转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 118 / 139 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000566 Chr03 NC_080389.1:6173361-6173374promoter 内 749-762 bp - 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6176613-6177715(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCCCCACCGTCGCA
SmilChr06G001162 Chr06 NC_080392.1:11808686-11808699promoter 内 737-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11811950-11813174(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATCCACCGGCCCA
SmilChr03G004078 Chr03 NC_080389.1:59716322-59716335promoter 内 673-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 59712399-59713007(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr01G001756 Chr01 NC_080387.1:32281388-32281401promoter 内 658-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 32284731-32285862(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCC
SmilChr04G003070 Chr04 NC_080390.1:47253111-47253124promoter 内 640-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 47247360-47249763(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCC
SmilChr03G004145 Chr03 NC_080389.1:60280533-60280546promoter 内 629-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60283905-60288534(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr02G000719 Chr02 NC_080388.1:11558071-11558084promoter 内 613-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11542462-11554696(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAAGACGGTGAAGG
SmilChr05G002024 Chr05 NC_080391.1:21003797-21003810promoter 内 611-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21007187-21010120(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr01G003932 Chr01 NC_080387.1:57607600-57607613promoter 内 524-537 bp - 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57602491-57604136(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATCGACGGTGACGA
SmilChr02G005552 Chr02 NC_080388.1:75492042-75492055promoter 内 484-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75495559-75498044(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTGCTCCGTCCAA
SmilChr02G003248 Chr02 NC_080388.1:53748296-53748309promoter 内 457-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53743126-53744765(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr06G002388 Chr06 NC_080392.1:34681558-34681571promoter 内 434-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34685125-34689635(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCC
SmilChr03G004287 Chr03 NC_080389.1:61283622-61283635promoter 内 374-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 61278212-61280008(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr01G001755 Chr01 NC_080387.1:32281388-32281401promoter 内 358-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 32270976-32277758(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr01G000342 Chr01 NC_080387.1:6991967-6991980promoter 内 257-270 bp - 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6981145-6988236(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr05G004191 Chr05 NC_080391.1:55796320-55796333promoter 内 226-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55800095-55801136(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGCGACGGTGGGGG
SmilChr01G005284 Chr01 NC_080387.1:70209801-70209814promoter 内 190-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70213612-70214342(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGTTTG
SmilChr04G002148 Chr04 NC_080390.1:34543382-34543395promoter 内 55-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34536550-34539449(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCCCCACCGTCGCA
SmilChr03G001413 Chr03 NC_080389.1:16789470-16789483promoter 内 20-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16793451-16796328(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAT
SmilChr01G002768 Chr01 NC_080387.1:46133493-46133506promoter 内 3018-3031 bp - 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 46131516-46132523(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGGGGCGGTGGAAG
SmilChr06G003090 Chr06 NC_080392.1:43750316-43750329promoter 内 2681-2694 bp + 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 43751636-43753957(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATTGACGGTGAGTG
SmilChr05G002915 Chr05 NC_080391.1:35121583-35121596promoter 内 3858-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 35121726-35124335(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATTGACGGTGATAG
SmilChr05G002279 Chr05 NC_080391.1:24500662-24500675promoter 内 3152-3165 bp + 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 24498377-24499826(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGCCACCGTCGCC
SmilChr04G000999 Chr04 NC_080390.1:13847148-13847161promoter 内 2776-2789 bp - 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 13848373-13849597(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGCCACCGTCGCC
SmilChr03G000921 Chr03 NC_080389.1:10530473-10530486promoter 内 2716-2729 bp - 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 10531758-10532970(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGCCACCGTCGCC
SmilChr02G003356 Chr02 NC_080388.1:54722054-54722067promoter 内 1796-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 54724259-54726747(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCCTCTCCGTCCAA
SmilChr03G000922 Chr03 NC_080389.1:10530473-10530486promoter 内 1439-1452 bp - 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 10533035-10533944(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGCCACCGTCGCC
SmilChr02G003741 Chr02 NC_080388.1:59061633-59061646promoter 内 1193-1206 bp + 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 59064441-59066787(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGCGACGGTGGTGG
SmilChr07G001225 Chr07 NC_080393.1:9382445-9382458promoter 内 293-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 9386153-9387172(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GACGGCGGTGGAGG
SmilChr03G000001 Chr03 NC_080389.1:42775-42788promoter 内 3834-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40523-42621(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGTCACG
SmilChr02G004718 Chr02 NC_080388.1:69444294-69444307promoter 内 3751-3764 bp + 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69443605-69444057(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGACCACCGTCAAC
SmilChr02G004152 Chr02 NC_080388.1:63826623-63826636promoter 内 3702-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 63826922-63832961(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGTTATGG
SmilChr04G000256 Chr04 NC_080390.1:2325145-2325158promoter 内 3661-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2325485-2326075(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCCGCCGGTGGAGG
SmilChr03G000906 Chr03 NC_080389.1:10373302-10373315promoter 内 3602-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10373701-10375206(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCGGGCGGTGGATG
SmilChr01G001287 Chr01 NC_080387.1:25654887-25654900promoter 内 3512-3525 bp + 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25655376-25656574(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGCGACGGTGGCGC
SmilChr01G004682 Chr01 NC_080387.1:64892907-64892920promoter 内 3419-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 64890235-64892338(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTAGACGGTGGGGC
SmilChr05G002791 Chr05 NC_080391.1:32641598-32641611promoter 内 3397-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32642202-32646200(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTATCACCGTCAAT
SmilChr04G004184 Chr04 NC_080390.1:56402228-56402241promoter 内 3387-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56399455-56401627(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGCGACGGTGGTGA
SmilChr05G002914 Chr05 NC_080391.1:35121583-35121596promoter 内 3306-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35118654-35120901(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTATCACCGTCAAT
SmilChr03G004386 Chr03 NC_080389.1:62066510-62066523promoter 内 3297-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 62067214-62071808(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGCGTTAA
SmilChr02G001802 Chr02 NC_080388.1:32875929-32875942promoter 内 3174-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32876756-32879335(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGGCGGCCGTCCAC
SmilChr01G002912 Chr01 NC_080387.1:47845928-47845941promoter 内 3103-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47841294-47845043(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTCCACCGTCGAC
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SmilChr01G002088 Chr01 NC_080387.1:36863186-36863199promoter 内 3026-3039 bp - 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36861484-36862224(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCCGCCGGTGGAGG
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SmilChr03G004753 Chr03 NC_080389.1:64605448-64605461promoter 内 2967-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 64606482-64623780(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCACCACCGTCGCC
SmilChr07G000322 Chr07 NC_080393.1:2169832-2169845promoter 内 2944-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2168715-2168788(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGCGACGGTGGCGC