转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 132 / 149 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001870 Chr01 NC_080387.1:33690692-33690700promoter 内 3528-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 33691165-33693111(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr03G004696 Chr03 NC_080389.1:64298232-64298240promoter 内 3523-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64298710-64304213(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr02G001165 Chr02 NC_080388.1:21299641-21299649promoter 内 3492-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21300150-21300222(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr01G005817 Chr01 NC_080387.1:74161516-74161524promoter 内 3483-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74162034-74165609(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr01G005953 Chr01 NC_080387.1:75232788-75232796promoter 内 3475-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75231122-75232270(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr02G001643 Chr02 NC_080388.1:30506590-30506598promoter 内 3430-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 30503466-30506027(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr01G001607 Chr01 NC_080387.1:30222326-30222334promoter 内 3378-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 30217707-30221711(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr03G004695 Chr03 NC_080389.1:64298232-64298240promoter 内 3374-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64297541-64297613(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr02G000613 Chr02 NC_080388.1:8946441-8946449promoter 内 3309-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8944679-8945757(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr03G004157 Chr03 NC_080389.1:60343592-60343600promoter 内 3288-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60344305-60348450(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr03G002804 Chr03 NC_080389.1:44515170-44515178promoter 内 3279-3287 bp + 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44515892-44518232(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr01G005210 Chr01 NC_080387.1:69733188-69733196promoter 内 3270-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69733919-69734530(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr02G002839 Chr02 NC_080388.1:48513328-48513336promoter 内 3197-3205 bp - 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 48514132-48515581(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr01G003719 Chr01 NC_080387.1:55518681-55518689promoter 内 3154-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55519528-55523997(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr01G005219 Chr01 NC_080387.1:69762739-69762747promoter 内 3146-3154 bp + 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69763594-69764332(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr01G000231 Chr01 NC_080387.1:4288057-4288065promoter 内 3144-3152 bp - 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4286721-4287208(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr01G003018 Chr01 NC_080387.1:49208006-49208014promoter 内 3110-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49203621-49207123(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr04G001924 Chr04 NC_080390.1:31344740-31344748promoter 内 3104-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31343198-31343851(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr03G002515 Chr03 NC_080389.1:40028596-40028604promoter 内 3094-3102 bp - 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40029503-40030220(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr01G002548 Chr01 NC_080387.1:43577929-43577937promoter 内 3051-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43568349-43576987(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr04G000615 Chr04 NC_080390.1:6960412-6960420promoter 内 3033-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6940080-6959452(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr03G002855 Chr03 NC_080389.1:45133167-45133175promoter 内 3003-3011 bp - 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45134165-45135806(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr01G005327 Chr01 NC_080387.1:70479235-70479243promoter 内 2970-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70480266-70483251(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr03G004041 Chr03 NC_080389.1:59416049-59416057promoter 内 2931-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 59417119-59419256(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr02G001285 Chr02 NC_080388.1:23682205-23682213promoter 内 2918-2926 bp + 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 23679351-23681130(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr03G002038 Chr03 NC_080389.1:30752809-30752817promoter 内 2885-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 30746964-30751701(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr03G003735 Chr03 NC_080389.1:56383173-56383181promoter 内 2874-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56380865-56382054(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr01G005821 Chr01 NC_080387.1:74211960-74211968promoter 内 2871-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74207215-74210838(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr03G002862 Chr03 NC_080389.1:45236901-45236909promoter 内 2820-2828 bp - 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45233810-45235728(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr02G004970 Chr02 NC_080388.1:71598138-71598146promoter 内 2789-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 71595479-71596934(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr04G002547 Chr04 NC_080390.1:40767029-40767037promoter 内 2766-2774 bp + 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40765730-40765802(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr01G000574 Chr01 NC_080387.1:11915120-11915128promoter 内 2751-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11916370-11919874(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr02G002484 Chr02 NC_080388.1:43223822-43223830promoter 内 2741-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43225082-43227258(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr03G004154 Chr03 NC_080389.1:60337065-60337073promoter 内 2709-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60330852-60335781(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr04G002116 Chr04 NC_080390.1:34161602-34161610promoter 内 2638-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34159178-34160247(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr01G001367 Chr01 NC_080387.1:27027640-27027648promoter 内 2605-2613 bp - 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27029036-27032467(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr01G005726 Chr01 NC_080387.1:73407696-73407704promoter 内 2574-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73409123-73409703(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr03G003098 Chr03 NC_080389.1:48038258-48038266promoter 内 2535-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 48039724-48041670(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr04G000588 Chr04 NC_080390.1:6561178-6561186promoter 内 2525-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6550428-6559710(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr01G004034 Chr01 NC_080387.1:58769014-58769022promoter 内 2518-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 58770497-58773294(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr03G003867 Chr03 NC_080389.1:57770758-57770766promoter 内 2504-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57772255-57776059(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr01G001995 Chr01 NC_080387.1:35360965-35360973promoter 内 2485-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35362481-35367022(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr02G005274 Chr02 NC_080388.1:73819746-73819754promoter 内 2474-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73813951-73818227(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr04G001647 Chr04 NC_080390.1:27396149-27396157promoter 内 2460-2468 bp - 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27392443-27394616(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr02G001905 Chr02 NC_080388.1:34349042-34349050promoter 内 2447-2455 bp - 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34345531-34347496(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr03G004694 Chr03 NC_080389.1:64298232-64298240promoter 内 2446-2454 bp + 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64295450-64296685(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr04G000922 Chr04 NC_080390.1:12065809-12065817promoter 内 2440-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12057878-12064256(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr01G003668 Chr01 NC_080387.1:55089476-55089484promoter 内 2434-2442 bp + 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55091043-55092374(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT
SmilChr03G001636 Chr03 NC_080389.1:21081851-21081859promoter 内 2429-2437 bp + 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21078468-21080287(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 AGCGACAAA
SmilChr01G004077 Chr01 NC_080387.1:59203054-59203062promoter 内 2321-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 59204734-59207177(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCT