转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 133 / 136 下载 TSV

上一页 133 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001715 Chr06 NC_080392.1:19760239-19760249promoter 内 747-757 bp - 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19746147-19756995(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCA
SmilChr03G000412 Chr03 NC_080389.1:4447678-4447688promoter 内 714-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4450965-4453127(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr03G003845 Chr03 NC_080389.1:57571557-57571567promoter 内 709-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57567386-57568275(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAACA
SmilChr07G000745 Chr07 NC_080393.1:5251268-5251278promoter 内 665-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5246785-5247942(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGTC
SmilChr03G003840 Chr03 NC_080389.1:57530423-57530433promoter 内 660-670 bp + 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57533764-57536082(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCA
SmilChr05G000470 Chr05 NC_080391.1:3543352-3543362promoter 内 612-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3546741-3549984(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGAG
SmilChr06G002688 Chr06 NC_080392.1:38808436-38808446promoter 内 597-607 bp - 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38811840-38813276(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGGCTGAGCA
SmilChr05G000288 Chr05 NC_080391.1:2223102-2223112promoter 内 530-540 bp - 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2214518-2219641(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr05G003480 Chr05 NC_080391.1:46198622-46198632promoter 内 526-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46202097-46206198(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAT
SmilChr01G000743 Chr01 NC_080387.1:16431532-16431542promoter 内 505-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16435028-16436925(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr01G004682 Chr01 NC_080387.1:64895843-64895853promoter 内 486-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64890235-64892338(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCCCTGAGCC
SmilChr02G001796 Chr02 NC_080388.1:32766668-32766678promoter 内 480-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32760123-32763157(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACTC
SmilChr01G001541 Chr01 NC_080387.1:29429923-29429933promoter 内 469-479 bp + 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29433455-29433526(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr04G002433 Chr04 NC_080390.1:38986848-38986858promoter 内 458-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38977216-38983315(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGGCTGAGCC
SmilChr05G000007 Chr05 NC_080391.1:41188-41198promoter 内 431-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28147-37628(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACGCTGAGTA
SmilChr06G001750 Chr06 NC_080392.1:20362000-20362010promoter 内 422-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20365579-20366663(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr01G003554 Chr01 NC_080387.1:54174684-54174694promoter 内 385-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54178300-54179238(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr01G001706 Chr01 NC_080387.1:31491420-31491430promoter 内 335-345 bp + 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31487645-31487764(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACTC
SmilChr02G001167 Chr02 NC_080388.1:21325925-21325935promoter 内 322-332 bp - 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21329604-21331359(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACTC
SmilChr03G000652 Chr03 NC_080389.1:7242817-7242827promoter 内 299-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7246519-7247247(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTT
SmilChr05G000722 Chr05 NC_080391.1:5520761-5520771promoter 内 296-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5514872-5517066(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTG
SmilChr01G002925 Chr01 NC_080387.1:48031912-48031922promoter 内 291-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48024998-48028212(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACGCTGAGTA
SmilChr04G002936 Chr04 NC_080390.1:45602575-45602585promoter 内 259-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45597702-45598843(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGAG
SmilChr01G003705 Chr01 NC_080387.1:55412435-55412445promoter 内 243-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55416193-55417162(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTT
SmilChr02G001679 Chr02 NC_080388.1:31023276-31023286promoter 内 237-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31017863-31019522(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACGCTGAGTA
SmilChr04G002920 Chr04 NC_080390.1:45455207-45455217promoter 内 236-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45458972-45461054(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr04G000020 Chr04 NC_080390.1:240491-240501promoter 内 223-233 bp - 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 244269-247576(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr04G002018 Chr04 NC_080390.1:32750331-32750341promoter 内 219-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32744425-32746559(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr08G004594 Chr08 NC_080394.1:55510879-55510889promoter 内 193-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55514687-55515415(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr07G000759 Chr07 NC_080393.1:5341565-5341575promoter 内 192-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5337013-5337766(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr03G000805 Chr03 NC_080389.1:9219823-9219833promoter 内 182-192 bp - 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9213395-9216014(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTT
SmilChr03G003743 Chr03 NC_080389.1:56470964-56470974promoter 内 180-190 bp + 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56474785-56481308(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTT
SmilChr08G003166 Chr08 NC_080394.1:32304431-32304441promoter 内 177-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32300544-32300617(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACTC
SmilChr04G001217 Chr04 NC_080390.1:19002545-19002555promoter 内 166-176 bp - 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18996105-18998720(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAT
SmilChr01G002133 Chr01 NC_080387.1:37325411-37325421promoter 内 148-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37316020-37321568(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGAG
SmilChr04G001230 Chr04 NC_080390.1:19339709-19339719promoter 内 120-130 bp - 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19343590-19345768(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr05G000063 Chr05 NC_080391.1:301838-301848promoter 内 116-126 bp + 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 305723-310058(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTT
SmilChr01G001584 Chr01 NC_080387.1:29860618-29860628promoter 内 88-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29864531-29866855(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr02G000047 Chr02 NC_080388.1:633671-633681promoter 内 78-88 bp - 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 637594-649458(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTG
SmilChr07G000406 Chr07 NC_080393.1:2812851-2812861promoter 内 68-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2805276-2808928(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr03G003308 Chr03 NC_080389.1:51297880-51297890promoter 内 58-68 bp - 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51301823-51305094(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr03G001149 Chr03 NC_080389.1:13244818-13244828promoter 内 50-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13248769-13249803(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGGCTGAGCC
SmilChr01G000758 Chr01 NC_080387.1:16645531-16645541promoter 内 32-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16649500-16652729(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACGCTGAGTA
SmilChr01G005312 Chr01 NC_080387.1:70369856-70369866promoter 内 5-15 bp - 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70373852-70374457(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr01G002321 Chr01 NC_080387.1:40282773-40282783promoter 内 3984-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40281402-40282766(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr01G002353 Chr01 NC_080387.1:40700953-40700963promoter 内 3970-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40680169-40700932(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA
SmilChr08G004039 Chr08 NC_080394.1:48856066-48856076promoter 内 3809-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48855444-48855884(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr08G004040 Chr08 NC_080394.1:48862374-48862384promoter 内 3808-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48861751-48862191(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCT
SmilChr02G001049 Chr02 NC_080388.1:18566161-18566171promoter 内 3739-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18566423-18567151(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACGA
SmilChr07G003760 Chr07 NC_080393.1:45924689-45924699promoter 内 3664-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45925026-45925865(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGA