转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 13 / 139 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003447 Chr01 NC_080387.1:53031506-53031517promoter 内 151-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 53035356-53664655(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCGGCC
SmilChr02G000557 Chr02 NC_080388.1:7869233-7869244promoter 内 141-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 7862719-7865384(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCCGACGTGGA
SmilChr04G002791 Chr04 NC_080390.1:43795019-43795030promoter 内 3888-3899 bp + 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 43793632-43794917(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACCG
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2549122-2549133promoter 内 3650-3661 bp - 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 2548627-2548782(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGG
SmilChr01G000147 Chr01 NC_080387.1:2549122-2549133promoter 内 3266-3277 bp - 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 2545090-2548398(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGG
SmilChr02G001534 Chr02 NC_080388.1:28598796-28598807promoter 内 2721-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 28600076-28600906(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGT
SmilChr02G004162 Chr02 NC_080388.1:63953970-63953981promoter 内 1531-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 63947914-63951511(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGT
SmilChr02G001535 Chr02 NC_080388.1:28598796-28598807promoter 内 1417-1428 bp + 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 28601380-28601452(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGT
SmilChr04G001594 Chr04 NC_080390.1:26547231-26547242promoter 内 324-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 26550908-26552602(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGT
SmilChr02G003508 Chr02 NC_080388.1:56269385-56269396promoter 内 3683-3694 bp - 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 56265476-56269078(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGA
SmilChr02G003560 Chr02 NC_080388.1:56772686-56772697promoter 内 3387-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 56768452-56772083(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGA
SmilChr04G003093 Chr04 NC_080390.1:47560379-47560390promoter 内 1816-1827 bp - 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 47562564-47565348(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACCC
SmilChr04G001436 Chr04 NC_080390.1:23445029-23445040promoter 内 540-551 bp + 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 23448490-23449463(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGT
SmilChr02G002557 Chr02 NC_080388.1:44473783-44473794promoter 内 3911-3922 bp - 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 44473873-44500678(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCACCC
SmilChr02G004770 Chr02 NC_080388.1:69876343-69876354promoter 内 3910-3921 bp - 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69876434-69879104(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACCC
SmilChr02G005165 Chr02 NC_080388.1:72988578-72988589promoter 内 3810-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72988769-72990159(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACCC
SmilChr03G004205 Chr03 NC_080389.1:60659860-60659871promoter 内 3800-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 60653795-60659670(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGATGACGTGGG
SmilChr04G000355 Chr04 NC_080390.1:3413835-3413846promoter 内 3736-3747 bp - 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3410233-3413581(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGT
SmilChr01G002166 Chr01 NC_080387.1:37729867-37729878promoter 内 3697-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 37730171-37731070(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGG
SmilChr04G002481 Chr04 NC_080390.1:39661270-39661281promoter 内 3678-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 39659148-39660958(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCACCG
SmilChr01G001925 Chr01 NC_080387.1:34397961-34397972promoter 内 3429-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 34395602-34397400(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGATGACGTGGG
SmilChr03G001547 Chr03 NC_080389.1:19484149-19484160promoter 内 3132-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 19485018-19486593(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCATCC
SmilChr02G003502 Chr02 NC_080388.1:56218234-56218245promoter 内 3068-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 56216197-56217312(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCACCT
SmilChr02G003555 Chr02 NC_080388.1:56730358-56730369promoter 内 2979-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 56728232-56729347(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCACCT
SmilChr02G000298 Chr02 NC_080388.1:3765409-3765420promoter 内 2312-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3762820-3763731(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGA
SmilChr03G003706 Chr03 NC_080389.1:56006162-56006173promoter 内 2077-2088 bp + 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 56008086-56008159(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGG
SmilChr04G001045 Chr04 NC_080390.1:14872066-14872077promoter 内 1789-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 14874278-14875512(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCATCC
SmilChr04G001593 Chr04 NC_080390.1:26547231-26547242promoter 内 1672-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 26520857-26544913(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCACCC
SmilChr02G003501 Chr02 NC_080388.1:56218234-56218245promoter 内 1534-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 56215152-56215778(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCACCT
SmilChr03G001398 Chr03 NC_080389.1:16598752-16598763promoter 内 1416-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 16601337-16604106(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGATGACGTGGG
SmilChr01G001926 Chr01 NC_080387.1:34397961-34397972promoter 内 1399-1410 bp - 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 34400563-34402953(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCATCC
SmilChr02G000297 Chr02 NC_080388.1:3765409-3765420promoter 内 1269-1280 bp - 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3759534-3762688(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGA
SmilChr03G003719 Chr03 NC_080389.1:56207051-56207062promoter 内 1217-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 56209835-56212438(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACGA
SmilChr05G000123 Chr05 NC_080391.1:984738-984749promoter 内 1152-1163 bp + 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 987587-988033(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGATGACGTGGG
SmilChr01G002449 Chr01 NC_080387.1:42089166-42089177promoter 内 1088-1099 bp - 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 42081671-42086264(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGTTGACGTGGG
SmilChr02G000343 Chr02 NC_080388.1:4467049-4467060promoter 内 843-854 bp + 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 4470207-4470950(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGA
SmilChr04G003482 Chr04 NC_080390.1:51266684-51266695promoter 内 804-815 bp + 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 51269881-51274182(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGATGACGTGGG
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33567073-33567084promoter 内 795-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 33570279-33572198(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGA
SmilChr05G000258 Chr05 NC_080391.1:1980418-1980429promoter 内 730-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1983689-1986702(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGTGACGTGGG
SmilChr02G004414 Chr02 NC_080388.1:66495578-66495589promoter 内 87-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 66486928-66491675(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACCG
SmilChr01G000996 Chr01 NC_080387.1:21004728-21004739promoter 内 2124-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 9 21001451-21002862(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGATGACGTGGC
SmilChr02G001684 Chr02 NC_080388.1:31074166-31074177promoter 内 2898-2909 bp - 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 8 31070324-31073074(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGATGACGTGGC
SmilChr03G001202 Chr03 NC_080389.1:13858219-13858230promoter 内 195-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 6 13862025-13862894(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCGCCG
SmilChr03G002714 Chr03 NC_080389.1:43100954-43100965promoter 内 2799-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 5 43097783-43099763(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGTTGACGTGGC
SmilChr03G004157 Chr03 NC_080389.1:60342583-60342594promoter 内 2279-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 5 60344305-60348450(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAACA
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SmilChr01G003771 Chr01 NC_080387.1:56079570-56079581promoter 内 3820-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 56076342-56079400(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCTCACGTGGC
SmilChr04G001772 Chr04 NC_080390.1:29122073-29122084promoter 内 3329-3340 bp - 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 29122745-29126625(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAACA
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SmilChr01G001065 Chr01 NC_080387.1:22009026-22009037promoter 内 2510-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 22002683-22007546(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGTTGACGTGGC