转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 136 / 149 下载 TSV

上一页 136 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000553 Chr02 NC_080388.1:7742036-7742050promoter 内 991-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7745046-7753213(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGAAGATAAGGAG
SmilChr03G004640 Chr03 NC_080389.1:64002894-64002908promoter 内 937-951 bp - 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63993792-63999844(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGTTTATCCAAATT
SmilChr02G003223 Chr02 NC_080388.1:53443825-53443839promoter 内 908-922 bp - 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53446918-53454401(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATTGATAAGGTA
SmilChr01G002931 Chr01 NC_080387.1:48096565-48096579promoter 内 900-914 bp + 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48090316-48093478(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCAATGGATATGGTT
SmilChr01G005557 Chr01 NC_080387.1:72396238-72396252promoter 内 845-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72390614-72393096(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTTTTATCCATAAA
SmilChr01G005704 Chr01 NC_080387.1:73277023-73277037promoter 内 748-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73280276-73283307(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCAAGGA
SmilChr01G005655 Chr01 NC_080387.1:72901812-72901826promoter 内 731-745 bp - 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72905082-72906357(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTATGGATATGAAT
SmilChr02G004410 Chr02 NC_080388.1:66432035-66432049promoter 内 702-716 bp - 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66420343-66428750(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTATTATCCAAACC
SmilChr02G003208 Chr02 NC_080388.1:53237943-53237957promoter 内 657-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53241287-53244838(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTTTTATCCAATTC
SmilChr04G002264 Chr04 NC_080390.1:36639691-36639705promoter 内 632-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36635298-36636336(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATTATCCAGACC
SmilChr01G001909 Chr01 NC_080387.1:34216201-34216215promoter 内 611-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34211136-34212825(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAGCTTATCCTTTCG
SmilChr02G004761 Chr02 NC_080388.1:69802412-69802426promoter 内 565-579 bp + 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69794445-69798990(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAGGGGATAAGGCC
SmilChr03G003863 Chr03 NC_080389.1:57708416-57708430promoter 内 560-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57704919-57704989(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGACAGGATAAGATA
SmilChr01G000728 Chr01 NC_080387.1:16193926-16193940promoter 内 493-507 bp + 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 16188523-16190432(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATAAAGGC
SmilChr02G003894 Chr02 NC_080388.1:61027475-61027489promoter 内 481-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61019991-61023969(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAATTATCCACATC
SmilChr02G003763 Chr02 NC_080388.1:59306785-59306799promoter 内 477-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59310309-59313153(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTGTGGATAATTTA
SmilChr03G001698 Chr03 NC_080389.1:22518368-22518382promoter 内 454-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22521915-22522502(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCCATCA
SmilChr03G001298 Chr03 NC_080389.1:15188275-15188289promoter 内 448-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15191828-15199364(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCAATAAA
SmilChr03G001105 Chr03 NC_080389.1:12720244-12720258promoter 内 422-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12723823-12724932(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGACTTATCCTAATA
SmilChr02G001203 Chr02 NC_080388.1:22171576-22171590promoter 内 408-422 bp - 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22175169-22180780(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATTGATAAGGTA
SmilChr02G001347 Chr02 NC_080388.1:25181638-25181652promoter 内 344-358 bp - 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25177889-25177995(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAATCG
SmilChr01G004620 Chr01 NC_080387.1:64239167-64239181promoter 内 342-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64227557-64235522(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTTTTATCCAATTC
SmilChr04G003867 Chr04 NC_080390.1:54581607-54581621promoter 内 340-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54576674-54577960(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATACTTATCCTCTAG
SmilChr01G000002 Chr01 NC_080387.1:60465-60479promoter 内 313-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64153-66586(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCCCTATCCATTCG
SmilChr02G001448 Chr02 NC_080388.1:27158044-27158058promoter 内 287-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27154238-27154344(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAATCG
SmilChr02G003379 Chr02 NC_080388.1:54921259-54921273promoter 内 285-299 bp - 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54914167-54917557(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATTATCCATTAA
SmilChr01G004092 Chr01 NC_080387.1:59360919-59360933promoter 内 275-289 bp - 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59364645-59367870(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATCGGATAAGTAT
SmilChr04G001699 Chr04 NC_080390.1:28088228-28088242promoter 内 260-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28081286-28084501(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTGTGGATAATTTA
SmilChr01G001169 Chr01 NC_080387.1:23727441-23727455promoter 内 213-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 23731229-23732890(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTGTGGATAAAACG
SmilChr01G001562 Chr01 NC_080387.1:29641832-29641846promoter 内 202-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29635032-29638047(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGATAGGATAAGAGT
SmilChr03G001463 Chr03 NC_080389.1:17485487-17485501promoter 内 180-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17489308-17493704(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTTCGGATAAGTTA
SmilChr02G000806 Chr02 NC_080388.1:13445560-13445574promoter 内 148-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13449413-13452449(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTAGGGATAAGTTT
SmilChr04G002002 Chr04 NC_080390.1:32433839-32433853promoter 内 134-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 32425798-32429986(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGTGGATAATGGG
SmilChr02G004048 Chr02 NC_080388.1:62818485-62818499promoter 内 129-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62812569-62814627(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTTATCCATTTT
SmilChr03G004074 Chr03 NC_080389.1:59693161-59693175promoter 内 102-116 bp + 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59697060-59697653(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCCTTATCTAAAGG
SmilChr01G004606 Chr01 NC_080387.1:64032268-64032282promoter 内 101-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64036168-64040572(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAACTTATCCTCAAT
SmilChr02G002677 Chr02 NC_080388.1:46355671-46355685promoter 内 67-81 bp - 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46349234-46351751(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCACAAT
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60712003-60712017promoter 内 66-80 bp - 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60707062-60708082(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAGCTTATCCGTTCT
SmilChr01G006138 Chr01 NC_080387.1:76886854-76886868promoter 内 56-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76890799-76892272(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTCTTATCCTCTCC
SmilChr01G004875 Chr01 NC_080387.1:66841601-66841615promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 3 66839456-66841540(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACATGGATAACATT
SmilChr02G000807 Chr02 NC_080388.1:13505636-13505650promoter 内 949-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 3 13498082-13502598(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAATTTA
SmilChr02G000808 Chr02 NC_080388.1:13542785-13542799promoter 内 949-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 3 13535231-13539747(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAATTTA
SmilChr02G005120 Chr02 NC_080388.1:72685320-72685334promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 72685420-72692120(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCCCTTATCCAAGTA
SmilChr02G002182 Chr02 NC_080388.1:39022005-39022019promoter 内 2996-3010 bp - 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 39023010-39026640(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATACAGATAAGGAC
SmilChr02G000064 Chr02 NC_080388.1:845714-845728promoter 内 2681-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 843092-844408(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAATTTT
SmilChr01G000027 Chr01 NC_080387.1:535869-535883promoter 内 2408-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 537462-541378(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTTATCCAAAAA
SmilChr01G004599 Chr01 NC_080387.1:63978710-63978724promoter 内 903-917 bp + 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 63981808-63989116(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCTCTATCCATAAA
SmilChr03G001855 Chr03 NC_080389.1:25574655-25574669promoter 内 578-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 25578078-25588940(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTGGATAATTAT
SmilChr02G000727 Chr02 NC_080388.1:11817830-11817844promoter 内 472-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 11821359-11822787(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCAATGGATAAGCAA
SmilChr04G001505 Chr04 NC_080390.1:24765583-24765597promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24765605-24768768(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTCATTATCCAAAGT