转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 122 / 136 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002339 Chr05 NC_080391.1:25323997-25324007promoter 内 583-593 bp + 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25327415-25333624(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACT
SmilChr02G005364 Chr02 NC_080388.1:74353989-74353999promoter 内 580-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74348519-74350578(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGTT
SmilChr05G001615 Chr05 NC_080391.1:14939341-14939351promoter 内 567-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14935162-14935917(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCT
SmilChr04G003259 Chr04 NC_080390.1:49311036-49311046promoter 内 558-568 bp + 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49304878-49307603(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAATT
SmilChr06G002590 Chr06 NC_080392.1:37109380-37109390promoter 内 544-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37100605-37105933(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCT
SmilChr01G005496 Chr01 NC_080387.1:71861549-71861559promoter 内 507-517 bp - 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71865043-71868647(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGCCG
SmilChr03G001191 Chr03 NC_080389.1:13716598-13716608promoter 内 495-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13707541-13713102(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACT
SmilChr05G001159 Chr05 NC_080391.1:9730639-9730649promoter 内 490-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9734150-9735607(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGCCAGCGCG
SmilChr08G004304 Chr08 NC_080394.1:52742250-52742260promoter 内 485-495 bp + 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52736015-52738744(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTGTT
SmilChr03G001760 Chr03 NC_080389.1:24006363-24006373promoter 内 477-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24001867-24002849(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACT
SmilChr08G000482 Chr08 NC_080394.1:3461477-3461487promoter 内 441-451 bp - 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3456912-3457927(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr01G002471 Chr01 NC_080387.1:42431242-42431252promoter 内 403-413 bp - 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42434840-42434946(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACT
SmilChr04G000821 Chr04 NC_080390.1:10324428-10324438promoter 内 389-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10317787-10320826(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGTT
SmilChr01G000814 Chr01 NC_080387.1:17598841-17598851promoter 内 347-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17594313-17595197(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTTCAGCGCT
SmilChr03G000610 Chr03 NC_080389.1:6744178-6744188promoter 内 341-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6747838-6749580(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCT
SmilChr03G003490 Chr03 NC_080389.1:53473568-53473578promoter 内 340-350 bp - 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53467266-53469917(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr08G002503 Chr08 NC_080394.1:24053910-24053920promoter 内 328-338 bp + 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24057583-24062487(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr03G003491 Chr03 NC_080389.1:53473568-53473578promoter 内 257-267 bp - 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53477312-53480377(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr08G004782 Chr08 NC_080394.1:57146973-57146983promoter 内 256-266 bp + 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57142182-57143238(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGTC
SmilChr07G003125 Chr07 NC_080393.1:33158605-33158615promoter 内 249-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33162357-33163490(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr07G003439 Chr07 NC_080393.1:38054047-38054057promoter 内 244-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38049197-38050300(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr06G000976 Chr06 NC_080392.1:9521939-9521949promoter 内 235-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9486072-9518183(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr04G002977 Chr04 NC_080390.1:46161387-46161397promoter 内 223-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46156568-46157619(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCT
SmilChr05G000717 Chr05 NC_080391.1:5476162-5476172promoter 内 219-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5462755-5472390(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr03G002754 Chr03 NC_080389.1:43766109-43766119promoter 内 201-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 43769909-43770824(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr04G001891 Chr04 NC_080390.1:30877115-30877125promoter 内 178-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30880938-30891666(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr01G004161 Chr01 NC_080387.1:60107274-60107284promoter 内 174-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60103351-60103457(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACT
SmilChr01G004162 Chr01 NC_080387.1:60113136-60113146promoter 内 174-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60109213-60109319(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACT
SmilChr06G002131 Chr06 NC_080392.1:28702068-28702078promoter 内 136-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28695032-28698213(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCT
SmilChr04G001758 Chr04 NC_080390.1:28902366-28902376promoter 内 134-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28895038-28898509(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAATT
SmilChr04G001883 Chr04 NC_080390.1:30778433-30778443promoter 内 123-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30782311-30793000(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr05G003139 Chr05 NC_080391.1:40010610-40010620promoter 内 115-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 40004677-40006734(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTTCAGCGCT
SmilChr01G005402 Chr01 NC_080387.1:71269849-71269859promoter 内 105-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71273745-71277413(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTT
SmilChr02G004891 Chr02 NC_080388.1:70962516-70962526promoter 内 88-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70957290-70958613(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGCCG
SmilChr08G004498 Chr08 NC_080394.1:54601110-54601120promoter 内 79-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54595716-54597198(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGGT
SmilChr01G003943 Chr01 NC_080387.1:57768428-57768438promoter 内 70-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57763782-57764507(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr03G001774 Chr03 NC_080389.1:24196869-24196879promoter 内 16-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24191082-24192894(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACGT
SmilChr08G004563 Chr08 NC_080394.1:55216704-55216714promoter 内 11-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55220694-55222167(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACT
SmilChr02G000014 Chr02 NC_080388.1:117603-117613promoter 内 10-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 110968-113622(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCT
SmilChr04G000809 Chr04 NC_080390.1:10120559-10120569promoter 内 9-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10124551-10128751(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAATT
SmilChr05G000223 Chr05 NC_080391.1:1745512-1745522promoter 内 3-13 bp + 3988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1738801-1741524(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGTC
SmilChr03G002467 Chr03 NC_080389.1:39147809-39147819promoter 内 2086-2096 bp + 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 3 39144403-39145904(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGAC
SmilChr06G000704 Chr06 NC_080392.1:6290410-6290420promoter 内 2433-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 6288165-6288852(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTC
SmilChr08G000948 Chr08 NC_080394.1:7062636-7062646promoter 内 3870-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7062767-7064601(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGTC
SmilChr05G001491 Chr05 NC_080391.1:13680181-13680191promoter 内 3724-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13680458-13683035(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGTC
SmilChr07G001846 Chr07 NC_080393.1:15984178-15984188promoter 内 3717-3727 bp - 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15977637-15983904(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr06G002807 Chr06 NC_080392.1:40782148-40782158promoter 内 3698-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 40780705-40781855(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCA
SmilChr06G003012 Chr06 NC_080392.1:42995313-42995323promoter 内 3642-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42995672-42999285(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGTC
SmilChr01G003781 Chr01 NC_080387.1:56197338-56197348promoter 内 3589-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56195870-56196936(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTC
SmilChr06G002808 Chr06 NC_080392.1:40782148-40782158promoter 内 3435-3445 bp - 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 40782714-40783768(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTC