739192-53742653(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATAAAGTAGGTGTG
SmilChr07G000583 Chr07 NC_080393.1:3983485-3983499promoter 内 3639-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3980237-3983137(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATGTAGTAGGTGTA
SmilChr01G000680 Chr01 NC_080387.1:15022397-15022411promoter 内 3592-3606 bp - 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15016159-15022002(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCTTGGTAGTTAAG
SmilChr06G002218 Chr06 NC_080392.1:31025384-31025398promoter 内 3586-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31023544-31024983(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCTTGGTAGTTAAG
SmilChr02G005162 Chr02 NC_080388.1:72963759-72963773promoter 内 3529-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 72961236-72963301(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGAAAGTAGGTGAC
SmilChr02G004527 Chr02 NC_080388.1:67868959-67868973promoter 内 3526-3540 bp + 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67864466-67868498(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCTGAAC
SmilChr04G003333 Chr04 NC_080390.1:50028047-50028061promoter 内 3480-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50026418-50027540(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAGAAGTAGGTGGT
SmilChr05G004305 Chr05 NC_080391.1:56766006-56766020promoter 内 3473-3487 bp - 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56760473-56765492(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCATAGTAGGTGAA
SmilChr05G004306 Chr05 NC_080391.1:56766006-56766020promoter 内 3444-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56766563-56768055(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTATGAG
SmilChr01G000785 Chr01 NC_080387.1:17066005-17066019promoter 内 3376-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17066630-17072528(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTAACTACCAAGCA
SmilChr07G000129 Chr07 NC_080393.1:757362-757376promoter 内 3339-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 758024-768818(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCATTTA
SmilChr04G001131 Chr04 NC_080390.1:16576502-16576516promoter 内 3335-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16560355-16575850(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCTTGGTAGTTAAG
SmilChr01G000591 Chr01 NC_080387.1:12877252-12877266promoter 内 3310-3324 bp + 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12877943-12878883(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTTTGGTAGTTGTG
SmilChr04G001691 Chr04 NC_080390.1:27954414-27954428promoter 内 3308-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 27953123-27953735(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGTGGTAGGTTTC
SmilChr07G000873 Chr07 NC_080393.1:6249600-6249614promoter 内 3297-3311 bp + 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6250304-6253305(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTGGGTAGGTTGC
SmilChr08G001339 Chr08 NC_080394.1:10692370-10692384promoter 内 3208-3222 bp + 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10693163-10694793(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTTGGTAGGTTAT
SmilChr08G000295 Chr08 NC_080394.1:2038906-2038920promoter 内 3106-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2034972-2038025(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTGTAGTAGGTGAT
SmilChr01G003686 Chr01 NC_080387.1:55240941-55240955promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55238048-55240022(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTAACTACCAATAT
SmilChr07G003867 Chr07 NC_080393.1:48135444-48135458promoter 内 3055-3069 bp - 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48136390-48137041(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCGACCC
SmilChr06G002661 Chr06 NC_080392.1:38453827-38453841promoter 内 3021-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38448820-38452861(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAAAGTAGGTGTG
SmilChr02G002629 Chr02 NC_080388.1:45643347-45643361promoter 内 3006-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45640897-45642366(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGCACCTACCTTTCC
SmilChr01G000420 Chr01 NC_080387.1:8462355-8462369promoter 内 2936-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8458063-8461304(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCACGAG
SmilChr05G002433 Chr05 NC_080391.1:26827077-26827091promoter 内 2896-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26822825-26825986(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAACCTACCAAATA
SmilChr02G001362 Chr02 NC_080388.1:25533924-25533938promoter 内 2885-2899 bp + 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25531465-25532822(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGCACCTACCTTTCC
SmilChr07G000885 Chr07 NC_080393.1:6343935-6343949promoter 内 2881-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6345055-6348080(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACCTAATA
SmilChr03G000030 Chr03 NC_080389.1:376982-376996promoter 内 2828-2842 bp + 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 378155-379450(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTAGGTAGGTGTT
SmilChr05G000905 Chr05 NC_080391.1:7166338-7166352promoter 内 2813-2827 bp - 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7167526-7169075(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCCAGGT
SmilChr01G004949 Chr01 NC_080387.1:67576717-67576731promoter 内 2790-2804 bp - 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67577928-67581118(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTCTATT
SmilChr04G003152 Chr04 NC_080390.1:48124724-48124738promoter 内 2722-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48126003-48134453(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTAAGGA
SmilChr03G004274 Chr03 NC_080389.1:61194492-61194506promoter 内 2652-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61195841-61198054(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAAAGGTAGGTATA
SmilChr04G003061 Chr04 NC_080390.1:47182547-47182561promoter 内 2641-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47178145-47181201(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTAAGGA
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