转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 129 / 142 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr06G000641 Chr06 NC_080392.1:5668951-5668965promoter 内 2116-2130 bp - 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5660467-5667080(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACAATTT
SmilChr07G004405 Chr07 NC_080393.1:56672703-56672717promoter 内 2004-2018 bp - 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56669744-56670720(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCCTTAA
SmilChr06G002440 Chr06 NC_080392.1:35143443-35143457promoter 内 1992-2006 bp - 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 35145452-35152246(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGAAGTAGGTGGT
SmilChr05G002031 Chr05 NC_080391.1:21122936-21122950promoter 内 1958-1972 bp + 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 21124979-21125848(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACATTCGC
SmilChr01G001622 Chr01 NC_080387.1:30312399-30312413promoter 内 1893-1907 bp - 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30308143-30310305(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCTTCTT
SmilChr03G001965 Chr03 NC_080389.1:28235979-28235993promoter 内 1885-1899 bp - 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28238095-28239268(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGAAGGTAGGTAAT
SmilChr02G002686 Chr02 NC_080388.1:46547780-46547794promoter 内 1867-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 46544823-46545660(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTATGGTAGGTACT
SmilChr05G003647 Chr05 NC_080391.1:48905458-48905472promoter 内 1830-1844 bp - 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48907629-48912151(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTCCGTTAGGTGGC
SmilChr01G004266 Chr01 NC_080387.1:60916637-60916651promoter 内 1822-1836 bp - 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60918816-60919703(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCCAGGTAGGTAGT
SmilChr03G003737 Chr03 NC_080389.1:56384871-56384885promoter 内 1795-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56387077-56389581(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACATCCTC
SmilChr02G003011 Chr02 NC_080388.1:50762828-50762842promoter 内 1781-1795 bp + 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 50759571-50760622(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCGGGTGTT
SmilChr02G001779 Chr02 NC_080388.1:32573079-32573093promoter 内 1752-1766 bp - 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 32575328-32579569(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATTTGGTAGGTAAT
SmilChr01G001994 Chr01 NC_080387.1:35343748-35343762promoter 内 1631-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 35339808-35341392(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTTA
SmilChr07G000228 Chr07 NC_080393.1:1480789-1480803promoter 内 1608-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1472369-1478410(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGTGTGTAGGTGGG
SmilChr01G003937 Chr01 NC_080387.1:57689804-57689818promoter 内 1581-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 57685818-57687398(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATAGGTAGGTATG
SmilChr03G002718 Chr03 NC_080389.1:43204818-43204832promoter 内 1384-1398 bp - 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 43200851-43202215(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTGAAT
SmilChr07G000868 Chr07 NC_080393.1:6216563-6216577promoter 内 1326-1340 bp - 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6219238-6220785(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCAGAGTAGGTGGG
SmilChr05G001799 Chr05 NC_080391.1:17746954-17746968promoter 内 1292-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17739206-17744259(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACTCG
SmilChr03G002506 Chr03 NC_080389.1:39911748-39911762promoter 内 1238-1252 bp - 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 39907835-39908999(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCCCCCACCACCAC
SmilChr08G001223 Chr08 NC_080394.1:9879993-9880007promoter 内 1232-1246 bp + 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9882762-9887121(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTTCAGA
SmilChr07G000091 Chr07 NC_080393.1:500015-500029promoter 内 1204-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 494687-497232(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAATGCTAA
SmilChr03G003735 Chr03 NC_080389.1:56384871-56384885promoter 内 1170-1184 bp + 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56380865-56382054(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGATGTAGGTGAG
SmilChr03G003614 Chr03 NC_080389.1:54804796-54804810promoter 内 1030-1044 bp + 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54807767-54810284(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCAAAC
SmilChr01G003885 Chr01 NC_080387.1:57165151-57165165promoter 内 1015-1029 bp + 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 57168137-57170921(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACGGAGG
SmilChr08G001484 Chr08 NC_080394.1:11952437-11952451promoter 内 1005-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 11955433-11959459(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACTGCTCA
SmilChr04G002665 Chr04 NC_080390.1:42049554-42049568promoter 内 990-1004 bp + 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42052565-42058974(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCCACTT
SmilChr08G004243 Chr08 NC_080394.1:51891097-51891111promoter 内 931-945 bp + 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51884219-51888041(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACTCGGTAGGTATT
SmilChr01G002753 Chr01 NC_080387.1:45853178-45853192promoter 内 929-943 bp - 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45847328-45850120(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACTGACT
SmilChr08G004530 Chr08 NC_080394.1:54846491-54846505promoter 内 896-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54842240-54843400(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACTGTTTC
SmilChr04G002664 Chr04 NC_080390.1:42049554-42049568promoter 内 888-902 bp + 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42044750-42046455(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGTGGGTAGGTAAT
SmilChr01G001175 Chr01 NC_080387.1:23810306-23810320promoter 内 679-693 bp + 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 23813628-23815370(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACAACACC
SmilChr05G002463 Chr05 NC_080391.1:27141101-27141115promoter 内 659-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 27144443-27148428(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAAAAGTAGGTGAG
SmilChr04G003865 Chr04 NC_080390.1:54573811-54573825promoter 内 650-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54565330-54570474(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAACAGTAGGTGCA
SmilChr05G001788 Chr05 NC_080391.1:17600603-17600617promoter 内 647-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17603957-17607323(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGGATTAGGTGGA
SmilChr06G002224 Chr06 NC_080392.1:31371542-31371556promoter 内 635-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31374908-31377054(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGAAGGTAGGTAAT
SmilChr01G004864 Chr01 NC_080387.1:66780792-66780806promoter 内 622-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 66774740-66777427(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCATGAG
SmilChr07G004007 Chr07 NC_080393.1:51120112-51120126promoter 内 562-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51115950-51116687(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCTGGGA
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SmilChr01G005424 Chr01 NC_080387.1:71427746-71427760promoter 内 433-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 71419189-71424192(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTATTAGTAGGTGAG
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SmilChr01G005258 Chr01 NC_080387.1:70071763-70071777promoter 内 421-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70075343-70078703(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTATTCA
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SmilChr02G004583 Chr02 NC_080388.1:68331985-68331999promoter 内 320-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 68312853-68328318(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGAGGGTAGGTAAT
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