转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 130 / 136 下载 TSV

上一页 130 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002257 Chr07 NC_080393.1:20761020-20761030promoter 内 509-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20751363-20757538(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCTGAGCC
SmilChr04G001229 Chr04 NC_080390.1:19327032-19327042promoter 内 502-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19330531-19337972(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr01G006023 Chr01 NC_080387.1:75815477-75815487promoter 内 353-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75809484-75811839(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr06G002844 Chr06 NC_080392.1:41204624-41204634promoter 内 294-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41196799-41200927(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAA
SmilChr01G001929 Chr01 NC_080387.1:34452147-34452157promoter 内 251-261 bp - 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34455897-34457066(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGTG
SmilChr03G002503 Chr03 NC_080389.1:39875042-39875052promoter 内 240-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39865434-39871291(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCTCAGCGGC
SmilChr02G003932 Chr02 NC_080388.1:61408289-61408299promoter 内 162-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61403860-61404460(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCTGAGCC
SmilChr05G004348 Chr05 NC_080391.1:57107163-57107173promoter 内 79-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57102218-57103251(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCTCAGCGGC
SmilChr01G005678 Chr01 NC_080387.1:73059060-73059070promoter 内 3816-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 73055593-73058885(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACTC
SmilChr02G005406 Chr02 NC_080388.1:74588221-74588231promoter 内 2905-2915 bp - 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 74584570-74587135(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCGA
SmilChr08G003484 Chr08 NC_080394.1:37491710-37491720promoter 内 2559-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 37489451-37490278(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCGA
SmilChr06G002125 Chr06 NC_080392.1:28531274-28531284promoter 内 2332-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 28532943-28540019(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr02G005408 Chr02 NC_080388.1:74588221-74588231promoter 内 27-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 74592195-74595504(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGGCTGAGCA
SmilChr02G002418 Chr02 NC_080388.1:42173852-42173862promoter 内 3987-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42172958-42173848(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGAG
SmilChr02G000810 Chr02 NC_080388.1:13573004-13573014promoter 内 3975-3985 bp - 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13566913-13572988(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGAC
SmilChr03G004142 Chr03 NC_080389.1:60258577-60258587promoter 内 3934-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60258644-60259399(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGAG
SmilChr06G000772 Chr06 NC_080392.1:7225237-7225247promoter 内 3901-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7212702-7225147(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAT
SmilChr01G004803 Chr01 NC_080387.1:66241120-66241130promoter 内 3886-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66237564-66241015(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTT
SmilChr04G003152 Chr04 NC_080390.1:48125811-48125821promoter 内 3809-3819 bp - 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48126003-48134453(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr05G000541 Chr05 NC_080391.1:4146035-4146045promoter 内 3758-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4139977-4145802(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGAC
SmilChr03G003690 Chr03 NC_080389.1:55840203-55840213promoter 内 3737-3747 bp + 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55838321-55839949(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACGCTGAGTA
SmilChr01G004804 Chr01 NC_080387.1:66241120-66241130promoter 内 3728-3738 bp - 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66241393-66244561(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGGCTGAGCC
SmilChr04G000762 Chr04 NC_080390.1:9302689-9302699promoter 内 3692-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9302998-9308636(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTT
SmilChr08G002171 Chr08 NC_080394.1:19635051-19635061promoter 内 3686-3696 bp - 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19630388-19634746(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCT
SmilChr01G002934 Chr01 NC_080387.1:48104202-48104212promoter 内 3619-3629 bp + 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48104584-48106855(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGTC
SmilChr05G001143 Chr05 NC_080391.1:9550315-9550325promoter 内 3607-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9550709-9559534(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGAG
SmilChr04G002707 Chr04 NC_080390.1:42673065-42673075promoter 内 3564-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42673502-42677484(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr02G001107 Chr02 NC_080388.1:19956876-19956886promoter 内 3521-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19955708-19956406(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCCCTGAGCC
SmilChr05G003515 Chr05 NC_080391.1:46968301-46968311promoter 内 3487-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46964579-46967797(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTT
SmilChr02G005421 Chr02 NC_080388.1:74658451-74658461promoter 内 3411-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74655413-74657871(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CAGTCAGCGCA
SmilChr02G001455 Chr02 NC_080388.1:27222375-27222385promoter 内 3388-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27222988-27224878(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAACA
SmilChr03G003133 Chr03 NC_080389.1:48555811-48555821promoter 内 3370-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48554101-48555190(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr03G000623 Chr03 NC_080389.1:6885987-6885997promoter 内 3360-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6886628-6890764(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGGCTGAGCA
SmilChr04G001856 Chr04 NC_080390.1:30226472-30226482promoter 内 3360-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30227113-30228504(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGGCTGAGCA
SmilChr08G003577 Chr08 NC_080394.1:38496871-38496881promoter 内 3349-3359 bp + 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38497523-38500965(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr08G004371 Chr08 NC_080394.1:53456131-53456141promoter 内 3323-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53456809-53457486(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr02G004845 Chr02 NC_080388.1:70587840-70587850promoter 内 3303-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70575749-70587152(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGGG
SmilChr05G002266 Chr05 NC_080391.1:24363137-24363147promoter 内 3276-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24363862-24366653(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr06G000484 Chr06 NC_080392.1:3969094-3969104promoter 内 3210-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3964333-3968313(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGGCTGAGCA
SmilChr05G002265 Chr05 NC_080391.1:24363137-24363147promoter 内 3157-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24357252-24362303(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr05G000751 Chr05 NC_080391.1:5813420-5813430promoter 内 3061-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5811765-5812490(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr02G005407 Chr02 NC_080388.1:74637731-74637741promoter 内 3011-3021 bp + 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74584570-74636751(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTG
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SmilChr04G000129 Chr04 NC_080390.1:1100121-1100131promoter 内 2934-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1101188-1103149(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGAG
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SmilChr03G003837 Chr03 NC_080389.1:57518562-57518572promoter 内 2869-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57519694-57522590(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCA
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SmilChr03G001884 Chr03 NC_080389.1:26245431-26245441promoter 内 2807-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26243055-26244247(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGGCTGAGCC