转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004274; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001114-RA_Salv SmilChr03G004274 MIKC_MADS XP_057799397.1 MP00080 CCAAAAAAGGAAAA

可能结合的靶基因

9850 个结合位点 6766 个候选靶基因 第 118 / 136 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005274 Chr02 NC_080388.1:73819667-73819680promoter 内 2548-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73813951-73818227(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTCTTGTTG
SmilChr04G000750 Chr04 NC_080390.1:9189557-9189570promoter 内 2540-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9191018-9192135(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAGGGGAAC
SmilChr01G004936 Chr01 NC_080387.1:67462322-67462335promoter 内 2536-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 67459992-67460870(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CGGGAAAAGGAAGG
SmilChr01G002720 Chr01 NC_080387.1:45488163-45488176promoter 内 2506-2519 bp + 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45484868-45486681(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTGTAG
SmilChr04G000370 Chr04 NC_080390.1:3713740-3713753promoter 内 2430-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3715311-3719135(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTCTTCGT
SmilChr01G002721 Chr01 NC_080387.1:45488163-45488176promoter 内 2141-2154 bp + 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45490023-45490384(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTACAAAAGGAAAG
SmilChr04G000591 Chr04 NC_080390.1:6613278-6613291promoter 内 1981-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6609468-6611271(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTGTAG
SmilChr03G000073 Chr03 NC_080389.1:914270-914283promoter 内 1934-1947 bp + 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 911287-912216(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTCTCCTTTTCTCG
SmilChr01G003728 Chr01 NC_080387.1:55590654-55590667promoter 内 1929-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55592726-55594756(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTCTTTCTC
SmilChr03G002224 Chr03 NC_080389.1:35060052-35060065promoter 内 1920-1933 bp - 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35062133-35067198(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTTAGA
SmilChr03G001757 Chr03 NC_080389.1:23924569-23924582promoter 内 1829-1842 bp - 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23926741-23926846(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTCTTCCGA
SmilChr03G003628 Chr03 NC_080389.1:54962515-54962528promoter 内 1821-1834 bp - 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54964695-54965913(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCTTCCTTTTCCCG
SmilChr01G000840 Chr01 NC_080387.1:18159749-18159762promoter 内 1811-1824 bp + 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 18156130-18157572(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTCTTGTTG
SmilChr03G001629 Chr03 NC_080389.1:20990015-20990028promoter 内 1754-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20992262-20994544(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCACG
SmilChr02G002003 Chr02 NC_080388.1:36183319-36183332promoter 内 1632-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36185688-36187781(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTAT
SmilChr03G004582 Chr03 NC_080389.1:63687966-63687979promoter 内 1620-1633 bp - 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63681003-63685598(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATAGAAAAGGAAAA
SmilChr01G004697 Chr01 NC_080387.1:65074857-65074870promoter 内 1605-1618 bp - 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65070636-65072474(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CGTGAAAAGGAAAA
SmilChr03G004491 Chr03 NC_080389.1:63032713-63032726promoter 内 1598-1611 bp - 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63027925-63030323(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCCAGAAAGGAAAA
SmilChr01G002186 Chr01 NC_080387.1:37990807-37990820promoter 内 1382-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37987439-37988201(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CGGGAAAAGGAAGG
SmilChr02G001582 Chr02 NC_080388.1:29547036-29547049promoter 内 1263-1276 bp + 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29534250-29544311(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCACG
SmilChr01G005002 Chr01 NC_080387.1:68070776-68070789promoter 内 1163-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68066131-68067951(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCAAAAAAGGAAGT
SmilChr04G001103 Chr04 NC_080390.1:15791117-15791130promoter 内 1134-1147 bp + 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15785082-15788263(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTAT
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15068936-15068949promoter 内 1017-1030 bp + 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15071920-15075086(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCAAAAAAGGCACG
SmilChr01G001527 Chr01 NC_080387.1:29258009-29258022promoter 内 1016-1029 bp + 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29249616-29255037(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATCTCCTTTTTCGG
SmilChr04G001263 Chr04 NC_080390.1:19918621-19918634promoter 内 964-977 bp + 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19921658-19922716(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAGGGGAAC
SmilChr02G001281 Chr02 NC_080388.1:23638082-23638095promoter 内 945-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23641138-23643741(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTCTCCTTTTCTCG
SmilChr03G002985 Chr03 NC_080389.1:46670604-46670617promoter 内 932-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46673673-46681349(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCACG
SmilChr02G002903 Chr02 NC_080388.1:49343839-49343852promoter 内 834-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49347006-49348582(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCACG
SmilChr01G002187 Chr01 NC_080387.1:37990807-37990820promoter 内 700-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37994108-37997497(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCTTCCTTTTCCCG
SmilChr01G003122 Chr01 NC_080387.1:50051919-50051932promoter 内 695-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50040153-50048626(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CGAGATAAGGAAAG
SmilChr01G004449 Chr01 NC_080387.1:62601624-62601637promoter 内 673-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 62597685-62598309(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CGGGAAAAGGAAGG
SmilChr03G002347 Chr03 NC_080389.1:37022264-37022277promoter 内 605-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37015279-37018881(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTAT
SmilChr02G002067 Chr02 NC_080388.1:37224070-37224083promoter 内 550-563 bp - 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37220526-37220632(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATAGAAAAGGAAAA
SmilChr01G003731 Chr01 NC_080387.1:55609971-55609984promoter 内 481-494 bp + 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55603656-55606464(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTGCCTTTTTCTG
SmilChr03G001299 Chr03 NC_080389.1:15214381-15214394promoter 内 391-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15217991-15218827(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATAGAAAAGGAAAA
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