转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 121 / 137 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002466 Chr03 NC_080389.1:39140564-39140572promoter 内 3081-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39132943-39139652(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr03G003381 Chr03 NC_080389.1:52170801-52170809promoter 内 3054-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 52168285-52169862(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr06G000280 Chr06 NC_080392.1:1931693-1931701promoter 内 3013-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1929024-1930713(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr06G001410 Chr06 NC_080392.1:14795348-14795356promoter 内 2976-2984 bp + 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14791516-14794331(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr04G000011 Chr04 NC_080390.1:178513-178521promoter 内 2965-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 173483-177485(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr01G004958 Chr01 NC_080387.1:67677513-67677521promoter 内 2944-2952 bp + 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 67678570-67681247(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr08G004200 Chr08 NC_080394.1:51380622-51380630promoter 内 2941-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51376938-51379570(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr04G001606 Chr04 NC_080390.1:26758006-26758014promoter 内 2934-2942 bp - 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 26759073-26762234(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr07G003624 Chr07 NC_080393.1:42749632-42749640promoter 内 2916-2924 bp - 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42750717-42768508(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr06G002074 Chr06 NC_080392.1:27343654-27343662promoter 内 2909-2917 bp - 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 27344746-27345405(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr05G004316 Chr05 NC_080391.1:56827013-56827021promoter 内 2826-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56828188-56831501(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr04G000720 Chr04 NC_080390.1:8444159-8444167promoter 内 2779-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 8440758-8442945(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr06G001001 Chr06 NC_080392.1:9908936-9908944promoter 内 2778-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 9905283-9907721(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr07G000984 Chr07 NC_080393.1:7130474-7130482promoter 内 2775-2783 bp - 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7131700-7131786(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr07G004493 Chr07 NC_080393.1:57536861-57536869promoter 内 2764-2772 bp - 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 57538098-57540899(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr01G002864 Chr01 NC_080387.1:47230704-47230712promoter 内 2755-2763 bp + 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 47228093-47229466(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr08G001045 Chr08 NC_080394.1:7978801-7978809promoter 内 2725-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7980077-7983110(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr02G003295 Chr02 NC_080388.1:54228716-54228724promoter 内 2704-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54225546-54227427(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr01G003173 Chr01 NC_080387.1:50539875-50539883promoter 内 2701-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50541175-50542457(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr08G004100 Chr08 NC_080394.1:49707167-49707175promoter 内 2558-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49703588-49705732(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr03G003694 Chr03 NC_080389.1:55874735-55874743promoter 内 2524-2532 bp + 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55870585-55873266(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr05G002678 Chr05 NC_080391.1:30250480-30250488promoter 内 2524-2532 bp + 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 30247555-30249011(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr05G000076 Chr05 NC_080391.1:388744-388752promoter 内 2496-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 384786-387247(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr06G002117 Chr06 NC_080392.1:28310464-28310472promoter 内 2488-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 28311977-28319309(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr07G001618 Chr07 NC_080393.1:13563076-13563084promoter 内 2455-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 13564622-13565894(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr01G003536 Chr01 NC_080387.1:53982558-53982566promoter 内 2446-2454 bp + 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53984113-53988903(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr08G000757 Chr08 NC_080394.1:5574799-5574807promoter 内 2443-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5576357-5577642(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr08G000172 Chr08 NC_080394.1:1182253-1182261promoter 内 2393-2401 bp + 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1178688-1180653(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr07G004428 Chr07 NC_080393.1:56896981-56896989promoter 内 2384-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56892545-56895372(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr05G002555 Chr05 NC_080391.1:28684530-28684538promoter 内 2310-2318 bp + 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 28686221-28690636(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr08G000173 Chr08 NC_080394.1:1182253-1182261promoter 内 2235-2243 bp + 1758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1184019-1185705(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr06G000075 Chr06 NC_080392.1:562961-562969promoter 内 2197-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 564765-567642(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr06G000847 Chr06 NC_080392.1:8010763-8010771promoter 内 2181-2189 bp + 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7995821-8008951(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr05G001520 Chr05 NC_080391.1:13922413-13922421promoter 内 2165-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 13924249-13926447(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
SmilChr05G001592 Chr05 NC_080391.1:14621262-14621270promoter 内 2134-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14623129-14623551(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAT
SmilChr07G001808 Chr07 NC_080393.1:15477085-15477093promoter 内 2086-2094 bp - 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15473538-15475178(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ATGTACGGG
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