转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 121 / 134 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001867 Chr01 NC_080387.1:33669119-33669131promoter 内 577-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 33672543-33675933(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCATTCA
SmilChr01G002299 Chr01 NC_080387.1:39812383-39812395promoter 内 503-515 bp - 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39804836-39808897(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAGAAGGATAAGT
SmilChr02G005121 Chr02 NC_080388.1:72702444-72702456promoter 内 413-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72698374-72698868(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGAATGGATAATA
SmilChr01G000117 Chr01 NC_080387.1:2035746-2035758promoter 内 309-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2031059-2032066(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCAATGGATAATG
SmilChr01G001251 Chr01 NC_080387.1:25129537-25129549promoter 内 295-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 25133243-25133875(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTAGTGATAAGG
SmilChr03G001974 Chr03 NC_080389.1:28493541-28493553promoter 内 274-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28487679-28489826(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGCAGGATAAGC
SmilChr01G004492 Chr01 NC_080387.1:63050283-63050295promoter 内 243-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63054041-63058804(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAGAAGGATAAGT
SmilChr02G003056 Chr02 NC_080388.1:51342710-51342722promoter 内 229-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51335241-51338950(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACCAA
SmilChr03G000770 Chr03 NC_080389.1:8800919-8800931promoter 内 195-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8804725-8807551(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCTCAT
SmilChr01G005539 Chr01 NC_080387.1:72222329-72222341promoter 内 186-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72226144-72227093(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGTTATCCATTTA
SmilChr02G003130 Chr02 NC_080388.1:52329542-52329554promoter 内 172-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52333371-52337001(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACCAA
SmilChr01G001243 Chr01 NC_080387.1:24938139-24938151promoter 内 151-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24933517-24934301(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCAATGGATAATG
SmilChr02G002816 Chr02 NC_080388.1:48275627-48275639promoter 内 97-109 bp + 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48266258-48271735(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGTTATCCAGATA
SmilChr01G001007 Chr01 NC_080387.1:21187042-21187054promoter 内 83-95 bp + 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21190960-21191082(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGCAGGATAAGC
SmilChr02G002292 Chr02 NC_080388.1:40453332-40453344promoter 内 81-93 bp + 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40457252-40460983(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTATTGATAAGG
SmilChr01G001911 Chr01 NC_080387.1:34257074-34257086promoter 内 36-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34261039-34264431(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCATTCA
SmilChr03G001800 Chr03 NC_080389.1:24616530-24616542promoter 内 1-13 bp + 3988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24610358-24612542(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATGTAA
SmilChr01G002137 Chr01 NC_080387.1:37354150-37354162promoter 内 1292-1304 bp - 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 3 37346822-37351453(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAATGGATAATC
SmilChr01G000034 Chr01 NC_080387.1:560582-560594promoter 内 353-365 bp + 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 3 564230-565217(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTTGGATAATC
SmilChr01G002603 Chr01 NC_080387.1:44233024-44233036promoter 内 3826-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 44231924-44232861(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGGAGAGATAAGG
SmilChr01G001094 Chr01 NC_080387.1:22387263-22387275promoter 内 3262-3274 bp - 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 22386464-22386536(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGGACAGATAAGG
SmilChr01G002117 Chr01 NC_080387.1:37196176-37196188promoter 内 1076-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 37189801-37193263(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCTCTA
SmilChr02G004381 Chr02 NC_080388.1:66161553-66161565promoter 内 388-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 66165166-66169186(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCTCTA
SmilChr02G002193 Chr02 NC_080388.1:39157331-39157343promoter 内 368-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 39152112-39153710(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGAAGTGATAAGG
SmilChr03G002136 Chr03 NC_080389.1:33250653-33250665promoter 内 288-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 33240495-33246952(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCAGCCG
SmilChr03G000474 Chr03 NC_080389.1:5045892-5045904promoter 内 3968-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5045925-5046758(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAATCT
SmilChr02G001702 Chr02 NC_080388.1:31328630-31328642promoter 内 3965-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31328666-31332478(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAGTTT
SmilChr02G001700 Chr02 NC_080388.1:31322622-31322634promoter 内 3962-3974 bp - 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31322661-31326472(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAGTTT
SmilChr02G003075 Chr02 NC_080388.1:51653057-51653069promoter 内 3958-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51645944-51653026(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATACC
SmilChr02G003116 Chr02 NC_080388.1:52156193-52156205promoter 内 3924-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52156270-52163232(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATACC
SmilChr01G004930 Chr01 NC_080387.1:67366663-67366675promoter 内 3920-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 67365644-67366594(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGTTATCCAATCT
SmilChr01G000729 Chr01 NC_080387.1:16225393-16225405promoter 内 3917-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 16225477-16227754(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTTGGATAATC
SmilChr01G005945 Chr01 NC_080387.1:75192319-75192331promoter 内 3880-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75190777-75192210(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTATTGGATAATC
SmilChr02G005419 Chr02 NC_080388.1:74647087-74647099promoter 内 3843-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74643948-74646941(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAGAGAGATAAGG
SmilChr01G003642 Chr01 NC_080387.1:54921930-54921942promoter 内 3837-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54919370-54921778(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAAGTGATAAGG
SmilChr01G004315 Chr01 NC_080387.1:61330800-61330812promoter 内 3837-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61326946-61330648(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTCATGGATAAGT
SmilChr01G000908 Chr01 NC_080387.1:19146273-19146285promoter 内 3830-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19146444-19155447(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAGTTT
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SmilChr02G004801 Chr02 NC_080388.1:70200759-70200771promoter 内 3786-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70197661-70200556(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCAAATT
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SmilChr01G004448 Chr01 NC_080387.1:62580304-62580316promoter 内 3640-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62580665-62584244(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTAGTGGATAAAG
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