转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 134 / 134 下载 TSV

上一页 134 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005256 Chr01 NC_080387.1:70054990-70055002promoter 内 3398-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 70055593-70071573(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAGTAGGATAAGT
SmilChr02G005047 Chr02 NC_080388.1:72213741-72213753promoter 内 3366-3378 bp - 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 72214376-72218282(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr02G005045 Chr02 NC_080388.1:72191674-72191686promoter 内 3365-3377 bp - 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 72192310-72196215(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr01G002801 Chr01 NC_080387.1:46498905-46498917promoter 内 3282-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46496287-46498198(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGAGTGGATAATC
SmilChr02G000471 Chr02 NC_080388.1:6382459-6382471promoter 内 3274-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 6376046-6381744(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATTTA
SmilChr02G003096 Chr02 NC_080388.1:51832952-51832964promoter 内 3262-3274 bp - 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51829447-51832225(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTGGGATAAGC
SmilChr01G003711 Chr01 NC_080387.1:55458316-55458328promoter 内 3215-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55459102-55462477(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATTCC
SmilChr03G001644 Chr03 NC_080389.1:21262222-21262234promoter 内 3215-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 21263008-21266767(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr03G001646 Chr03 NC_080389.1:21291664-21291676promoter 内 3206-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 21292459-21296212(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr03G000675 Chr03 NC_080389.1:7549585-7549597promoter 内 3188-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7546223-7548784(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGACTTGATAAGG
SmilChr02G002528 Chr02 NC_080388.1:43987604-43987616promoter 内 3170-3182 bp + 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 43985345-43986785(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATTTA
SmilChr03G001118 Chr03 NC_080389.1:12890479-12890491promoter 内 3151-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 12887736-12889641(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTTGGATAAAG
SmilChr01G005027 Chr01 NC_080387.1:68226933-68226945promoter 内 3124-3136 bp - 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 68227810-68231451(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCAAATA
SmilChr03G001119 Chr03 NC_080389.1:12890479-12890491promoter 内 3113-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 12891367-12901719(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCAAATA
SmilChr03G001621 Chr03 NC_080389.1:20779623-20779635promoter 内 2876-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20776699-20778510(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGTGCCGATAAGG
SmilChr02G004178 Chr02 NC_080388.1:64073434-64073446promoter 内 2786-2798 bp - 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 64068322-64072231(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGGCAAGATAAGG
SmilChr03G002219 Chr03 NC_080389.1:34964703-34964715promoter 内 2647-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 34966057-34969275(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr01G000684 Chr01 NC_080387.1:15305418-15305430promoter 内 2620-2632 bp + 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 15300928-15304049(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35039637-35039649promoter 内 2588-2600 bp + 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 35032507-35038236(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCAAATA
SmilChr02G002164 Chr02 NC_080388.1:38859933-38859945promoter 内 2542-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 38861392-38862396(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr02G002166 Chr02 NC_080388.1:38869294-38869306promoter 内 2542-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 38870753-38871757(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr02G000404 Chr02 NC_080388.1:5006366-5006378promoter 内 2467-2479 bp - 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 5007900-5010738(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr01G003542 Chr01 NC_080387.1:54009532-54009544promoter 内 2411-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54005005-54007954(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr03G000713 Chr03 NC_080389.1:7922271-7922283promoter 内 2378-2390 bp - 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7923894-7926678(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr03G001502 Chr03 NC_080389.1:18364808-18364820promoter 内 2377-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 18366432-18367359(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAATTCGATAAGG
SmilChr01G001960 Chr01 NC_080387.1:34861073-34861085promoter 内 2373-2385 bp + 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 34853780-34859457(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCAAATA
SmilChr02G003839 Chr02 NC_080388.1:60108965-60108977promoter 内 2372-2384 bp + 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 60104342-60107348(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr02G002792 Chr02 NC_080388.1:47981819-47981831promoter 内 2370-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47977069-47980200(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr01G002875 Chr01 NC_080387.1:47347302-47347314promoter 内 2326-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47343786-47345639(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAAAG
SmilChr03G001454 Chr03 NC_080389.1:17369314-17369326promoter 内 2286-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 17371029-17373859(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr03G002144 Chr03 NC_080389.1:33387062-33387074promoter 内 2196-2208 bp - 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 33383086-33385269(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAATTCGATAAGG
SmilChr01G000665 Chr01 NC_080387.1:14787408-14787420promoter 内 2182-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 14789227-14791935(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
SmilChr03G001680 Chr03 NC_080389.1:22084216-22084228promoter 内 2134-2146 bp + 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 22076687-22082361(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATTTA
SmilChr01G002412 Chr01 NC_080387.1:41481558-41481570promoter 内 1545-1557 bp - 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 41484014-41484626(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAAGAGC
SmilChr02G000945 Chr02 NC_080388.1:16476916-16476928promoter 内 1495-1507 bp - 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 16479422-16481071(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTACTA
SmilChr02G003537 Chr02 NC_080388.1:56515427-56515439promoter 内 1494-1506 bp - 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 56517934-56519916(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCAAATA
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SmilChr03G001968 Chr03 NC_080389.1:28371767-28371779promoter 内 1031-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 28367274-28368809(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTGAA
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SmilChr02G002685 Chr02 NC_080388.1:46489101-46489113promoter 内 149-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46492953-46495890(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAGATCA