转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 121 / 130 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001043 Chr02 NC_080388.1:18500533-18500545promoter 内 2558-2570 bp + 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18499017-18499102(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATATATTCTTTC
SmilChr02G004661 Chr02 NC_080388.1:69011185-69011197promoter 内 2518-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 69012668-69014684(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGAGAATATGCA
SmilChr01G001708 Chr01 NC_080387.1:31501586-31501598promoter 内 2515-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 31503072-31504277(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TACAGAATATATC
SmilChr02G003527 Chr02 NC_080388.1:56420754-56420766promoter 内 2506-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56422249-56426658(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAGAGAATATTTA
SmilChr02G000110 Chr02 NC_080388.1:1401721-1401733promoter 内 2445-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1403277-1405878(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAAGAATATATT
SmilChr02G002414 Chr02 NC_080388.1:42119585-42119597promoter 内 2442-2454 bp - 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 42113950-42118038(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TATAGAATATTTT
SmilChr01G005334 Chr01 NC_080387.1:70545643-70545655promoter 内 2435-2447 bp + 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70542168-70544089(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGTATATTCTTAG
SmilChr01G000686 Chr01 NC_080387.1:15336332-15336344promoter 内 2434-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15332719-15334777(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCCAGA
SmilChr01G005986 Chr01 NC_080387.1:75490195-75490207promoter 内 2418-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75487391-75488624(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTATA
SmilChr03G000898 Chr03 NC_080389.1:10265191-10265203promoter 内 2418-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10261530-10263620(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAAGAATATATT
SmilChr03G001207 Chr03 NC_080389.1:13923931-13923943promoter 内 2377-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13919951-13922319(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTATA
SmilChr01G004807 Chr01 NC_080387.1:66264936-66264948promoter 内 2340-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 66266597-66270367(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAAGAATATATT
SmilChr01G000610 Chr01 NC_080387.1:13494714-13494726promoter 内 2338-2350 bp - 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13489710-13493063(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGAGAATATGCA
SmilChr01G000932 Chr01 NC_080387.1:19760318-19760330promoter 内 2314-2326 bp + 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19762005-19765392(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGAGAATATGCA
SmilChr01G004918 Chr01 NC_080387.1:67275735-67275747promoter 内 2296-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 67268047-67274042(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTAAGAATATCCA
SmilChr02G003579 Chr02 NC_080388.1:56960507-56960519promoter 内 2295-2307 bp + 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56962213-56966574(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAGAGAATATTTA
SmilChr01G001195 Chr01 NC_080387.1:24101537-24101549promoter 内 2289-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24097390-24099837(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCCACG
SmilChr01G004576 Chr01 NC_080387.1:63807362-63807374promoter 内 2240-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63798588-63805613(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TCCAGAATATTCA
SmilChr01G003274 Chr01 NC_080387.1:51460396-51460408promoter 内 2219-2231 bp + 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51453792-51458626(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GACATATTCTGTT
SmilChr01G000301 Chr01 NC_080387.1:5911709-5911721promoter 内 2165-2177 bp - 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5906524-5909885(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGAGAATATGCA
SmilChr01G002986 Chr01 NC_080387.1:48794203-48794215promoter 内 2145-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48792039-48792359(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TATAGAATATTTT
SmilChr01G002036 Chr01 NC_080387.1:35996574-35996586promoter 内 2138-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35998437-36001209(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATAATATTCCTCA
SmilChr01G005065 Chr01 NC_080387.1:68548911-68548923promoter 内 2124-2136 bp - 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68543297-68547046(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAAGAATATATT
SmilChr01G004538 Chr01 NC_080387.1:63531558-63531570promoter 内 2111-2123 bp + 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63533448-63536628(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AACAGAATATGTC
SmilChr01G001889 Chr01 NC_080387.1:34001169-34001181promoter 内 2081-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33996150-33999261(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGAGAATATGCA
SmilChr01G003669 Chr01 NC_080387.1:55105564-55105576promoter 内 2070-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55107495-55110325(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAAGAATATCTT
SmilChr01G000820 Chr01 NC_080387.1:17718978-17718990promoter 内 1979-1991 bp + 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 17721000-17723631(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAAGAATATATT
SmilChr02G003494 Chr02 NC_080388.1:56170637-56170649promoter 内 1979-1991 bp + 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56166008-56168627(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGTATATTCTTAG
SmilChr01G003799 Chr01 NC_080387.1:56375311-56375323promoter 内 1940-1952 bp - 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56370038-56373262(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TATAGAATATTTT
SmilChr01G000710 Chr01 NC_080387.1:15857166-15857178promoter 内 1937-1949 bp - 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15859230-15860324(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTAATATTCTGAT
SmilChr01G000708 Chr01 NC_080387.1:15847464-15847476promoter 内 1935-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15849530-15850611(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTAATATTCTGAT
SmilChr02G005026 Chr02 NC_080388.1:72000490-72000502promoter 内 1931-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72002560-72007132(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TATAGAATATTTT
SmilChr01G000437 Chr01 NC_080387.1:8765900-8765912promoter 内 1911-1923 bp - 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8755227-8763822(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAGGAATATTAT
SmilChr03G001308 Chr03 NC_080389.1:15367287-15367299promoter 内 1895-1907 bp - 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15369393-15370731(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACAATATTCTTAT
SmilChr01G001992 Chr01 NC_080387.1:35325441-35325453promoter 内 1893-1905 bp - 2096 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35321960-35323345(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TATAGAATATTTT
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