转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 123 / 167 下载 TSV

上一页 123 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004804 Chr02 NC_080388.1:70222463-70222483promoter 内 2613-2633 bp + 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 70217075-70221095(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAATCCTTATCATGTCTAGG
SmilChr07G002256 Chr07 NC_080393.1:20745562-20745582promoter 内 2613-2633 bp - 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 20746950-20749935(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTAAATTTATCCATATTTAC
SmilChr04G003560 Chr04 NC_080390.1:51975295-51975315promoter 内 2586-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51972569-51973900(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGACTATTATCCAAATCTTG
SmilChr02G002423 Chr02 NC_080388.1:42196819-42196839promoter 内 2559-2579 bp - 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42198261-42199616(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGACTATTATCCAAATCTTG
SmilChr02G001602 Chr02 NC_080388.1:29870533-29870553promoter 内 2549-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29868515-29869101(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGACTATTATCCAAATCTTG
SmilChr04G002295 Chr04 NC_080390.1:37216266-37216286promoter 内 2541-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37217726-37219938(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGATTTGGATAATAGTCTT
SmilChr01G001298 Chr01 NC_080387.1:25851071-25851091promoter 内 2539-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25852533-25856306(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATGACCTTATCTATAAATTT
SmilChr07G000574 Chr07 NC_080393.1:3897311-3897331promoter 内 2538-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3898774-3902854(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATACATTTATCCATTTTTTT
SmilChr01G002189 Chr01 NC_080387.1:38042436-38042456promoter 内 2535-2555 bp + 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38039935-38040990(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGACTATTATCCAAATCTTG
SmilChr02G001417 Chr02 NC_080388.1:26804485-26804505promoter 内 2528-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26799343-26803032(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCCTAATTATCCATAGTGTG
SmilChr07G000818 Chr07 NC_080393.1:5775139-5775159promoter 内 2518-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5776622-5777873(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTCTCTTATCCTTATTTGA
SmilChr02G001630 Chr02 NC_080388.1:30258880-30258900promoter 内 2510-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30260371-30268091(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGATTTGGATAATAGTCTT
SmilChr03G002623 Chr03 NC_080389.1:41634808-41634828promoter 内 2507-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41630946-41633334(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATATAGGATAAGAGTTTA
SmilChr03G000212 Chr03 NC_080389.1:2470585-2470605promoter 内 2484-2504 bp - 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2472102-2472657(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGACTATTATCCAAATCTTG
SmilChr04G002021 Chr04 NC_080390.1:32774949-32774969promoter 内 2475-2495 bp - 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32776475-32777699(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATCCTTATCATATGTATT
SmilChr05G002956 Chr05 NC_080391.1:35709455-35709475promoter 内 2466-2486 bp - 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 35710990-35712081(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGACTATTATCCAAATCTTG
SmilChr01G002225 Chr01 NC_080387.1:38727283-38727303promoter 内 2430-2450 bp - 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38724949-38725732(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAATTTAAGATAAGGTCAAA
SmilChr02G002451 Chr02 NC_080388.1:42758431-42758451promoter 内 2430-2450 bp - 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42760002-42761349(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGGCCTTATCTTCAATCCT
SmilChr02G004320 Chr02 NC_080388.1:65511261-65511281promoter 内 2428-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 65512834-65514958(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAAAAATTATCCAGAATTGT
SmilChr03G000011 Chr03 NC_080389.1:111273-111293promoter 内 2397-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 112877-112947(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACTTGATTATCCAAAGTTTG
SmilChr04G000156 Chr04 NC_080390.1:1365638-1365658promoter 内 2375-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1360728-1364032(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAATGATGATAAGGTTACA
SmilChr01G002208 Chr01 NC_080387.1:38420344-38420364promoter 内 2368-2388 bp - 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38418011-38418731(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAATTTAAGATAAGGTCAAA
SmilChr05G004074 Chr05 NC_080391.1:54637208-54637228promoter 内 2362-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54638847-54640091(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TACTAACTGGATAAGCAGTAT
SmilChr06G003250 Chr06 NC_080392.1:45173308-45173328promoter 内 2323-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 45174986-45177201(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATGTTGATAAGGCCAAG
SmilChr01G001991 Chr01 NC_080387.1:35318479-35318499promoter 内 2321-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 35320159-35325141(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGTATCTTGATAAGGTTAAT
SmilChr02G001557 Chr02 NC_080388.1:28862123-28862143promoter 内 2283-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 28863841-28865005(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCAAAATGGATAAAGGTTGG
SmilChr04G002293 Chr04 NC_080390.1:37216266-37216286promoter 内 2216-2236 bp + 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37213446-37214501(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGACTATTATCCAAATCTTG
SmilChr01G005323 Chr01 NC_080387.1:70443797-70443817promoter 内 2212-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 70445586-70457056(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATTCTGGATAAGTAAACA
SmilChr04G003497 Chr04 NC_080390.1:51386586-51386606promoter 内 2205-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51388382-51391111(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGTACTTATCCAATCTATA
SmilChr02G003996 Chr02 NC_080388.1:62284839-62284859promoter 内 2198-2218 bp - 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 62286642-62291386(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACTACCTTATCTTATCTTCA
SmilChr05G001459 Chr05 NC_080391.1:13332305-13332325promoter 内 2198-2218 bp - 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13326718-13330522(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATTCTGGATAAAAAAATT
SmilChr05G001856 Chr05 NC_080391.1:18581021-18581041promoter 内 2173-2193 bp + 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 18582849-18584213(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTATGTGTGGATAAGGCTCTT
SmilChr05G004169 Chr05 NC_080391.1:55627416-55627436promoter 内 2148-2168 bp + 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55629269-55630128(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATATAGTGGATAAAAATTTG
SmilChr02G004478 Chr02 NC_080388.1:67197025-67197045promoter 内 2145-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 67185667-67195189(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTAAATATGGATAAATTTAAA
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