转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 121 / 128 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000482 Chr02 NC_080388.1:6613647-6613658promoter 内 700-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6599753-6610357(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr03G000881 Chr03 NC_080389.1:10011210-10011221promoter 内 662-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 10003354-10007882(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G005726 Chr01 NC_080387.1:73405760-73405771promoter 内 638-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73409123-73409703(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTCTGTTTAT
SmilChr01G000797 Chr01 NC_080387.1:17240396-17240407promoter 内 626-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17235549-17237032(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATTTCTGTTTTC
SmilChr01G005320 Chr01 NC_080387.1:70431910-70431921promoter 内 595-606 bp - 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70424670-70428515(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAAAT
SmilChr01G005317 Chr01 NC_080387.1:70431910-70431921promoter 内 589-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70412045-70428509(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAAAT
SmilChr01G002921 Chr01 NC_080387.1:47996746-47996757promoter 内 554-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48000193-48000921(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr03G001204 Chr03 NC_080389.1:13874941-13874952promoter 内 552-563 bp + 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13878390-13879761(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G003359 Chr01 NC_080387.1:52336908-52336919promoter 内 513-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 52325564-52333431(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr01G001851 Chr01 NC_080387.1:33440273-33440284promoter 内 504-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 33435244-33436787(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTTTCTGTTTCA
SmilChr02G003245 Chr02 NC_080388.1:53714481-53714492promoter 内 497-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53710091-53710988(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G000718 Chr02 NC_080388.1:11529996-11530007promoter 内 491-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 11533506-11537729(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G002368 Chr01 NC_080387.1:40878298-40878309promoter 内 476-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 40872592-40874784(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAAAT
SmilChr02G004849 Chr02 NC_080388.1:70646679-70646690promoter 内 455-466 bp - 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70619616-70643144(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr02G001213 Chr02 NC_080388.1:22322107-22322118promoter 内 448-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 22316220-22318565(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTTTCTGTTTCA
SmilChr01G004526 Chr01 NC_080387.1:63448380-63448391promoter 内 444-455 bp + 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63451937-63461276(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGTAACAGAGCT
SmilChr01G000842 Chr01 NC_080387.1:18270084-18270095promoter 内 442-453 bp + 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18273643-18274242(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATAAACAGAATA
SmilChr02G002603 Chr02 NC_080388.1:45154568-45154579promoter 内 438-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45158131-45159911(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr03G001105 Chr03 NC_080389.1:12720232-12720243promoter 内 410-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 12723823-12724932(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G001296 Chr01 NC_080387.1:25829904-25829915promoter 内 406-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25825694-25826320(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATTTCTGTTTTC
SmilChr02G004341 Chr02 NC_080388.1:65675997-65676008promoter 内 393-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65669848-65672400(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAAAT
SmilChr01G005129 Chr01 NC_080387.1:69086975-69086986promoter 内 364-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69078077-69083349(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr02G001962 Chr02 NC_080388.1:35408964-35408975promoter 内 344-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 35402068-35405318(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G003436 Chr01 NC_080387.1:52980955-52980966promoter 内 335-346 bp + 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 52975435-52977300(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATTTCTGTTTCC
SmilChr02G002743 Chr02 NC_080388.1:47413043-47413054promoter 内 309-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 47416735-47417279(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G004587 Chr02 NC_080388.1:68348542-68348553promoter 内 282-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 68352261-68355449(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G003611 Chr01 NC_080387.1:54656489-54656500promoter 内 223-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54660267-54661448(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G006075 Chr01 NC_080387.1:76201138-76201149promoter 内 209-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 76204930-76207442(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G000940 Chr01 NC_080387.1:19897162-19897173promoter 内 196-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19900967-19902477(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr02G004906 Chr02 NC_080388.1:71053244-71053255promoter 内 177-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 71045183-71049431(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr02G001557 Chr02 NC_080388.1:28859955-28859966promoter 内 115-126 bp - 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28863841-28865005(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G003661 Chr02 NC_080388.1:57994629-57994640promoter 内 106-117 bp - 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 57998524-57999158(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr01G004245 Chr01 NC_080387.1:60746212-60746223promoter 内 3756-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 60746457-60747578(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTCA
SmilChr01G004470 Chr01 NC_080387.1:62794527-62794538promoter 内 3631-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 62792722-62794168(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTTA
SmilChr03G001206 Chr03 NC_080389.1:13914338-13914349promoter 内 2616-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 13915723-13917553(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTCA
SmilChr01G006171 Chr01 NC_080387.1:77208252-77208263promoter 内 2396-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 77209857-77211371(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTACC
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