转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 118 / 120 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000587 Chr01 NC_080387.1:12740068-12740086promoter 内 851-869 bp - 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12736830-12736936(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTGTGGGGAAAAT
SmilChr04G001606 Chr04 NC_080390.1:26755914-26755932promoter 内 842-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26759073-26762234(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTCGGGACGTC
SmilChr06G000410 Chr06 NC_080392.1:3384647-3384665promoter 内 842-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3387806-3390540(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGACACCAAAAAAGGAAAT
SmilChr05G001323 Chr05 NC_080391.1:11359886-11359904promoter 内 802-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11354476-11356705(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATGGCTCAAAAAGGAAAC
SmilChr01G003100 Chr01 NC_080387.1:49812594-49812612promoter 内 670-688 bp - 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49805545-49809281(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTTGTC
SmilChr06G002615 Chr06 NC_080392.1:37621947-37621965promoter 内 631-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37625317-37631093(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTCGGGACGTC
SmilChr06G000925 Chr06 NC_080392.1:8780462-8780480promoter 内 583-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8783880-8785315(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGACAAC
SmilChr08G004438 Chr08 NC_080394.1:54065470-54065488promoter 内 571-589 bp + 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54068900-54069847(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TCTTCCTTTTGGAGAAATT
SmilChr01G000588 Chr01 NC_080387.1:12740068-12740086promoter 内 540-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12743529-12746523(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTTCCCCACAAGGAAAA
SmilChr07G002489 Chr07 NC_080393.1:23574666-23574684promoter 内 535-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23566624-23571218(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr02G001010 Chr02 NC_080388.1:17855127-17855145promoter 内 518-536 bp - 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17848167-17851662(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTCACCATTTTTGGAAAGA
SmilChr02G005512 Chr02 NC_080388.1:75245809-75245827promoter 内 480-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75239169-75242306(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GAAATCCAGAAAAGGAAAC
SmilChr06G000285 Chr06 NC_080392.1:1953989-1954007promoter 内 461-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1957529-1957610(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr07G003946 Chr07 NC_080393.1:49891216-49891234promoter 内 446-464 bp + 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49894771-49900182(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGTTCCTTTTTTGGTAAAG
SmilChr08G004503 Chr08 NC_080394.1:54638296-54638314promoter 内 430-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54630373-54634743(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGCAACCAAAAAAAGAAAC
SmilChr06G002784 Chr06 NC_080392.1:40514764-40514782promoter 内 397-415 bp - 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40507891-40511178(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTGTGGGGAAAAT
SmilChr05G000497 Chr05 NC_080391.1:3894335-3894353promoter 内 376-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3888529-3890728(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTGTGGGGAAAAT
SmilChr06G000444 Chr06 NC_080392.1:3612850-3612868promoter 内 364-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3616487-3616558(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTCGGGACGTC
SmilChr01G003343 Chr01 NC_080387.1:52204021-52204039promoter 内 350-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52207672-52208334(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AATTCTTTTTTTGGCATCT
SmilChr07G003546 Chr07 NC_080393.1:41112616-41112634promoter 内 328-346 bp + 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41116289-41121110(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTCACCATTTTTGGAAAGA
SmilChr04G002371 Chr04 NC_080390.1:38210509-38210527promoter 内 291-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38201250-38206817(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTTGTC
SmilChr05G004298 Chr05 NC_080391.1:56703836-56703854promoter 内 260-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56695115-56700113(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTTGTC
SmilChr02G003916 Chr02 NC_080388.1:61255395-61255413promoter 内 230-248 bp + 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61250076-61251642(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTTTCCAAAAAAGAAAAA
SmilChr06G000445 Chr06 NC_080392.1:3612850-3612868promoter 内 179-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3616672-3616743(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTCGGGACGTC
SmilChr05G002426 Chr05 NC_080391.1:26744831-26744849promoter 内 121-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26739748-26740969(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTTGTC
SmilChr03G003046 Chr03 NC_080389.1:47358830-47358848promoter 内 93-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47362738-47373446(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TCTTTCCAAAAATGGTGAA
SmilChr02G001705 Chr02 NC_080388.1:31357238-31357256promoter 内 20-38 bp - 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31361219-31369495(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr01G003175 Chr01 NC_080387.1:50554871-50554889promoter 内 3908-3926 bp - 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50553129-50554796(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CCTTCTCTTTTTGGCAGCC
SmilChr02G002666 Chr02 NC_080388.1:46156431-46156449promoter 内 3897-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46156535-46157296(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GATTCTCCTTTTGGAATCA
SmilChr05G003500 Chr05 NC_080391.1:46652801-46652819promoter 内 3708-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46653094-46656656(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTTCCAAATAAGGTAGT
SmilChr01G001523 Chr01 NC_080387.1:29182923-29182941promoter 内 3695-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29183229-29186252(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTTCCAAATAAGGTAGT
SmilChr08G000792 Chr08 NC_080394.1:5833793-5833811promoter 内 3683-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5834111-5836701(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTTCCAAATAAGGTAGT
SmilChr01G001550 Chr01 NC_080387.1:29479810-29479828promoter 内 3675-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29480136-29483075(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTTCCAAATAAGGTAGT
SmilChr04G001312 Chr04 NC_080390.1:20961660-20961678promoter 内 3555-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20962106-20967363(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCTCGTTTTGGATTGT
SmilChr02G001868 Chr02 NC_080388.1:33960787-33960805promoter 内 3533-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33959567-33960337(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AATTCTGCTTTTGGAAAAT
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SmilChr08G001566 Chr08 NC_080394.1:12874083-12874101promoter 内 3442-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12870431-12873542(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TCTCACCTAAAAAGGCAAG
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SmilChr02G004007 Chr02 NC_080388.1:62405909-62405927promoter 内 3257-3275 bp - 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62404052-62405183(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGATAAAGA
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