转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 129 / 133 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G001223 Chr03 NC_080389.1:14095001-14095010promoter 内 1123-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14097879-14100533(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAT
SmilChr02G001083 Chr02 NC_080388.1:19383234-19383243promoter 内 1032-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19386203-19392105(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACGCGTGGCA
SmilChr04G001602 Chr04 NC_080390.1:26715444-26715453promoter 内 1030-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26708275-26712482(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACGCGTGGCA
SmilChr02G001082 Chr02 NC_080388.1:19383234-19383243promoter 内 1006-1015 bp + 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19378546-19380248(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCGT
SmilChr04G000049 Chr04 NC_080390.1:442752-442761promoter 内 988-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 445765-452720(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAT
SmilChr02G002649 Chr02 NC_080388.1:45897733-45897742promoter 内 975-984 bp + 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45900759-45903568(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGT
SmilChr02G004299 Chr02 NC_080388.1:65368382-65368391promoter 内 823-832 bp + 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 65371560-65372703(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAT
SmilChr04G001364 Chr04 NC_080390.1:22162922-22162931promoter 内 800-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22158958-22159730(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCC
SmilChr02G000520 Chr02 NC_080388.1:7158144-7158153promoter 内 756-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7161389-7162864(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAT
SmilChr02G000519 Chr02 NC_080388.1:7158144-7158153promoter 内 629-638 bp + 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7153767-7154781(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCC
SmilChr02G003438 Chr02 NC_080388.1:55667356-55667365promoter 内 610-619 bp - 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55663412-55663974(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGT
SmilChr02G000887 Chr02 NC_080388.1:15275724-15275733promoter 内 514-523 bp - 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15279211-15279675(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCC
SmilChr03G003021 Chr03 NC_080389.1:47108759-47108768promoter 内 456-465 bp - 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47112304-47113024(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACCCACGTCT
SmilChr01G003181 Chr01 NC_080387.1:50596690-50596699promoter 内 292-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50587005-50592990(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAT
SmilChr01G003993 Chr01 NC_080387.1:58356373-58356382promoter 内 266-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58360108-58362362(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGT
SmilChr03G002237 Chr03 NC_080389.1:35255259-35255268promoter 内 174-183 bp - 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35249368-35251441(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACGCGTGGCA
SmilChr01G000563 Chr01 NC_080387.1:11672108-11672117promoter 内 124-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11675985-11676980(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCC
SmilChr03G002563 Chr03 NC_080389.1:40838816-40838825promoter 内 112-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40832043-40834936(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCC
SmilChr01G002278 Chr01 NC_080387.1:39544025-39544034promoter 内 102-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 39547924-39548787(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGACGTGGGT
SmilChr01G000144 Chr01 NC_080387.1:2436857-2436866promoter 内 76-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2432032-2432941(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ATCCACGTCC
SmilChr04G000431 Chr04 NC_080390.1:4585267-4585276promoter 内 33-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4589235-4596068(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAT
SmilChr01G004346 Chr01 NC_080387.1:61615886-61615895promoter 内 3755-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61613125-61615649(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
SmilChr03G000663 Chr03 NC_080389.1:7436556-7436565promoter 内 3559-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7436998-7438713(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr02G004548 Chr02 NC_080388.1:68028549-68028558promoter 内 3465-3474 bp - 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68021422-68028022(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
SmilChr01G005922 Chr01 NC_080387.1:75039456-75039465promoter 内 3440-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75037416-75038904(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr03G000117 Chr03 NC_080389.1:1290288-1290297promoter 内 3411-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1288471-1289707(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr02G000581 Chr02 NC_080388.1:8375507-8375516promoter 内 3308-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8373689-8374823(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr02G001677 Chr02 NC_080388.1:31005930-31005939promoter 内 3246-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 31003685-31005184(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr01G003970 Chr01 NC_080387.1:58143725-58143734promoter 内 3232-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58141071-58142965(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
SmilChr02G001613 Chr02 NC_080388.1:30015070-30015079promoter 内 3135-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30015936-30017916(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr03G000001 Chr03 NC_080389.1:43576-43585promoter 内 3037-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40523-42621(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr01G000128 Chr01 NC_080387.1:2159621-2159630promoter 内 3007-3016 bp + 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2150771-2158636(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr02G001612 Chr02 NC_080388.1:30015070-30015079promoter 内 2783-2792 bp - 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30009153-30013861(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
SmilChr03G000402 Chr03 NC_080389.1:4388055-4388064promoter 内 2368-2377 bp + 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4385403-4386431(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr02G002556 Chr02 NC_080388.1:44467865-44467874promoter 内 2221-2230 bp + 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44464058-44466094(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr04G001631 Chr04 NC_080390.1:27057153-27057162promoter 内 2047-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27053956-27055208(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
SmilChr03G000401 Chr03 NC_080389.1:4388055-4388064promoter 内 2005-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4377832-4386068(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr02G000477 Chr02 NC_080388.1:6566501-6566510promoter 内 1917-1926 bp - 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6563890-6564426(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
SmilChr02G000960 Chr02 NC_080388.1:16740202-16740211promoter 内 1855-1864 bp - 2137 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16742348-16754621(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr01G003785 Chr01 NC_080387.1:56228646-56228655promoter 内 1600-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56224761-56226254(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr01G004799 Chr01 NC_080387.1:66198630-66198639promoter 内 1581-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 66201050-66205319(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
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SmilChr04G001580 Chr04 NC_080390.1:26260676-26260685promoter 内 1399-1408 bp - 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26257039-26258083(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
SmilChr03G000920 Chr03 NC_080389.1:10522090-10522099promoter 内 1326-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10524765-10526411(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr01G005923 Chr01 NC_080387.1:75039456-75039465promoter 内 899-908 bp + 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75042558-75043921(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
SmilChr04G001630 Chr04 NC_080390.1:27057153-27057162promoter 内 779-788 bp - 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27053011-27053940(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCGTGGCA
SmilChr03G001058 Chr03 NC_080389.1:12293586-12293595promoter 内 756-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12287789-12290350(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr02G001298 Chr02 NC_080388.1:24041023-24041032promoter 内 721-730 bp + 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24034473-24037752(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr04G000623 Chr04 NC_080390.1:7080267-7080276promoter 内 706-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7083562-7089291(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC
SmilChr02G000478 Chr02 NC_080388.1:6566501-6566510promoter 内 502-511 bp - 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6570000-6570659(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCC