转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 136 / 146 下载 TSV

上一页 136 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002860 Chr03 NC_080389.1:45204012-45204025promoter 内 817-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45197546-45200841(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCATTGACTTTAA
SmilChr02G000437 Chr02 NC_080388.1:5704637-5704650promoter 内 797-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5699949-5701446(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AACGTTGACACTTG
SmilChr03G000043 Chr03 NC_080389.1:483592-483605promoter 内 785-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 486808-487809(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCACAGTCAACTGG
SmilChr01G004600 Chr01 NC_080387.1:63993587-63993600promoter 内 774-787 bp + 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63989068-63990373(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAAAGTCAAAAGG
SmilChr04G000414 Chr04 NC_080390.1:4343363-4343376promoter 内 729-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4339745-4340104(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGGGGTCAACGCG
SmilChr03G002083 Chr03 NC_080389.1:32044263-32044276promoter 内 684-697 bp - 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32047580-32052217(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCGTGGTCAACGAT
SmilChr04G003432 Chr04 NC_080390.1:50900436-50900449promoter 内 673-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50895559-50897121(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCCGTTGACCACCC
SmilChr02G003230 Chr02 NC_080388.1:53572171-53572184promoter 内 610-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53575562-53577213(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATTTTGACTTTTA
SmilChr03G000758 Chr03 NC_080389.1:8642841-8642854promoter 内 605-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8646237-8647566(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GACGTTGACCGTCC
SmilChr01G004315 Chr01 NC_080387.1:61334045-61334058promoter 内 591-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61326946-61330648(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGGTTGACTACCG
SmilChr03G004641 Chr03 NC_080389.1:63997501-63997514promoter 内 582-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64000920-64004225(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACTAAGTCAACAAG
SmilChr01G002425 Chr01 NC_080387.1:41772178-41772191promoter 内 570-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41763315-41768760(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAAAGTCAAATTT
SmilChr04G003665 Chr04 NC_080390.1:53102118-53102131promoter 内 570-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53095125-53098700(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGATTTGACTTTAA
SmilChr02G000836 Chr02 NC_080388.1:14200851-14200864promoter 内 567-580 bp + 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14194506-14197430(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAAAGTCAAATTT
SmilChr02G003904 Chr02 NC_080388.1:61123971-61123984promoter 内 556-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61115982-61120539(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGCAGTCAACGAA
SmilChr04G001236 Chr04 NC_080390.1:19401806-19401819promoter 内 542-555 bp + 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19384480-19398360(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAAAGTCAATGGG
SmilChr04G003328 Chr04 NC_080390.1:50006518-50006531promoter 内 526-539 bp - 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50001144-50003056(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCGTTGACCAGTA
SmilChr01G005361 Chr01 NC_080387.1:70845798-70845811promoter 内 509-522 bp - 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70840324-70842319(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTATGA
SmilChr01G002888 Chr01 NC_080387.1:47546821-47546834promoter 内 478-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47538029-47543311(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCATTTGACTTCTA
SmilChr03G002028 Chr03 NC_080389.1:30409385-30409398promoter 内 438-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30403538-30405835(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACGAGTCAACCGT
SmilChr03G002442 Chr03 NC_080389.1:38811451-38811464promoter 内 407-420 bp + 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38815045-38816656(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTTTTGACTTTGT
SmilChr04G003901 Chr04 NC_080390.1:54781042-54781055promoter 内 326-339 bp - 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54776041-54777380(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGGTTGACTACCG
SmilChr01G003816 Chr01 NC_080387.1:56522327-56522340promoter 内 322-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56526006-56526977(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGGGTTGACTCGTA
SmilChr04G002678 Chr04 NC_080390.1:42212444-42212457promoter 内 319-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 42216126-42218986(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATTTGACTTTCA
SmilChr01G001928 Chr01 NC_080387.1:34455077-34455090promoter 内 261-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34449221-34451350(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCATTGACTTTAA
SmilChr03G000397 Chr03 NC_080389.1:4329855-4329868promoter 内 237-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4325001-4326104(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTTTTGACTTTTT
SmilChr02G004437 Chr02 NC_080388.1:66749360-66749373promoter 内 215-228 bp - 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 66753146-66754326(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCAAGTCAAACCC
SmilChr01G005581 Chr01 NC_080387.1:72525835-72525848promoter 内 204-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72520570-72522051(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGATTTGACTTTAA
SmilChr01G003850 Chr01 NC_080387.1:56800386-56800399promoter 内 174-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56795583-56796572(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGGGTTGACTCGTA
SmilChr03G003258 Chr03 NC_080389.1:50484276-50484289promoter 内 135-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50488142-50490031(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGGTTTGACTTGCT
SmilChr04G002653 Chr04 NC_080390.1:41946654-41946667promoter 内 121-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41941658-41942787(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTGTTGACTTGGC
SmilChr01G000510 Chr01 NC_080387.1:10393434-10393447promoter 内 118-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10389458-10389564(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCGTTGACATCGA
SmilChr04G000740 Chr04 NC_080390.1:8998326-8998339promoter 内 99-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9002228-9002334(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCGTTGACATCGA
SmilChr03G002425 Chr03 NC_080389.1:38546070-38546083promoter 内 97-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38538080-38542179(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGGTTGACTACCG
SmilChr04G001541 Chr04 NC_080390.1:25394927-25394940promoter 内 50-63 bp - 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25390883-25390989(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCGTTGACATCGA
SmilChr04G001591 Chr04 NC_080390.1:26492523-26492536promoter 内 42-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26488471-26488577(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCGTTGACATCGA
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