转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 122 / 126 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000618 Chr04 NC_080390.1:6987174-6987188promoter 内 81-95 bp + 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6991094-6991486(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAGCTACACGTGTCG
SmilChr08G000803 Chr08 NC_080394.1:5887456-5887470promoter 内 68-82 bp - 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5891389-5894783(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCAAAAAT
SmilChr06G000948 Chr06 NC_080392.1:9126346-9126360promoter 内 1458-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 9128889-9130932(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATGACTACGTGGCT
SmilChr08G004598 Chr08 NC_080394.1:55585644-55585658promoter 内 3983-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55582963-55585640(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTAACAGAA
SmilChr02G003466 Chr02 NC_080388.1:55959060-55959074promoter 内 3931-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55959130-55961909(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGATGGC
SmilChr02G002283 Chr02 NC_080388.1:40301925-40301939promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40302012-40303908(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTTTCTTTC
SmilChr02G000744 Chr02 NC_080388.1:12040998-12041012promoter 内 3817-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12037994-12040828(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTAGGATCT
SmilChr02G001261 Chr02 NC_080388.1:23119239-23119253promoter 内 3654-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23119586-23122429(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATGACTACGTGGCT
SmilChr07G001790 Chr07 NC_080393.1:15242948-15242962promoter 内 3556-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15236520-15242517(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTATCACTC
SmilChr08G004178 Chr08 NC_080394.1:51130975-51130989promoter 内 3529-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51130185-51130517(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TATAAACACGTGGAA
SmilChr04G002175 Chr04 NC_080390.1:35142166-35142180promoter 内 3521-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35142646-35146257(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCCACGTGTCAACT
SmilChr05G004306 Chr05 NC_080391.1:56766064-56766078promoter 内 3502-3516 bp - 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56766563-56768055(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTAATATTT
SmilChr08G001388 Chr08 NC_080394.1:11105482-11105496promoter 内 3467-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11079132-11104962(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTATCACTC
SmilChr05G004305 Chr05 NC_080391.1:56766064-56766078promoter 内 3415-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56760473-56765492(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAATATTACGTGGCG
SmilChr07G001346 Chr07 NC_080393.1:10415762-10415776promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10413482-10415103(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTATCACTC
SmilChr08G001962 Chr08 NC_080394.1:17277434-17277448promoter 内 3226-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17278209-17279835(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTATCACTC
SmilChr06G002064 Chr06 NC_080392.1:27170780-27170794promoter 内 3214-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27161106-27170007(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTTTATA
SmilChr08G002084 Chr08 NC_080394.1:18725418-18725432promoter 内 3174-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18726245-18729021(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTTGCACACGTGTAG
SmilChr01G004523 Chr01 NC_080387.1:63367638-63367652promoter 内 3173-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63363596-63366824(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTTATCAGC
SmilChr02G000592 Chr02 NC_080388.1:8481667-8481681promoter 内 3165-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8471205-8480845(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGATATAA
SmilChr02G002321 Chr02 NC_080388.1:40881467-40881481promoter 内 3152-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40878014-40880632(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTATCACTC
SmilChr05G002248 Chr05 NC_080391.1:24149653-24149667promoter 内 3105-3119 bp - 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24146647-24148771(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGTAGTCACGTGGAC
SmilChr04G003929 Chr04 NC_080390.1:54949534-54949548promoter 内 3097-3111 bp + 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54950438-54951426(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAGTGATACGTGGCT
SmilChr07G003268 Chr07 NC_080393.1:34442363-34442377promoter 内 3036-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34440662-34441412(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGAGTACACGTGGAG
SmilChr01G004013 Chr01 NC_080387.1:58545854-58545868promoter 内 2979-2993 bp + 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58544466-58544846(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTCCACGTGTCTCTT
SmilChr01G005570 Chr01 NC_080387.1:72474161-72474175promoter 内 2970-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72475192-72477490(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTAGGACCT
SmilChr02G004460 Chr02 NC_080388.1:67032900-67032914promoter 内 2961-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67024212-67031874(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TACGCTCACGTGGAG
SmilChr06G001733 Chr06 NC_080392.1:19973437-19973451promoter 内 2949-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19974489-19975753(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTATTTTGC
SmilChr04G004145 Chr04 NC_080390.1:56199413-56199427promoter 内 2895-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56200519-56201929(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTGCAAGACGTGGCT
SmilChr05G001039 Chr05 NC_080391.1:8513273-8513287promoter 内 2885-2899 bp - 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8511658-8512171(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAGTGATACGTGGCT
SmilChr07G000660 Chr07 NC_080393.1:4459109-4459123promoter 内 2878-2892 bp + 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4456229-4458000(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTGATCG
SmilChr03G000280 Chr03 NC_080389.1:3184390-3184404promoter 内 2847-2861 bp - 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3185544-3186798(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTATCACTC
SmilChr02G002590 Chr02 NC_080388.1:45018071-45018085promoter 内 2816-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45019256-45020461(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGTGCATACGTGGCT
SmilChr01G002026 Chr01 NC_080387.1:35812834-35812848promoter 内 2785-2799 bp - 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35814050-35815205(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTATCACTC
SmilChr08G004599 Chr08 NC_080394.1:55585644-55585658promoter 内 2783-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55586862-55589351(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCTGTTACGTGGCG
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